SAXSdb — 5d9a

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PA_INCJH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709 作者链 D； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709 作者链 G； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709 作者链 J； PDB构建体 1–709； UniProt 1–709

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)

UniProt Q9IMP4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） Polymerase basic protein 2 × 1 （Q9IMP3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RDRP_INCJH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754 作者链 E； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754 作者链 H； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754 作者链 K； PDB构建体 1–754； UniProt 1–754

Polymerase basic protein 2

Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)

UniProt Q9IMP3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polymerase acidic protein × 1 （Q9IMP5） RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit × 1 （Q9IMP4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PB2_INCJH
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774 作者链 F； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774 作者链 I； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774 作者链 L； PDB构建体 1–774； UniProt 1–774

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5d9a
沉积日期 deposition_date	2015-08-18
结构标题 title	Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121
关键词 keywords	RNA-dependent RNA polymerase, Influenza, Influenza C virus, Negative-strand virus, viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5d9a__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5d9a__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5d9a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.79 Å
Rg（电子密度）	40.30 Å
总 Rg	40.66 Å
原子数	17297
残基数	2158
排除体积	310270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5d9a__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5d9a__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5d9a__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5d9a__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Polymerase acidic protein
分子量 formula_weight	82025.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	69371

MSKTFAEIAEAFLEPEAVRIAKEAVEEYGDHERKIIQIGIHFQVCCMFCDEYLSTNGSDRFVLIEGRKRGTAVSLQNELCKSYDLEPLPFLCDIFDREEKQFVEIGITRKADDSYFQSKFGKLGNSCKIFVFSYDGRLDKNCEGPMEEQKLRIFSFLATAADFLRKENMFNEIFLPDNEETIIEMKKGKTFLELRDESVPLPFQTYEQMKDYCEKFKGNPRELASKVSQMQSNIKLPIKHYEQNKFRQIRLPKGPMAPYTHKFLMEEAWMFTKISDPERSRAGEILIDFFKKGNLSAIRPKDKPLQGKYPIHYKNLWNQIKAAIADRTMVINENDHSEFLGGIGRASKKIPEISLTQDVITTEGLKQSENKLPEPRSFPRWFNAEWMWAIKDSDLTGWVPMAEYPPADNELEDYAEHLNKTMEGVLQGTNCAREMGKCILTVGALMTECRLFPGKIKVVPIYARSKERKSMQEGLPVPSEMDCLFGICVKSKSHLNKDDGMYTIITFEFSIREPNLEKHQKYTVFEAGHTTVRMKKGESVIGREVPLYLYCRTTALSKIKNDWLSKARRCFITTMDTVETICLRESAKAEENLVEKTLNEKQMWIGKKNGELIAQPLREALRVQLVQQFYFCIYNDSQLEGFCNEQKKILMALEGDKKNKSSFGFNPEGLLEKIEECLINNPMCLFMAQRLNELVIEASKRGAKFFKTD

