5bnv

Crystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.3

Homo sapiens

UniProt P84243

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Histone H4 × 2 (P62805) DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) PHOSPHATE ION × 3 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H33_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–79; UniProt 58–136 作者链 D; PDB构建体 1–79; UniProt 58–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Histone H3.3 × 2 (P84243) DNA replication licensing factor MCM2 × 2 (P49736) PHOSPHATE ION × 3 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103 作者链 E; PDB构建体 1–102; UniProt 2–103

DNA replication licensing factor MCM2

Homo sapiens

UniProt P49736

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Histone H3.3 × 2 (P84243) Histone H4 × 2 (P62805) PHOSPHATE ION × 3 water × 6 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCM2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–70; UniProt 61–130 作者链 F; PDB构建体 1–70; UniProt 61–130

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5bnv
沉积日期 deposition_date2015-05-26
结构标题 titleCrystal structure of Human MCM2 HBD chaperoning a histone H3-H4 tetramer
关键词 keywordsDNA replication, MCM2 helicase, histone chaperone, H3-H4 tetramer, CHAPERONE-DNA BINDING PROTEIN complex; CHAPERONE/DNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5bnv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5bnv__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5bnv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)27.27 Å
Rg(电子密度)26.26 Å
总 Rg27.09 Å
原子数3282
残基数418
排除体积58122 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5bnv__assembly_1__model_1 hexameric (6) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5bnva_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bnvb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bnvd_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd5bnve_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5bnvA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bnvB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bnvD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id5bnvE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
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7. 引用文献 (1)