5d7n

Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 161.6 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 118–395	片段：UNP residues 118-395	ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 1.83 Å R-free 0.203
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 118–395	片段：UNP residues 118-395	ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 1.83 Å R-free 0.203
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 118–395	片段：UNP residues 118-395	ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 1.83 Å R-free 0.203
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 118–395	片段：UNP residues 118-395	ZN ZINC ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 1.83 Å R-free 0.203
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 118–395	片段：UNP residues 118-395	ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 1.83 Å R-free 0.203
6	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 118–395	片段：UNP residues 118-395	ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M magnesium chloride, 25 % (w/v) PEG 3350	分辨率 1.83 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5D7N	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3GLR Crystal Structure of human SIRT3 with acetyl-lysine AceCS2 peptide 提交 2009-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 BCT BICARBONATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 15% (w/v) PEG 12000 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.80 Å R-free 0.226
3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	突变：residues 118-399	ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	突变：residues 118-399	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	突变：residues 118-399	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	突变：residues 118-399	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	突变：residues 118-399	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3GLS Crystal Structure of Human SIRT3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	突变：residues 118-399	ZN ZINC ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 25% (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.244
3GLT Crystal Structure of Human SIRT3 with ADPR bound to the AceCS2 peptide containing a thioacetyl lysine 提交 2009-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CO3 CARBONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 17% w/v PEG 12000 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
3GLU Crystal Structure of Human SIRT3 with AceCS2 peptide 提交 2009-03-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 118–399（282 aa）片段：Human SIRT3, residues 118-399	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.2 M lithium sulfate monohydrate, 17% w/v PEG 12000 and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4BN4 Structure of human SIRT3 in complex with ADP-ribose 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 OP2 2-[2-[2-[2-[2-(2-hydroxyethyloxy)ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethoxy]ethanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 30% (V/V) PEG600, 5%(W/V) PEG1000, 10% (V/V) GLYCEROL, 0.1 M MES, PH 6.0	分辨率 1.30 Å R-free 0.179
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BN5 Structure of human SIRT3 in complex with SRT1720 inhibitor 提交 2013-05-13	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 I 119–399（281 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SR7 N-{2-[3-(piperazin-1-ylmethyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazol-6-yl]phenyl}quinoxaline-2-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% (W/V) PEG3350, 0.2 M SODIUM FLUORIDE	分辨率 3.25 Å R-free 0.265
4BV3 CRYSTAL STRUCTURE OF SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND NAD 提交 2013-06-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2 M (NH4)2SO4, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
4BVB CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）	未记录	OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.08 M KH2PO4 18 % PEG 8000 20% GLYCEROL	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
4BVE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
4BVE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE 提交 2013-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.05 Å R-free 0.208
4BVF CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF THE INHIBITOR EX-527 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）片段：;RESIDUES 116-399' ;	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.70 Å R-free 0.230
4BVF CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THIOALKYLIMIDATE FORMED FROM THIO-ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF THE INHIBITOR EX-527 提交 2013-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–399（284 aa）片段：;RESIDUES 116-399' ;	未记录	ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；25% PEG 3350, 0.2 M LISO4, 0.1 M NA CITRATE PH 5.6	分辨率 2.70 Å R-free 0.230
4BVG CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH NATIVE ALKYLIMIDATE FORMED FROM ACETYL-LYSINE ACS2-PEPTIDE CRYSTALLIZED IN PRESENCE OF THE INHIBITOR EX-527 提交 2013-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ZN ZINC ION × 1 XYQ (2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINO-9H-PURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL]METHOXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}METHYL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL ACETATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；0.2 M (NH4)2SO4, 0.1M BISTRIS PH 5.5, 21% PEG 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
