SAXSdb — 5d98

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3） MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3） MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA_INCJH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709 作者链 D； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)

UniProt Q9IMP4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3） MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3） MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDRP_INCJH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754 作者链 E； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754

Polymerase basic protein 2

Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)

UniProt Q9IMP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PB2_INCJH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774 作者链 F； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d98
沉积日期 deposition_date	2015-08-18
结构标题 title	Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P43212
关键词 keywords	RNA-dependent RNA polymerase, Influenza, Influenza C virus, Negative-strand virus, transferase-RNA complex; TRANSFERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d98__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d98__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.91 Å
Rg（电子密度）	40.44 Å
总 Rg	40.79 Å
原子数	17360
残基数	2166
排除体积	311400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d98__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5d98__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	82025.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	34720

MSKTFAEIAEAFLEPEAVRIAKEAVEEYGDHERKIIQIGIHFQVCCMFCDEYLSTNGSDRFVLIEGRKRGTAVSLQNELCKSYDLEPLPFLCDIFDREEKQFVEIGITRKADDSYFQSKFGKLGNSCKIFVFSYDGRLDKNCEGPMEEQKLRIFSFLATAADFLRKENMFNEIFLPDNEETIIEMKKGKTFLELRDESVPLPFQTYEQMKDYCEKFKGNPRELASKVSQMQSNIKLPIKHYEQNKFRQIRLPKGPMAPYTHKFLMEEAWMFTKISDPERSRAGEILIDFFKKGNLSAIRPKDKPLQGKYPIHYKNLWNQIKAAIADRTMVINENDHSEFLGGIGRASKKIPEISLTQDVITTEGLKQSENKLPEPRSFPRWFNAEWMWAIKDSDLTGWVPMAEYPPADNELEDYAEHLNKTMEGVLQGTNCAREMGKCILTVGALMTECRLFPGKIKVVPIYARSKERKSMQEGLPVPSEMDCLFGICVKSKSHLNKDDGMYTIITFEFSIREPNLEKHQKYTVFEAGHTTVRMKKGESVIGREVPLYLYCRTTALSKIKNDWLSKARRCFITTMDTVETICLRESAKAEENLVEKTLNEKQMWIGKKNGELIAQPLREALRVQLVQQFYFCIYNDSQLEGFCNEQKKILMALEGDKKNKSSFGFNPEGLLEKIEECLINNPMCLFMAQRLNELVIEASKRGAKFFKTD

来源 Source

来源生物 organism	Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100673
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	86145.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MEINPYLMFLNNDVTSLISTTYPYTGPPPMSHGSSTKYTLETIKRTYDYSRTSVEKTSKVFNIPRRKFCNCLEDKDELVKPTGNVDISSLLGLAEMMEKRMGEGFFKHCVMEAETEILKMHFSRLTEGRQTYDWTSERNMPAATALQLTVDAIKETEGPFKGTTMLEYCNKMIEMLDWKEIKFKKVKTVVRREKDKRSGKEIKTKVPVMGIDSIKHDEFLIRALTINTMAKDGERGKLQRRAIATPGMIVRPFSKIVETVAQKICEKLKESGLPVGGNEKKAKLKTTVTSLNARMNSDQFAVNITGDNSKWNECQQPEAYLALLAYITKDSSDLMKDLCSVAPVLFCNKFVKLGQGIRLSNKRKTKEVIIKAEKMGKYKNLMREEYKNLFEPLEKYIQKDVCFLPGGMLMGMFNMLSTVLGVSTLCYMDEELKAKGCFWTGLQSSDDFVLFAVASNWSNIHWTIRRFNAVCKLIGINMSLEKSYGSLPELFEFTSMFFDGEFVSNLAMELPAFTTAGVNEGVDFTAAMSIIKTNMINNSLSPSTALMALRICLQEFRATYRVHPWDSRVKGGRMKIINEFIKTIENKDGLLIADGGKLMNNISTLHIPEEVLKFEKMDEQYRNRVFNPKNPFTNFDKTIDIFRAHGPIRVEENEAVVSTHSFRTRANRTLLNTDMRAMMAEEKRYQMVCDMFKSVFESADINPPIGAMSIGEAIEEKLLERAKMKRDIGAIEDSEYEEIKDIIRDAKKARLESR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100673
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	88972.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MSLLLTIAKEYKRLCQDAKAAQMMTVGTVSNYTTFKKWTTSRKEKNPSLRMRWAMSSKFPIIANKRMLEEAQIPKEHNNVALWEDTEDVSKRDHVLASASCINYWNFCGPCVNNSEVIKEVYKSRFGRLERRKEIMWKELRFTLVDRQRRRVDTQPVEQRLRTGEIKDLQMWTLFEDEAPLASKFILDNYGLVKEMRSKFANKPLNKEVVAHMLEKQFNPESRFLPVFGAIRPERMELIHALGGETWIQEANTAGISNVDQRKNDIRAVCRKVCLAANASIMNAKSKLVEYIKSTSMRIGETERKLEELILETDDVSPEVTLCKSALGGQLGKTLSFGPMLLKKISGSGVKVKDTVYIQGVRAVQFEYWSEQEEFYGEYKSATALFSRKERSLEWITIGGGINEDRKRLLAMCMIFCRDGDYFKDAPATITMADLSTKLGREIPYQYVMMNWIQKSEDNLEALLYSRGIVETNPGKMGSSMGIDGSKRAIKSLRAVTIQSGKIDMPESKEKIHLELSDNLEAFDSSGRIVATILDLPSDKKVTFQDVSFQHPDLAVLRDEKTAITKGYEALIKRLGTGDNDIPSLIAKKDYLSLYNLPEVKLMAPLIRPNRKGVYSRVARKLVSTQVTTGHYSLHELIKVLPFTYFAPKQGMFEGRLFFSNDSFVEPGVNNNVFSWSKADSSKIYCHGIAIRVPLVVGDEHMDTSLALLEGFSVCENDPRAPMVTRQDLIDVGFGQKVRLFVGQGSVRTFKRTASQRAASSDVNKNVKKIKMSNARENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100673
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	185.660 Å
晶胞边长 b length_b	185.660 Å
晶胞边长 c length_c	598.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.900 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.2878
R_work r_work	0.2858
R_free r_free	0.3257

Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P43212

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d98__assembly_1__model_1

5d98__assembly_1__model_1 | I(q)

5d98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P43212

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d98__assembly_1__model_1

5d98__assembly_1__model_1 | I(q)

5d98__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)