SAXSdb — 5cxb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome biogenesis protein YTM1

Chaetomium thermophilum

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–495	未记录	Ribosome biogenesis protein ERB1 × 1 （G0SCK6） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；20% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CXB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CXC Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P 65 2 2 space group 提交 2015-07-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–495（495 aa）片段：UNP residues 433-801	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；294 K；15% PEG 4000,0.1M Na citrate pH 5.6, 0.2M Ammonium sulfate	分辨率 3.10 Å R-free 0.239
5CYK Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1-R486E 提交 2015-07-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–495（495 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1M Hepes pH 7.5, 2M Ammonium Sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.262
5EM2 Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex 提交 2015-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–495（495 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20-28% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.251
5EM2 Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex 提交 2015-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–495（495 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20-28% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.251
6QTB Crystal structure of Rea1-MIDAS/Ytm1-UBL complex from Chaetomium thermophilum 提交 2019-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 8–98（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；3 M NaCl and 0.1 M Tris (pH 8.5)	分辨率 1.89 Å R-free 0.213
6QTB Crystal structure of Rea1-MIDAS/Ytm1-UBL complex from Chaetomium thermophilum 提交 2019-02-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 8–98（91 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；3 M NaCl and 0.1 M Tris (pH 8.5)	分辨率 1.89 Å R-free 0.213
8I9X Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-1 提交 2023-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 CD 1–495（495 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8I9Y Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-2 提交 2023-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric	链 CD 1–495（495 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9Z Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Spb4 提交 2023-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 CD 1–495（495 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8IA0 Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6 提交 2023-02-07	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：64-meric	链 CD 1–495（495 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8PV2 Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 提交 2023-07-17	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 CD 1–495（495 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SFB5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–514； UniProt 1–495

Ribosome biogenesis protein ERB1

Chaetomium thermophilum

UniProt G0SCK6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 433–801	未记录	Ribosome biogenesis protein YTM1 × 1 （G0SFB5） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；20% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5CXB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5CXC Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P 65 2 2 space group 提交 2015-07-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 433–801（369 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；294 K；15% PEG 4000,0.1M Na citrate pH 5.6, 0.2M Ammonium sulfate	分辨率 3.10 Å R-free 0.239
5CYK Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1-R486E 提交 2015-07-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 433–801（369 aa）片段：UNP residues 433-801	突变：R486E	CL CHLORIDE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；0.1M Hepes pH 7.5, 2M Ammonium Sulfate	分辨率 3.00 Å R-free 0.262
5EM2 Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex 提交 2015-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 423–801（379 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20-28% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.251
5EM2 Crystal structure of the Erb1-Ytm1 complex 提交 2015-11-05	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 423–801（379 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；20-28% ethylene glycol	分辨率 2.67 Å R-free 0.251
8I9P Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Mak16 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：33-meric	链 CC 1–801（801 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
8I9R Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State 5S RNP 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 CC 1–801（801 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9T Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Dbp10-1 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 CC 1–801（801 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8I9V Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Dbp10-2 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric	链 CC 1–801（801 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9W Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Dbp10-3 提交 2023-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric	链 CC 1–801（801 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9X Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-1 提交 2023-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 CC 1–801（801 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8I9Y Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - Ytm1-2 提交 2023-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：59-meric	链 CC 1–801（801 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8I9Z Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Spb4 提交 2023-02-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：60-meric	链 CC 1–801（801 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8IA0 Cryo-EM structure of a Chaetomium thermophilum pre-60S ribosomal subunit - State Puf6 提交 2023-02-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：64-meric	链 CC 1–801（801 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
8PV2 Chaetomium thermophilum pre-60S State 10 - pre-5S rotation with Ytm1-Erb1 提交 2023-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：57-meric	链 CC 1–801（801 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.63 Å

共 13 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0SCK6_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–369； UniProt 433–801

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5cxb
沉积日期 deposition_date	2015-07-28
结构标题 title	Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P21 21 2 space group
关键词 keywords	ribosome assembly, WD40, beta-propeller, ubiquitin-like domain, protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.76 Å
零角强度 I(0) i0	127459000.00
分子量 molecular_weight	89203.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111610 Å³
包络体积 envelope_volume	137000 Å³
水化壳体积 shell_volume	38487 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.69 Å
包络 Rg envelope_rg	30.06 Å
形状 Rg shape_rg	29.73 Å
总 Rg total_rg	30.46 Å
总原子数 total_atoms	6295
残基数 n_residues	817
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	102.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2750e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	127500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6892
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.394
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.269
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	28860000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.822; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.193; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.933

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein YTM1
分子量 formula_weight	55149.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6625

MAHHHHHHSSGLEVLFQGPMDAPMEDAPAPVAQVKVIFTTTEPDLELPESKRQLLVPADIRRYGLSRILNSESMLDTGSIPFDFLINGSFLRSSLEDYLTSNGLSLETTLTLQYVRSLIPPVYEASFEHDDWVSAVDVLSATSPAGRWSSAANSSAAVQPGQERVLSASYDGLLRIWNASGSVIATSPSGSHGGHTASIKAAKFLTSDRLASAGMDRTVRVWKYTESDHFTGELKPTLELYGHTGSVDWLDVDGHSKHILTASADGAIGFWSASKASAPEPDASLLPGAHVSKRRKATSSVSTAQRGPLGLWSIHTAPATAAIFDPRDRTVAYSASQDHTVRTLDLTTGQVVSTLTLTHPLLSLSALTRAGTTSPLLAAGTSARHITMVDPRASSATTSVMTLRGHANKVVSLSPSPENEYSLVSGSHDGTCRVWDLRSVRPATKEEGSLGGVSEPVYVIERESWASKGKKKRPVAGDGCKVFSVVWDKLGIFSGGEDKKVQVNRGRNIVTEQK

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein ERB1
分子量 formula_weight	40919.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PSPDELKPFPTVQQTIFRGHEGRVRSVAIDPTGVALATGGDDGTVRVWELLTGRQVWSVKLNGDEAVNTVRWRPTKDTFILAAAAGEDIFLMIPTHPSVTPALDQASRDILNAGFGHATNGKQQANLPPGKEPPGKWARPGTRLEDEGVLLRITVRSTIKAISWHRRGDHFATVSPSGQRSSVAIHTLSKHLTQIPFRKLNGLAQTASFHPLRPLFFVATQRSIRCYDLQKLELVKIVQPGAKWISSFDVHPGGDNLVVGSYDKRLLWHDLDLSNRPYKTMRFHTEAIRAVRFHKGGLPLFADASDDGSLQIFHGKVPNDQLENPTIVPVKMLKGHKVVNKLGVLDIDWHPREPWCVSAGADGTARLWM

来源 Source

来源生物 organism	Chaetomium thermophilum
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	326

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5cxbA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	5cxbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	86.443 Å
晶胞边长 b length_b	108.149 Å
晶胞边长 c length_c	108.618 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	48.533 Å
R 因子 r_factor	0.1648
R_work r_work	0.1639
R_free r_free	0.2132

fit	/app/data/saxs_computation/cx/5cxb/5cxb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cx/5cxb/5cxb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cx/5cxb/5cxb.dat

Structure of Ytm1 bound to the C-terminal domain of Erb1 in P21 21 2 space group

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribosome biogenesis protein YTM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribosome biogenesis protein ERB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)