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5bnj

CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH 8-{3-Chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-phenyl]-pyridin- 4-yl}-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 8

Homo sapiens

UniProt P49336

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–403 片段：KINASE DOMAIN, residues 3-405 Cyclin-C × 1 （P24863） 4TV 8-{3-chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]pyridin-4-yl}-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, 分辨率 2.64 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5BNJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RGF Crystal Structure of human CDK8/CycC 提交 2011-04-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
4CRL Crystal structure of human CDK8-Cyclin C in complex with cortistatin A 提交 2014-02-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-403
未记录 C1I CORTISTATIN A × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
4F6S Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea) 提交 2012-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SQ 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4F6U Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 5 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea) 提交 2012-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SR 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea × 1 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.198
4F6W Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 1 (N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide) 提交 2012-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SS N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.39 Å R-free 0.234
4F70 Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea) 提交 2012-05-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0ST 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
4F7J Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 3 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea) 提交 2012-05-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SU 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
4F7L Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 2 (tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate) 提交 2012-05-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SO tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
4F7N Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 11 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea) 提交 2012-05-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SV 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.65 Å R-free 0.228
4F7S Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-05-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 0SW N-(2-phenylethyl)quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
4G6L Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-07-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.266
5CEI Crystal structure of CDK8:Cyclin C complex with compound 22 提交 2015-07-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 7 50R 4-(4-iodophenoxy)-N-methylthieno[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.24 Å R-free 0.227
5FGK CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-(3-Amino-1H-indazol-6-yl)-5-chloro- pyridine-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 5XG 8-[3-(3-azanyl-2~{H}-indazol-6-yl)-5-chloranyl-pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 0；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.36 Å R-free 0.237
5HBE CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 5Y6 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.38 Å R-free 0.256
5HBH CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 5-{5-Chloro-4-[1-(2-methoxy-ethyl)-1,8-diaza-spiro[4.5]dec-8-yl]-pyridin-3-yl}-1-methyl-1,3-dihydro-benzo[c]isothiazole 2,2-dioxide 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 5Y7 5-[5-chloranyl-4-[1-(2-methoxyethyl)-1,8-diazaspiro[4.5]decan-8-yl]pyridin-3-yl]-1-methyl-3~{H}-2,1-benzothiazole 2,2-dioxide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5HBJ CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[2-Amino-3-chloro-5-(1-methyl-1H-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-362
未记录 5Y8 8-[2-azanyl-3-chloranyl-5-(1-methylindazol-5-yl)pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
5HNB CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [6-Hydroxy-3-(3-methyl-benzyl)-1H-indazol-5-yl]-((S)-3-hydroxy-pyrrolidin-1-yl)-methanone 提交 2016-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 62M [6-hydroxy-3-(3-methylbenzyl)-1H-indazol-5-yl][(3S)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.252
5HVY CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 20 提交 2016-01-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa） 片段：UNP residues 1-403
未记录 66X N-{(3S)-1-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyrrolidin-3-yl}-N'-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}urea × 1 FMT FORMIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.39 Å R-free 0.220
5I5Z CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-(1-Methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-[1,6]naphthyridine-2-carboxylic acid methylamide 提交 2016-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 68U N-methyl-8-(1-methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2lambda~6~,1-benzothiazol-5-yl)-1,6-naphthyridine-2-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
5ICP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(5-methyl-imidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)-methanone 提交 2016-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–362（362 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-362
未记录 69Z [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](5-methylimidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.18 Å R-free 0.216
5IDN CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–364（364 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 6A7 [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.26 Å R-free 0.253
5IDP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH (3-Amino-1H-indazol-5-yl)-[(S)-2-(4-fluoro-phenyl)-piperidin-1-yl]-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–364（364 aa） 片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 3-405
未记录 6A6 (3-amino-1H-indazol-5-yl)[(2S)-2-(4-fluorophenyl)piperidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.65 Å R-free 0.272
5XQX Human CDK8-CYCC in complex with compound 4: N-methyl-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–371（371 aa） 片段：UNP residues 1-371
未记录 GOL GLYCEROL × 2 8CC N-methyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
5XS2 CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 17:3-chloro-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–371（371 aa） 片段：UNP residues 1-371
未记录 GOL GLYCEROL × 1 8D6 3-chloranyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.04 Å R-free 0.225
6QTG Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI-1347 提交 2019-02-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JH8 2-[4-(4-isoquinolin-4-ylphenyl)pyrazol-1-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6QTJ Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI 919811 提交 2019-02-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JHK ~{N},~{N}-dimethyl-2-[4-[4-(2,6-naphthyridin-4-yl)phenyl]pyrazol-1-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.48 Å R-free 0.220
6R3S CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 提交 2019-03-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
6T41 CDK8/Cyclin C in complex with N-(4-chlorobenzyl)isoquinolin-4-amine 提交 2019-10-11 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–404（404 aa）
未记录 MFE ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%(w/v) PEG-3350 and 0.2 M sodium formate
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
6TPA CDK8/CyclinC in complex with drug ETP-50775 提交 2019-12-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 NZ8 1-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3-(5-oxidanylidene-6-pyridin-4-yl-pyrido[2,3-b][1,5]benzoxazepin-9-yl)urea × 1 FMT FORMIC ACID × 12 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 200mM NaFormate, 3% Butanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
6Y0A CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH BI00690300 提交 2020-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 3350 0.2 M sodium formate
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
8TQ2 Structure of the kinase lobe of human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–464（464 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQC Structure of the human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–464（464 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQW Structure of human transcriptional Mediator complex 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 a 1–464（464 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
9H8C Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9 提交 2024-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.57 Å R-free 0.262
9H8S Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7 提交 2024-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–403（403 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 A1ITF 4-[(3~{S},5~{R})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-5-methoxy-piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.16 Å R-free 0.248

