5co5

Crystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble acetylcholine receptor

Aplysia californica

UniProt Q8WSF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–236 链 B; UniProt 1–236 链 D; UniProt 1–236 链 G; UniProt 1–236 链 I; UniProt 1–236 未记录 Alpha-conotoxin GIC × 5 (Q86RB2) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;1.5M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.5 分辨率 2.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 85 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8WSF8_APLCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 B; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 D; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 G; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236 作者链 I; PDB构建体 1–236; UniProt 1–236

Alpha-conotoxin GIC

物种未注明

UniProt Q86RB2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–36 链 E; UniProt 21–36 链 F; UniProt 21–36 链 H; UniProt 21–36 链 J; UniProt 21–36 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Soluble acetylcholine receptor × 5 (Q8WSF8) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;291 K;1.5M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.5 分辨率 2.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA1C_CONGE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–16; UniProt 21–36 作者链 E; PDB构建体 1–16; UniProt 21–36 作者链 F; PDB构建体 1–16; UniProt 21–36 作者链 H; PDB构建体 1–16; UniProt 21–36 作者链 J; PDB构建体 1–16; UniProt 21–36

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5co5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5co5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5co5
沉积日期 deposition_date2015-07-19
结构标题 titleCrystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC
关键词 keywordsAChBP, GIC, METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex; METAL BINDING PROTEIN/TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.59
零角强度 I(0) i0263004000.00
分子量 molecular_weight125520.0 kDa
排除体积 excluded_volume155380 ų
包络体积 envelope_volume199190 ų
水化壳体积 shell_volume51369 ų
包络直径 envelope_diameter94.5
壳层 Rg shell_rg40.06
包络 Rg envelope_rg29.80
形状 Rg shape_rg30.57
总 Rg total_rg31.49
总原子数 total_atoms8810
残基数 n_residues1115
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.0
Rg (实空间) rg_real31.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real2.6300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7720e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.07
I(0) (倒空间) i0_reciprocal263000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9084
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary84.4
偏度 Skewness skewness-0.112
峰度 Kurtosis kurtosis-0.624
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47480000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.922

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5co5A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5co5B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5co5D00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5co5G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5co5I00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)