4BVH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ZN ZINC ION × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
4BVH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 AR6 [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL[HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
4BVH CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN SIRT3 IN COMPLEX WITH THE INHIBITOR EX-527 AND 2'-O-ACETYL-ADP-RIBOSE 提交 2013-06-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	OCZ (1S)-6-chloro-2,3,4,9-tetrahydro-1H-carbazole-1- carboxamide × 1 OAD 2'-O-ACETYL ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1 ZN ZINC ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；20% PEG 6000, 0.1 M HEPES PH7	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
4C78 Complex of human Sirt3 with Bromo-Resveratrol and ACS2 peptide 提交 2013-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–399（284 aa）片段：RESIDUES 116-399	未记录	BVB 5-[(E)-2-(4-bromophenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；250 MM (NH4)2SO4, 100 MM BISTRIS PH 6, 21% (W/V) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
4C7B Complex of human Sirt3 with Bromo-Resveratrol and Fluor-De-Lys peptide 提交 2013-09-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–399（283 aa）片段：RESIDUES 117-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 BVB 5-[(E)-2-(4-bromophenyl)ethenyl]benzene-1,3-diol × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；200 MM NACL,100 MM HEPES PH 7, 10% (V/V) ISOPROPANOL	分辨率 2.10 Å R-free 0.234
4FVT Human SIRT3 bound to Ac-ACS peptide and Carba-NAD 提交 2012-06-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–395（274 aa）片段：UNP residues 122-395	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；291 K；0.2M lithium sulfate monohydrate, 15% (w/v) poly-ethylene glycol (PEG) 12000, and 0.1 M Bis-Tris, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4FZ3 Crystal structure of SIRT3 in complex with acetyl p53 peptide coupled with 4-amino-7-methylcoumarin 提交 2012-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）片段：residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.85M HEPES-NA, 8.5%(V/V) ISO-PROPANOL, 17%(W/V) PEG4000, 15%(V/V) GLYCEROL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K	分辨率 2.10 Å R-free 0.282
4HD8 Crystal structure of human Sirt3 in complex with Fluor-de-Lys peptide and piceatannol 提交 2012-10-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–399（284 aa）片段：UNP residues 116-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 PIT PICEATANNOL × 1 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；200 mM NaCl, 100 mM HEPES pH 7, 10% (v/v) isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.240
4JSR Crystal Structure of human SIRT3 with ELT inhibitor 11c [N-{2-[1-(6-carbamoylthieno[3,2-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-yl]ethyl}-N'-ethylthiophene-2,5-dicarboxamide] 提交 2013-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–399（282 aa）片段：UNP residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 1NQ N-{2-[1-(6-carbamoylthieno[3,2-d]pyrimidin-4-yl)piperidin-4-yl]ethyl}-N'-ethylthiophene-2,5-dicarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291.15 K；0.1M Tris pH 8.0, 20% PEG 4000 or 20% PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K	分辨率 1.70 Å R-free 0.228
4JT8 Crystal Structure of human SIRT3 with ELT inhibitor 28 [4-(4-{2-[(2,2-dimethylpropanoyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide[ 提交 2013-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–399（282 aa）片段：UNP residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 1NR 4-(4-{2-[(2,2-dimethylpropanoyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.26 Å R-free 0.241
4JT9 Crystal Structure of human SIRT3 with ELT inhibitor 3 [14-(4-{2-[(methylsulfonyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide] 提交 2013-03-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–399（282 aa）片段：UNP residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 1NS 4-(4-{2-[(methylsulfonyl)amino]ethyl}piperidin-1-yl)thieno[3,2-d]pyrimidine-6-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.24 Å R-free 0.247
4O8Z Crystal structure of human SIRT3 in complex with compound (2-butylbenzofuran-3-yl)(4-(2-(diethylamino)ethoxy)-3,5-diiodophenyl)methanone 提交 2013-12-31	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 116–399（284 aa）片段：UNP RESIDUES 116-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.204
5BWN Crystal Structure of SIRT3 with a H3K9 Peptide Containing a Myristoyl Lysine 提交 2015-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）片段：UNP RESIDUES 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2M Ammonium tartrate dibasic (pH 7.0), 20% w/v PEG 3350, 0.01M Urea	分辨率 1.94 Å R-free 0.275
5BWO Crystal Structure of Human SIRT3 in Complex with a Palmitoyl H3K9 Peptide 提交 2015-06-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）片段：UNP RESIDUES 118-399	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.2M Ammonium formate, 20% PEG 3350	分辨率 2.38 Å R-free 0.287
5H4D Crystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Amiodarone hydrochloride 提交 2016-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–391（271 aa）片段：UNP residues 121-391	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MCM 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10%(v/v) 2-Propanol, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.372