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK8_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–405； UniProt 1–403

Cyclin-C

Homo sapiens

UniProt P24863

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–283 未记录 Cyclin-dependent kinase 8 × 1 （P49336） 4TV 8-{3-chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)phenyl]pyridin-4-yl}-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, 分辨率 2.64 Å R-free 0.273

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5BNJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3RGF Crystal Structure of human CDK8/CycC 提交 2011-04-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 BAX 4-{4-[({[4-CHLORO-3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}CARBONYL)AMINO]PHENOXY}-N-METHYLPYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
4CRL Crystal structure of human CDK8-Cyclin C in complex with cortistatin A 提交 2014-02-27 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 C1I CORTISTATIN A × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M LITHIUM CHLORIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
4F6S Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SQ 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.260
4F6U Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 5 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SR 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[3-(morpholin-4-yl)propyl]urea × 1 NA SODIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.10 Å R-free 0.198
4F6W Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 1 (N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SS N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-4-[2-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)ethyl]piperazine-1-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.39 Å R-free 0.234
4F70 Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea) 提交 2012-05-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0ST 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 3.00 Å R-free 0.239
4F7J Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 3 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SU 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.60 Å R-free 0.276
4F7L Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 2 (tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SO tert-butyl [3-({[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)propyl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
4F7N Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 11 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea) 提交 2012-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SV 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-3-(5-hydroxypentyl)urea × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.65 Å R-free 0.228
4F7S Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-05-16 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 0SW N-(2-phenylethyl)quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.20 Å R-free 0.222
4G6L Crystal structure of human CDK8/CYCC in the DMG-in conformation 提交 2012-07-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.70 Å R-free 0.266
5CEI Crystal structure of CDK8:Cyclin C complex with compound 22 提交 2015-07-06 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 FMT FORMIC ACID × 7 50R 4-(4-iodophenoxy)-N-methylthieno[2,3-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.24 Å R-free 0.227
5FGK CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-(3-Amino-1H-indazol-6-yl)-5-chloro- pyridine-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-20 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5XG 8-[3-(3-azanyl-2~{H}-indazol-6-yl)-5-chloranyl-pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 0；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.36 Å R-free 0.237
5HBE CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[3-Chloro-5-(1-methyl-2,2-dioxo-2, 3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-pyridin- 4-yl]-1-oxa-3,8-diaza-spiro[4.5]decan-2-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5Y6 8-[3-chloranyl-5-[1-methyl-2,2-bis(oxidanylidene)-3~{H}-2,1-benzothiazol-5-yl]pyridin-4-yl]-1-oxa-3,8-diazaspiro[4.5]decan-2-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.38 Å R-free 0.256
