5dal

Crystal Structure of human Glutathione Transferase Pi complexed with a metalloid in the presence of Glutathione

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutathione S-transferase P

Homo sapiens

UniProt P09211

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–210 链 B; UniProt 1–210 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 5AU Di-glutathione-PhenylArsine × 2 GSH Glutathione × 2 PA0 Phenylarsine oxide × 2 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;293 K;100MM MES, PH 6.0, 28% (W/V) PEG 8000, 20MM CACL2, 10MM DTT, 10MM GSH. Soaked in 2MM PAO dissolved in DMSO 分辨率 1.50 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 67 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSTP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210 作者链 B; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5dal

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5dal
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5dal
沉积日期 deposition_date2015-08-20
结构标题 titleCrystal Structure of human Glutathione Transferase Pi complexed with a metalloid in the presence of Glutathione
关键词 keywordsTransferase, Metalloid, Anti-cancer; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.88
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.87
零角强度 I(0) i038984400.00
分子量 molecular_weight48793.0 kDa
排除体积 excluded_volume61179 ų
包络体积 envelope_volume69439 ų
水化壳体积 shell_volume26698 ų
包络直径 envelope_diameter67.7
壳层 Rg shell_rg28.36
包络 Rg envelope_rg20.99
形状 Rg shape_rg20.88
总 Rg total_rg21.72
总原子数 total_atoms6771
残基数 n_residues418
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.1
Rg (实空间) rg_real21.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real3.8980e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.73
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38990000.0000
解质量估计 total_estimate0.9045
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.113
峰度 Kurtosis kurtosis-0.496
角度范围 angular_range— – 0.3650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13430000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.978; Smooth: 0.974

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5dala1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5dala2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5dalb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5dalb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5dalA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5dalA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5dalB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5dalB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)