来源 Source

来源生物 organism	Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100673
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	86145.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MEINPYLMFLNNDVTSLISTTYPYTGPPPMSHGSSTKYTLETIKRTYDYSRTSVEKTSKVFNIPRRKFCNCLEDKDELVKPTGNVDISSLLGLAEMMEKRMGEGFFKHCVMEAETEILKMHFSRLTEGRQTYDWTSERNMPAATALQLTVDAIKETEGPFKGTTMLEYCNKMIEMLDWKEIKFKKVKTVVRREKDKRSGKEIKTKVPVMGIDSIKHDEFLIRALTINTMAKDGERGKLQRRAIATPGMIVRPFSKIVETVAQKICEKLKESGLPVGGNEKKAKLKTTVTSLNARMNSDQFAVNITGDNSKWNECQQPEAYLALLAYITKDSSDLMKDLCSVAPVLFCNKFVKLGQGIRLSNKRKTKEVIIKAEKMGKYKNLMREEYKNLFEPLEKYIQKDVCFLPGGMLMGMFNMLSTVLGVSTLCYMDEELKAKGCFWTGLQSSDDFVLFAVASNWSNIHWTIRRFNAVCKLIGINMSLEKSYGSLPELFEFTSMFFDGEFVSNLAMELPAFTTAGVNEGVDFTAAMSIIKTNMINNSLSPSTALMALRICLQEFRATYRVHPWDSRVKGGRMKIINEFIKTIENKDGLLIADGGKLMNNISTLHIPEEVLKFEKMDEQYRNRVFNPKNPFTNFDKTIDIFRAHGPIRVEENEAVVSTHSFRTRANRTLLNTDMRAMMAEEKRYQMVCDMFKSVFESADINPPIGAMSIGEAIEEKLLERAKMKRDIGAIEDSEYEEIKDIIRDAKKARLESR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100673
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polymerase basic protein 2
分子量 formula_weight	88972.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MSLLLTIAKEYKRLCQDAKAAQMMTVGTVSNYTTFKKWTTSRKEKNPSLRMRWAMSSKFPIIANKRMLEEAQIPKEHNNVALWEDTEDVSKRDHVLASASCINYWNFCGPCVNNSEVIKEVYKSRFGRLERRKEIMWKELRFTLVDRQRRRVDTQPVEQRLRTGEIKDLQMWTLFEDEAPLASKFILDNYGLVKEMRSKFANKPLNKEVVAHMLEKQFNPESRFLPVFGAIRPERMELIHALGGETWIQEANTAGISNVDQRKNDIRAVCRKVCLAANASIMNAKSKLVEYIKSTSMRIGETERKLEELILETDDVSPEVTLCKSALGGQLGKTLSFGPMLLKKISGSGVKVKDTVYIQGVRAVQFEYWSEQEEFYGEYKSATALFSRKERSLEWITIGGGINEDRKRLLAMCMIFCRDGDYFKDAPATITMADLSTKLGREIPYQYVMMNWIQKSEDNLEALLYSRGIVETNPGKMGSSMGIDGSKRAIKSLRAVTIQSGKIDMPESKEKIHLELSDNLEAFDSSGRIVATILDLPSDKKVTFQDVSFQHPDLAVLRDEKTAITKGYEALIKRLGTGDNDIPSLIAKKDYLSLYNLPEVKLMAPLIRPNRKGVYSRVARKLVSTQVTTGHYSLHELIKVLPFTYFAPKQGMFEGRLFFSNDSFVEPGVNNNVFSWSKADSSKIYCHGIAIRVPLVVGDEHMDTSLALLEGFSVCENDPRAPMVTRQDLIDVGFGQKVRLFVGQGSVRTFKRTASQRAASSDVNKNVKKIKMSNARENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	100673
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d5d9aa1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.34 — PA N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d5d9aa2
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.152 — Influenza virus PA linker region-like
超家族 Superfamily superfamily	j.152.1 — Influenza virus PA/P3 linker region-like
家族 Family family	j.152.1.1 — Influenza virus PA/P3 linker region

结构域编号 domain_id	d5d9aa3
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.77 — PA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	e.77.1 — PA C-terminal domain-like
家族 Family family	e.77.1.1 — PA C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d5d9ab_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.8 — DNA/RNA polymerases
超家族 Superfamily superfamily	e.8.1 — DNA/RNA polymerases
家族 Family family	e.8.1.9 — Influenza virus PB1

结构域编号 domain_id	d5d9ac1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.361 — PB2 C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.361.1 — PB2 C-terminal domain-like
家族 Family family	d.361.1.1 — PB2 C-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	d5d9ac2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.396 — Influenza virus PB2 '627' domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.396.1 — Influenza virus PB2 '627' domain-like
家族 Family family	d.396.1.1 — Influenza virus PB2 '627' domain

结构域编号 domain_id	d5d9ac3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.397 — Influenza virus PB2 cap binding domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.397.1 — Influenza virus PB2 cap binding domain-like
家族 Family family	d.397.1.1 — Influenza virus PB2 cap binding domain

结构域编号 domain_id	d5d9ac4
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.153 — Influenza virus PB2 linker region-like
超家族 Superfamily superfamily	j.153.1 — Influenza virus PB2 linker region-like
家族 Family family	j.153.1.1 — Influenza virus PB2 linker region

结构域编号 domain_id	d5d9ac5
类 Class class	j — Peptides
折叠类型 Fold fold	j.153 — Influenza virus PB2 linker region-like
超家族 Superfamily superfamily	j.153.2 — Influenza virus PB2 mid domain-like
家族 Family family	j.153.2.1 — Influenza virus PB2 mid domain

结构域编号 domain_id	d5d9ac6
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.82 — Influenza virus PB2 N-terminal region
超家族 Superfamily superfamily	e.82.1 — Influenza virus PB2 N-terminal region
家族 Family family	e.82.1.1 — Influenza virus PB2 N-terminal region

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晶胞边长 a length_a	107.280 Å
晶胞边长 b length_b	217.500 Å
晶胞边长 c length_c	597.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.010 Å
R 因子 r_factor	0.3184
R_work r_work	0.3157
R_free r_free	0.3685

Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d9a__assembly_1__model_1

5d9a__assembly_1__model_1 | I(q)

5d9a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase acidic protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polymerase basic protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5d9a__assembly_1__model_1

5d9a__assembly_1__model_1 | I(q)

5d9a__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)