5HBH CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 5-{5-Chloro-4-[1-(2-methoxy-ethyl)-1,8-diaza-spiro[4.5]dec-8-yl]-pyridin-3-yl}-1-methyl-1,3-dihydro-benzo[c]isothiazole 2,2-dioxide 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5Y7 5-[5-chloranyl-4-[1-(2-methoxyethyl)-1,8-diazaspiro[4.5]decan-8-yl]pyridin-3-yl]-1-methyl-3~{H}-2,1-benzothiazole 2,2-dioxide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
5HBJ CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-[2-Amino-3-chloro-5-(1-methyl-1H-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one 提交 2015-12-31 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 5Y8 8-[2-azanyl-3-chloranyl-5-(1-methylindazol-5-yl)pyridin-4-yl]-2,8-diazaspiro[4.5]decan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；RESERVOIR SOLUTION : pH 6.90
分辨率 3.00 Å R-free 0.288
5HNB CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [6-Hydroxy-3-(3-methyl-benzyl)-1H-indazol-5-yl]-((S)-3-hydroxy-pyrrolidin-1-yl)-methanone 提交 2016-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 62M [6-hydroxy-3-(3-methylbenzyl)-1H-indazol-5-yl][(3S)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 6 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.2M lithium chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.252
5HVY CDK8/CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 20 提交 2016-01-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 66X N-{(3S)-1-[2-(methylamino)pyrimidin-4-yl]pyrrolidin-3-yl}-N'-{4-[(morpholin-4-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}urea × 1 FMT FORMIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG 3350 and 0.20 M sodium formate
分辨率 2.39 Å R-free 0.220
5I5Z CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH 8-(1-Methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2l6-benzo[c]isothiazol-5-yl)-[1,6]naphthyridine-2-carboxylic acid methylamide 提交 2016-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 68U N-methyl-8-(1-methyl-2,2-dioxo-2,3-dihydro-1H-2lambda~6~,1-benzothiazol-5-yl)-1,6-naphthyridine-2-carboxamide × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.60 Å R-free 0.274
5ICP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(5-methyl-imidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)-methanone 提交 2016-02-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 69Z [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](5-methylimidazo[5,1-b][1,3,4]thiadiazol-2-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 FMT FORMIC ACID × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.18 Å R-free 0.216
5IDN CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH [(S)-2-(4-Chloro-phenyl)-pyrrolidin-1-yl]-(3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 6A7 [(2S)-2-(4-chlorophenyl)pyrrolidin-1-yl](3-methyl-1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)methanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.26 Å R-free 0.253
5IDP CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH (3-Amino-1H-indazol-5-yl)-[(S)-2-(4-fluoro-phenyl)-piperidin-1-yl]-methanone 提交 2016-02-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–264（264 aa）
未记录 6A6 (3-amino-1H-indazol-5-yl)[(2S)-2-(4-fluorophenyl)piperidin-1-yl]methanone × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9
分辨率 2.65 Å R-free 0.272
5XQX Human CDK8-CYCC in complex with compound 4: N-methyl-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–264（263 aa） 片段：UNP residues 2-264
未记录 GOL GLYCEROL × 2 8CC N-methyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.30 Å R-free 0.222
5XS2 CDK8-CYCC IN COMPLEX WITH COMPOUND 17:3-chloro-4-(4-pyridyl)-1H-pyrrole-2-carboxamide 提交 2017-06-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–264（263 aa） 片段：UNP residues 2-264
未记录 GOL GLYCEROL × 1 8D6 3-chloranyl-4-pyridin-4-yl-1H-pyrrole-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.05M MgCl, 0.1M MES pH 6.5, 10% Iso-propanol, 5% PEG4K
分辨率 2.04 Å R-free 0.225
6QTG Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI-1347 提交 2019-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 JH8 2-[4-(4-isoquinolin-4-ylphenyl)pyrazol-1-yl]-~{N},~{N}-dimethyl-ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.70 Å R-free 0.231
