SAXSdb — 5dar

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L10

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 9–221	未记录	74 nt fragment of 23S rRNA × 1 50S ribosomal protein L11 × 1 （P54030） MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.15 M KCl, 20 mM MgCl2, 15% PEG 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 9–221	未记录	74 nt fragment of 23S rRNA × 1 50S ribosomal protein L11 × 1 （P54030） MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.15 M KCl, 20 mM MgCl2, 15% PEG 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DAR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3JSY N-terminal fragment of ribosomal protein L10 from Methanococcus jannaschii 提交 2009-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 10–221（212 aa）片段：N-terminal fragment, residues in UNP 10-221	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；KSCN, PEG4000, NaAcetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
3JSY N-terminal fragment of ribosomal protein L10 from Methanococcus jannaschii 提交 2009-09-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 10–221（212 aa）片段：N-terminal fragment, residues in UNP 10-221	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；295 K；KSCN, PEG4000, NaAcetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
5D6G CRYSTAL STRUCTURE OF FRAGMENT OF RIBOSOMAL PROTEIN P0 IN COMPLEX WITH 74NT 23S RNA FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII 提交 2015-08-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 10–221（212 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；50 mM Sodium Cacodylate, pH 6.5, 0.2 M KCl, 0.1 M Magnesium acetate, 9% PEG 6000, 0.5 mM CTAB	分辨率 3.30 Å R-free 0.298
5D8H CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH ANTIBIOTIC THIOSTREPTON 提交 2015-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 9–221（213 aa）片段：UNP residues 9-221	突变：Met changed to SeMet 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% glycerol, 1 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 0.125 mM CTAB	分辨率 2.80 Å R-free 0.245

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL10_METJA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–213； UniProt 9–221 作者链 E； PDB构建体 1–213； UniProt 9–221

50S ribosomal protein L11

Methanocaldococcus jannaschii

UniProt P54030

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–161	未记录	74 nt fragment of 23S rRNA × 1 50S ribosomal protein L10 × 1 （P54049） MG MAGNESIUM ION × 5 CL CHLORIDE ION × 2 K POTASSIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.15 M KCl, 20 mM MgCl2, 15% PEG 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.297
2	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–161	未记录	74 nt fragment of 23S rRNA × 1 50S ribosomal protein L10 × 1 （P54049） MG MAGNESIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 0.15 M KCl, 20 mM MgCl2, 15% PEG 4000	分辨率 2.90 Å R-free 0.297

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DAR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5COL RIBOSOMAL PROTEIN L11 FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII 提交 2015-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–161（161 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM Sodium Citrate, pH 5.0, 0.1 M MgCl2, 27% PEG 600	分辨率 2.25 Å R-free 0.252
5COL RIBOSOMAL PROTEIN L11 FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII 提交 2015-07-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–161（161 aa）	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；100 mM Sodium Citrate, pH 5.0, 0.1 M MgCl2, 27% PEG 600	分辨率 2.25 Å R-free 0.252
5D8H CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII WITH ANTIBIOTIC THIOSTREPTON 提交 2015-08-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–161（161 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 11 NA SODIUM ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；295 K；0.1 mM Tris-HCl, pH 7.5, 10% PEG 8000, 20% glycerol, 1 mM TCEP (tris(2-carboxyethyl)phosphine), 0.125 mM CTAB	分辨率 2.80 Å R-free 0.245

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_METJA
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dar
沉积日期 deposition_date	2015-08-20
结构标题 title	CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII
关键词 keywords	ribosome, P-stalk, archaea, ribosomal protein; RIBOSOMAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	35.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.53 Å
零角强度 I(0) i0	362092000.00
分子量 molecular_weight	122910.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140640 Å³
包络体积 envelope_volume	199440 Å³
水化壳体积 shell_volume	47126 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.50 Å
包络 Rg envelope_rg	35.27 Å
形状 Rg shape_rg	35.54 Å
总 Rg total_rg	35.82 Å
总原子数 total_atoms	8400
残基数 n_residues	829
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.9 Å
Rg (实空间) rg_real	35.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.11 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	35.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	362100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6878
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	40.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.392
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.358
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.644

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	74 nt fragment of 23S rRNA
分子量 formula_weight	23928.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	8414

GCCUAAGACAGCGGGGAGGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCCUUUAAAGAGUGCGUAACAGCUCACCCGUCGAGGC

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L10
分子量 formula_weight	23353.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E

MAPWKIEEVKTLKGLIKSKPVVAIVDMMDVPAPQLQEIRDKIRDKVKLRMSRNTLIIRALKEAAEELNNPKLAELANYVERGAAILVTDMNPFKLYKLLEENKSPAPVRGGQIAPCDIKVEKGSTGMPPGPFLGELKSVGIPAAIEKGKIAIKEDKVVVKKGEVVSPKLAAVLDRLGIKPIKVGLNILAVYEDGIIYTPDVLKVDEEKLLADI

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	17513.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

MAKEVVEVLVTGGRATAGPPLGPAIGPLGVNVMQVVKEINEKTKDYEGMQVPVKVIVDTETRKFEIEVGIPPTTALIKKELGIETAAHEPRHEVVGNLTLEQVIKIAKMKKDAMLSYTLKNAVKEVLGTCGSMGVTVEGKDPKEVQKEIDAGVYDEYFKEE

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2190
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5darC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1550 — Ribosomal protein L11, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	5darE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1730 — Ribosomal protein L10, N-terminal RNA-binding domain

结构域编号 domain_id	5darE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	105 — Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Ribosomal protein L10, N-terminal fragment, domain II

结构域编号 domain_id	5darF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1550 — Ribosomal protein L11, N-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.396 Å
晶胞边长 b length_b	88.451 Å
晶胞边长 c length_c	95.231 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2661
R_work r_work	0.2644
R_free r_free	0.2968

fit	/app/data/saxs_computation/da/5dar/5dar.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/5dar/5dar.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/5dar/5dar.dat

CRYSTAL STRUCTURE OF THE BASE OF THE RIBOSOMAL P STALK FROM METHANOCOCCUS JANNASCHII

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

50S ribosomal protein L10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)