5brm

Structural basis for Mob1-dependent activation of the core Mst-Lats kinase cascade in Hippo signaling

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MOB kinase activator 1A

Homo sapiens

UniProt Q9H8S9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 41–216 链 B; UniProt 41–216 链 C; UniProt 41–216 链 D; UniProt 41–216 链 E; UniProt 41–216 链 F; UniProt 41–216 片段:UNP residues 41-216 Serine/threonine-protein kinase 3 × 9 (Q13188) ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;2.4 M Na Malonate 分辨率 2.65 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MOB1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–177; UniProt 41–216 作者链 B; PDB构建体 2–177; UniProt 41–216 作者链 C; PDB构建体 2–177; UniProt 41–216 作者链 D; PDB构建体 2–177; UniProt 41–216 作者链 E; PDB构建体 2–177; UniProt 41–216 作者链 F; PDB构建体 2–177; UniProt 41–216

Serine/threonine-protein kinase 3

物种未注明

UniProt Q13188

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 15 PDB 声明:pentadecameric(15) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 371–401 链 H; UniProt 371–401 链 I; UniProt 371–401 链 J; UniProt 371–401 链 K; UniProt 371–401 链 L; UniProt 371–401 链 M; UniProt 371–401 链 N; UniProt 371–401 链 O; UniProt 371–401 片段:UNP residues 371-401 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) MOB kinase activator 1A × 6 (Q9H8S9) ZN ZINC ION × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;293 K;2.4 M Na Malonate 分辨率 2.65 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 STK3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 H; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 I; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 J; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 K; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 L; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 M; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 N; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401 作者链 O; PDB构建体 1–31; UniProt 371–401

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5brm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5brm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5brm
沉积日期 deposition_date2015-05-31
结构标题 titleStructural basis for Mob1-dependent activation of the core Mst-Lats kinase cascade in Hippo signaling
关键词 keywordsMst2, Mob1, Hippo, Transferase-Signaling Protein complex; Transferase/Signaling Protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.98
零角强度 I(0) i0236805000.00
分子量 molecular_weight126650.0 kDa
排除体积 excluded_volume159190 ų
包络体积 envelope_volume207670 ų
水化壳体积 shell_volume49200 ų
包络直径 envelope_diameter112.8
壳层 Rg shell_rg42.46
包络 Rg envelope_rg33.23
形状 Rg shape_rg33.93
总 Rg total_rg34.78
总原子数 total_atoms17458
残基数 n_residues1054
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.3
Rg (实空间) rg_real34.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63
I(0) (实空间) i0_real2.3680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal236800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9101
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary49.6
偏度 Skewness skewness0.040
峰度 Kurtosis kurtosis-0.685
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha103800000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.960; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5brmA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator
结构域编号 domain_id5brmB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator
结构域编号 domain_id5brmC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator
结构域编号 domain_id5brmD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator
结构域编号 domain_id5brmE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator
结构域编号 domain_id5brmF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — MOB kinase activator

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)