5H4D Crystal structure of hSIRT3 in complex with a specific agonist Amiodarone hydrochloride 提交 2016-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 121–391（271 aa）片段：UNP residues 121-391	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 MCM 7-AMINO-4-METHYL-CHROMEN-2-ONE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.1M HEPES sodium pH 7.5, 10%(v/v) 2-Propanol, 20%(w/v) Polyethylene glycol 4,000	分辨率 3.21 Å R-free 0.372
5Y4H Human SIRT3 in complex with halistanol sulfate 提交 2017-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）片段：UNP residues 118-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 8QF [(2~{S},3~{S},5~{S},6~{S},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{R},17~{R})-17-[(2~{R})-6,6-dimethylheptan-2-yl]-10,13-dimethyl-2,3-disulfooxy-2,3,4,5,6,7,8,9,11,12,14,15,16,17-tetradecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthren-6-yl] hydrogen sulfate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Potassium phosphate	分辨率 2.60 Å R-free 0.269
5YTK Crystal structure of SIRT3 bound to a leucylated AceCS2 提交 2017-11-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 121–394（274 aa）链 B 121–394（274 aa）链 C 121–394（274 aa）链 D 121–394（274 aa）链 E 121–394（274 aa）链 F 121–394（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 LEU LEUCINE × 6 LYS LYSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；291 K；0.1M MES monohydrate (pH6.2) and 8% PEG 20,000	分辨率 2.70 Å R-free 0.237
5Z93 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K9bhb peptide 提交 2018-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–399（283 aa）片段：UNP residues 117-399	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1M MES pH 6.5, 25% PEG 1000	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
5Z94 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide 提交 2018-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 117–399（283 aa）片段：UNP residues 117-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
5Z94 Crystal Structure of SIRT3 in complex with H3K4bhb peptide 提交 2018-02-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 117–399（283 aa）片段：UNP residues 117-399	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 SO4 SULFATE ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Li2SO4, 0.1M sodium citrate, pH 6.0, 19% PEG 3,350	分辨率 1.90 Å R-free 0.191
5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–394（274 aa）片段：UNP residues 121-394	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 121–394（274 aa）片段：UNP residues 121-394	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 121–394（274 aa）片段：UNP residues 121-394	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 121–394（274 aa）片段：UNP residues 121-394	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 121–394（274 aa）片段：UNP residues 121-394	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
5ZGC Crystal Structure of SIRT3 in complex with H4K16bhb peptide 提交 2018-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 121–394（274 aa）片段：UNP residues 121-394	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；291 K；0.1M Bicine pH 9.0, 10% PEG 6000	分辨率 2.90 Å R-free 0.280
6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–394（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 121–394（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 121–394（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 121–394（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 121–394（274 aa）	未记录	CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
6ISO Human SIRT3 Recognizing H3K4cr 提交 2018-11-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 121–394（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CRD (2E)-BUT-2-ENAL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG4K, 0.1 M sodium malonate, pH 6.5, 5% isopropanol	分辨率 2.95 Å R-free 0.275
8ANC 14-3-3 sigma sirtuin-3 phospho-peptide complex 提交 2022-08-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 98–108（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M Hepes/NaOH pH 7.5, 0.2 M CaCl2, 26% (v/v) PEG 400, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP	分辨率 1.11 Å R-free 0.146
8BBK Crystal structure of human Sirt3 in complex with a fragment of the human AROS protein 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl	分辨率 3.27 Å R-free 0.261
8BBK Crystal structure of human Sirt3 in complex with a fragment of the human AROS protein 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–399（399 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl	分辨率 3.27 Å R-free 0.261
8BBK Crystal structure of human Sirt3 in complex with a fragment of the human AROS protein 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–399（399 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl	分辨率 3.27 Å R-free 0.261
8BBK Crystal structure of human Sirt3 in complex with a fragment of the human AROS protein 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–399（399 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl	分辨率 3.27 Å R-free 0.261
8BBK Crystal structure of human Sirt3 in complex with a fragment of the human AROS protein 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–399（399 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl	分辨率 3.27 Å R-free 0.261
