SAXSdb — 5cpz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

Murine polyomavirus (strain P16 small-plaque)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 5 其他聚合物 5	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose ; × 5 SULFATE ION × 14 GLYCEROL × 20 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP1_POVMP
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–284； UniProt 34–317 作者链 B； PDB构建体 1–284； UniProt 34–317 作者链 C； PDB构建体 1–284； UniProt 34–317 作者链 D； PDB构建体 1–284； UniProt 34–317 作者链 E； PDB构建体 1–284； UniProt 34–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cpz
沉积日期 deposition_date	2015-07-21
结构标题 title	Crystal structure of murine polyomavirus RA strain VP1 in complex with the GT1a glycan
关键词 keywords	Murine Polyomavirus, Virus protein, carbohydrate complex, virus-host interaction, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5cpz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5cpz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5cpz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.34 Å
Rg（电子密度）	33.24 Å
总 Rg	34.19 Å
原子数	11456
残基数	1402
排除体积	203480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5cpz__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP1
分子量 formula_weight	31558.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	13767

GMEVLDLVTGPDSVTEIEAFLNPRMGQPPTPESLTEGGQYYGWSRGINLATSDTEDSPGNNTLPTWSMAKLQLPMLNEDLTCDTLQMWEAVSVKTEVVGSGSLLDVHGFNKPTDTVNTKGISTPVEGSQYHVFAVGGEPLDLQGLVTDARTKYKEEGVVTIKTITKKDMVNKDQVLNPISKAKLDKDGMYPVEIWHPDPAKNENTRYFGNYTGGTTTPPVLQFTNTLTTVLLDENGVGPLCKGEGLYLSCVDIMGWRVTRNYDVHHWRGLPRYFKITLRKRWVK

来源 Source

来源生物 organism	Murine polyomavirus (strain P16 small-plaque)
通用名 common_name	MPyV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	47935
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-8)-N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-galactopyranose ;
分子量 formula_weight	1128.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1885

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d5cpza_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5cpzb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5cpzc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5cpzd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

结构域编号 domain_id	d5cpze_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family family	b.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5cpzA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	5cpzB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	5cpzC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	5cpzD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

结构域编号 domain_id	5cpzE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

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晶胞边长 a length_a	219.550 Å
晶胞边长 b length_b	219.550 Å
晶胞边长 c length_c	99.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.710 Å
最低分辨率 resolution_low	48.220 Å
R 因子 r_factor	0.1554
R_work r_work	0.1549
R_free r_free	0.1724

Crystal structure of murine polyomavirus RA strain VP1 in complex with the GT1a glycan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cpz__assembly_1__model_1

5cpz__assembly_1__model_1 | I(q)

5cpz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of murine polyomavirus RA strain VP1 in complex with the GT1a glycan

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5cpz__assembly_1__model_1

5cpz__assembly_1__model_1 | I(q)

5cpz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)