6QTJ Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with BI 919811 提交 2019-02-25 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 JHK ~{N},~{N}-dimethyl-2-[4-[4-(2,6-naphthyridin-4-yl)phenyl]pyrazol-1-yl]ethanamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；32-38% Morpheus Precipitant Mix 4 10 mmol/L Morpheus Buffer System 1 100 mM Morpheus Amino Acids Mix 2% DMSO
分辨率 2.48 Å R-free 0.220
6R3S CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH COMPOUND 1 提交 2019-03-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
6T41 CDK8/Cyclin C in complex with N-(4-chlorobenzyl)isoquinolin-4-amine 提交 2019-10-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 MFE ~{N}-[(4-chlorophenyl)methyl]quinazolin-4-amine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20%(w/v) PEG-3350 and 0.2 M sodium formate
分辨率 2.45 Å R-free 0.256
6TPA CDK8/CyclinC in complex with drug ETP-50775 提交 2019-12-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 NZ8 1-[4-chloranyl-3-(trifluoromethyl)phenyl]-3-(5-oxidanylidene-6-pyridin-4-yl-pyrido[2,3-b][1,5]benzoxazepin-9-yl)urea × 1 FMT FORMIC ACID × 12 NZ5 (2~{R})-butane-1,2-diol × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 200mM NaFormate, 3% Butanediol
分辨率 2.80 Å R-free 0.264
6Y0A CRYSTAL STRUCTURE OF CDK8-CycC IN COMPLEX WITH BI00690300 提交 2020-02-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–280（280 aa）
未记录 JRE 6-[5-chloranyl-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]pyridin-3-yl]-3,4-dihydro-2~{H}-1,8-naphthyridine-1-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；20% (wt/vol) polyethylene glycol 3350 0.2 M sodium formate
分辨率 2.19 Å R-free 0.227
8TQ2 Structure of the kinase lobe of human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQC Structure of the human CDK8 kinase module 提交 2023-08-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8TQW Structure of human transcriptional Mediator complex 提交 2023-08-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：29-meric
链 b 1–283（283 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.20 Å
9H8C Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 2-9 提交 2024-10-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2 A1IS8 4-[(3~{S})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.57 Å R-free 0.262
9H8S Human CDK8/Cyclin-C complex with inhibitor 3-7 提交 2024-10-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–283（283 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1 A1ITF 4-[(3~{S},5~{R})-3-[2-[(3~{R})-3-fluoranylpyrrolidin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-5-methoxy-piperidin-1-yl]carbonyl-1~{H}-pyrrole-2-carbonitrile × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG3350, MES pH6.5, HEPES pH6.8, Sodium Formate
分辨率 2.16 Å R-free 0.248

共 35 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCNC_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 3–285； UniProt 1–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5bnj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5bnj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5bnj
沉积日期 deposition_date2015-05-26
结构标题 titleCDK8/CYCC IN COMPLEX WITH 8-{3-Chloro-5-[4-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-phenyl]-pyridin- 4-yl}-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one
关键词 keywordsCDK8 KINASE / CYCLIN C, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.05 Å
零角强度 I(0) i071750300.00
分子量 molecular_weight69036.0 kDa
排除体积 excluded_volume87407 ų
包络体积 envelope_volume108890 ų
水化壳体积 shell_volume32527 ų
包络直径 envelope_diameter92.5 Å
壳层 Rg shell_rg35.19 Å
包络 Rg envelope_rg28.01 Å
形状 Rg shape_rg28.07 Å
总 Rg total_rg28.75 Å
总原子数 total_atoms4872
残基数 n_residues608
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.4 Å
Rg (实空间) rg_real29.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real7.1750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal71750000.0000
解质量估计 total_estimate0.7073
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary89.7 Å
偏度 Skewness skewness0.272
峰度 Kurtosis kurtosis-0.571
角度范围 angular_range— – 0.2750 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23840000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.156; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.909
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5bnjA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id5bnjA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id5bnjB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id5bnjB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)