8BBK Crystal structure of human Sirt3 in complex with a fragment of the human AROS protein 提交 2022-10-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–399（399 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；12 % PEG 8.000, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 0.2 M NaCl	分辨率 3.27 Å R-free 0.261
8CCW Crystal structure of human Sirt3 in complex with an acetylated HIV1 Tat-46-54 substrate peptide 提交 2023-01-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10 mg/ml human Sirt3-(118-399) in 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP were incubated with 2 mM ac-Tat-46-54 for 60 min at 293.15 K. The complex was crystallized using the sitting-drop vapor-diffusion method at 293.15 K with 100 mM MES, pH 6.0, 30% (w/v) PEG 200, 5% (w/v) PEG 3000 as reservoir solution.	分辨率 1.65 Å R-free 0.209
8CCZ Crystal structure of human Sirt3 in complex with an inhibiting HIV1 Tat-37-59 peptide 提交 2023-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10 mg/ml human Sirt3-(118-399) in 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP were incubated with 2 mM Tat-37-59 in 10% (v/v) DMSO for 60 min at 293.15 K. The complex was crystallized using the sitting-drop vapor-diffusion method at 293.15 K with 100 mM CHES, pH 9.0, 20% (w/v) PEG 8000 as reservoir solution.	分辨率 1.95 Å R-free 0.276
8CCZ Crystal structure of human Sirt3 in complex with an inhibiting HIV1 Tat-37-59 peptide 提交 2023-01-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；10 mg/ml human Sirt3-(118-399) in 20 mM Tris/HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP were incubated with 2 mM Tat-37-59 in 10% (v/v) DMSO for 60 min at 293.15 K. The complex was crystallized using the sitting-drop vapor-diffusion method at 293.15 K with 100 mM CHES, pH 9.0, 20% (w/v) PEG 8000 as reservoir solution.	分辨率 1.95 Å R-free 0.276
8HLW Crystal structure of SIRT3 in complex with H4K16la peptide 提交 2022-12-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 119–399（281 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% (w/v) Polyethylene glycol 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.243
8HLY Crystal structure of SIRT3 in complex with H3K23la peptide 提交 2022-12-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 119–399（281 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1 2OP (2S)-2-HYDROXYPROPANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M BIS-TRIS pH at 6.5, 28% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 2.00 Å R-free 0.203
8HN9 Human SIRT3 Recognizing CCNE2K348la peptide 提交 2022-12-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 122–395（274 aa）链 B 122–395（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 IMD IMIDAZOLE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.8 M succinic acid, pH 7.0, 0.01M Imidazole	分辨率 3.70 Å R-free 0.218
8V15 Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide, Carba-NAD, and Honokiol 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).	分辨率 2.40 Å R-free 0.303
8V15 Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide, Carba-NAD, and Honokiol 提交 2023-11-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 Y4T (1P)-3',5-di(prop-2-en-1-yl)[1,1'-biphenyl]-2,4'-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).	分辨率 2.40 Å R-free 0.303
8V2N Human SIRT3 co-crystallized with ligands, including p53-AMC peptide and Carba-NAD 提交 2023-11-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）	未记录	CNA CARBA-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).	分辨率 1.74 Å R-free 0.282
8V5U Human SIRT3 bound to p53-AMC peptide and Honokiol 提交 2023-12-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 Y4T (1P)-3',5-di(prop-2-en-1-yl)[1,1'-biphenyl]-2,4'-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293.15 K；SIRT3 (118-399) (10.3 mg/ml) was crystallized in complex with FDL (QPKKAC-7-amino-4-methylcoumarin) peptide (3 mM) and honokiol (1 mM) in 25% PEG 3350, 0.2 M Li2SO4 (or 0.2 M NaCl), and 0.1M HEPES, pH 7.5 as reservoir. Following formation of the ternary complex, crystals were soaked with carba-NAD (10 mM).	分辨率 1.48 Å R-free 0.246
9CBT Crystal structure of human sirtuin 3 fragment (residues 118-399) bound to intermediates from reaction with NAD and inhibitor NH6-10 提交 2024-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 5IA 2-{[(2S)-6-[(Z)-(1-{[(2R,3R,4R,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-4-hydroxy-2-sulfanyloxolan-3-yl]oxy}tetradecylidene)amino]-2-{[(benzyloxy)carbonyl]amino}hexanoyl]amino}-N,N,N-triethylethan-1-aminium (non-preferred name) × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.9, 100 mM MgCl2, 20 % w/v PEG8000, and 17.5 % w/v PEG400	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
9CBT Crystal structure of human sirtuin 3 fragment (residues 118-399) bound to intermediates from reaction with NAD and inhibitor NH6-10 提交 2024-06-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 118–399（282 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 5I7 (phenylmethyl) ~{N}-[(2~{S})-6-[[(2~{R},3~{a}~{R},5~{R},6~{R},6~{a}~{R})-5-[[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxymethyl]-6-oxidanyl-2-tridecyl-3~{a},5,6,6~{a}-tetrahydrofuro[2,3-d][1,3]oxathiol-2-yl]amino]-1-oxidanylidene-1-[2-(triethyl-$l^{4}-azanyl)ethylamino]hexan-2-yl]carbamate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；100 mM Tris, pH 7.9, 100 mM MgCl2, 20 % w/v PEG8000, and 17.5 % w/v PEG400	分辨率 1.95 Å R-free 0.239
