SAXSdb — 5ciz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-activated global transcriptional regulator CRP

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （P0A7Z4） ;DNA (5'-D(CPTPTPTPTPTPGPCPCPTPAPAPAPAPTPGPTPGPAPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(CPTPAPGPAPTPCPAPCPAPTPTPTPTPAPGPGPCPAPAPAPAPAPG)-3') ; × 2 ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRP_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–209； UniProt 2–210

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Escherichia coli (strain K12)

UniProt P0A7Z4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 4	cAMP-activated global transcriptional regulator CRP × 2 （P0ACJ8） ;DNA (5'-D(CPTPTPTPTPTPGPCPCPTPAPAPAPAPTPGPTPGPAPT)-3') ; × 2 ;DNA (5'-D(CPTPAPGPAPTPCPAPCPAPTPTPTPTPAPGPGPCPAPAPAPAPAPG)-3') ; × 2 ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–84； UniProt 246–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ciz
沉积日期 deposition_date	2015-07-13
结构标题 title	E. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and DNA: A(5)-tract binding site for alpha CTD
关键词 keywords	protein-protein interactions, protein-DNA interactions, gene regulation-DNA complex, knock out; Gene regulation/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ciz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ciz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ciz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.35 Å
Rg（电子密度）	32.97 Å
总 Rg	33.48 Å
原子数	6198
残基数	642
排除体积	105310 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ciz__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
分子量 formula_weight	23541.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3099

VLGKPQTDPTLEWFLSHCHIHKYPSKSTLIHQGEKAETLYYIVKGSVAVLIKDEEGKEMILSYLNQGDFIGELGLFEEGQERSAWVRAKTACEVAEISYKKFRQLIQVNPDILMRLSAQMARRLQVTSEKVGNLAFLDVTGRIAQTLLNLAKQPDAMTHPDGMQIKITRQEIGQIVGCSRETVGRILKMLEDQNLISAHGKTIVVYGTR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	9364.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

KPEFDPILLRPVDDLELTVRSANCLKAEAIHYIGDLVQRTEVELLKTPNLGKKSLTEIKDVLASRGLSLGMRLENWPPASIADE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPTPTPTPTPGPCPCPTPAPAPAPAPTPGPTPGPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6114.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

CTTTTTGCCTAAAATGTGAT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPAPGPAPTPCPAPCPAPTPTPTPTPAPGPGPCPAPAPAPAPAPG)-3') ;
分子量 formula_weight	7385.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CTAGATCACATTTTAGGCAAAAAG

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	329.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	176.312 Å
晶胞边长 b length_b	176.312 Å
晶胞边长 c length_c	158.493 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.010 Å
最低分辨率 resolution_low	49.927 Å
R 因子 r_factor	0.1816
R_work r_work	0.1780
R_free r_free	0.2141

E. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and DNA: A(5)-tract binding site for alpha CTD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-activated global transcriptional regulator CRP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ciz__assembly_1__model_1

5ciz__assembly_1__model_1 | I(q)

5ciz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

E. coli RNA polymerase alpha subunit CTD in complex with CAP and DNA: A(5)-tract binding site for alpha CTD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-activated global transcriptional regulator CRP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ciz__assembly_1__model_1

5ciz__assembly_1__model_1 | I(q)

5ciz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)