9KTK Crystal structure of human SIRT3 with its activator SKLB-11A 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 118–391（274 aa）链 B 118–391（274 aa）链 C 118–391（274 aa）链 D 118–391（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 A1EHU methyl 2-azanyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]pyrrolo[3,2-b]quinoxaline-3-carboxylate × 4 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 1.1M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.340
9KTK Crystal structure of human SIRT3 with its activator SKLB-11A 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–391（274 aa）链 D 118–391（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1EHU methyl 2-azanyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]pyrrolo[3,2-b]quinoxaline-3-carboxylate × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 1.1M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.340
9KTK Crystal structure of human SIRT3 with its activator SKLB-11A 提交 2024-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 118–391（274 aa）链 C 118–391（274 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 A1EHU methyl 2-azanyl-1-[(4-fluorophenyl)methyl]pyrrolo[3,2-b]quinoxaline-3-carboxylate × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2M Li2SO4, 1.1M (NH4)2SO4, 0.1M Tris-HCl pH 7.5	分辨率 2.49 Å R-free 0.340
9S27 Crystal structure of human SIRT3 in complex with the covalent adduct of peptide triazole inhibitor LTDi1 and ADP-ribose 提交 2025-07-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–395（278 aa）片段：UNP residues 118-395	未记录	ZN ZINC ION × 1 BU3 (R,R)-2,3-BUTANEDIOL × 2 A1JK8 [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S})-5-(5-dodecyl-3-propyl-1,2,3$l^{4}-triazacyclopenta-2,4-dien-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl hydrogen phosphate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Crystals of the SIRT3-[LTDi1-ADPR] complex (10.0 mg/mL SIRT3, 15 mM NAD+, 3 mM of LTDi1 with 1.5 % (v/v) final DMSO concentration) formed after 2 days in wells with an equal volume of 300 nL protein solution and 300 nL reservoir solution containing 3 M NaCl in 0.1 M Tris at pH 8.5.	分辨率 1.60 Å R-free 0.194

共 43 个其他 PDB 条目、85 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIR3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–281； UniProt 118–395 作者链 B； PDB构建体 4–281； UniProt 118–395 作者链 C； PDB构建体 4–281； UniProt 118–395 作者链 D； PDB构建体 4–281； UniProt 118–395 作者链 E； PDB构建体 4–281； UniProt 118–395 作者链 F； PDB构建体 4–281； UniProt 118–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d7n
沉积日期 deposition_date	2015-08-14
结构标题 title	Crystal structure of human Sirt3 at an improved resolution
关键词 keywords	Hydrolase, Sirtuin 3, Deacylase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.04 Å
零角强度 I(0) i0	455399000.00
分子量 molecular_weight	182670.0 kDa
排除体积 excluded_volume	231120 Å³
包络体积 envelope_volume	336200 Å³
水化壳体积 shell_volume	58616 Å³
包络直径 envelope_diameter	165.0 Å
壳层 Rg shell_rg	51.44 Å
包络 Rg envelope_rg	47.39 Å
形状 Rg shape_rg	48.98 Å
总 Rg total_rg	49.34 Å
总原子数 total_atoms	12863
残基数 n_residues	1628
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	161.6 Å
Rg (实空间) rg_real	49.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	455300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8895
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.222
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.720
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.789

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
分子量 formula_weight	31268.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	14318

GHMSDKGKLSLQDVAELIRARACQRVVVMVGAGISTPSGIPDFRSPGSGLYSNLQQYDLPYPEAIFELPFFFHNPKPFFTLAKELYPGNYKPNVTHYFLRLLHDKGLLLRLYTQNIDGLERVSGIPASKLVEAHGTFASATCTVCQRPFPGEDIRADVMADRVPRCPVCTGVVKPDIVFFGEPLPQRFLLHVVDFPMADLLLILGTSLEVEPFASLTEAVRSSVPRLLINRDLVGPLAWHPRSRDVAQLGDVVHGVESLVELLGWTEEMRDLVQRETGKLD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1257

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d5d7na_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5d7nb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5d7nc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5d7nd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5d7ne_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5d7nf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	5d7nA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5d7nA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	5d7nB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5d7nB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	5d7nC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5d7nC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	5d7nD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5d7nD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	5d7nE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5d7nE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	5d7nF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5d7nF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	84.990 Å
晶胞边长 b length_b	143.850 Å
晶胞边长 c length_c	89.460 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	33.660 Å
R 因子 r_factor	0.1764
R_work r_work	0.1749
R_free r_free	0.2032

fit	/app/data/saxs_computation/d7/5d7n/5d7n.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d7/5d7n/5d7n.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d7/5d7n/5d7n.dat