SAXSdb — 5dka

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–232	突变：129 stop mutant	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；273 K；0.1 M HEPES, 10% PEG 8K	分辨率 1.55 Å R-free 0.239
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–232	突变：129 stop mutant	ZN ZINC ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：EVAPORATION；273 K；0.1 M HEPES, 10% PEG 8K	分辨率 1.55 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DKA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8GBQ Structure of RNF125 in complex with UbcH5b 提交 2023-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–127（96 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；289 K；0.1 M CHES 9.5 20% PEG 8000	分辨率 1.74 Å R-free 0.201
8GCB Structure of RNF125 in complex with a UbcH5b~Ub conjugate 提交 2023-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 32–127（96 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 9；289 K；0.1 M BICINE pH 9.0, 20% PEG 6000	分辨率 2.39 Å R-free 0.271

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RN125_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232 作者链 B； PDB构建体 1–232； UniProt 1–232

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dka
沉积日期 deposition_date	2015-09-03
结构标题 title	A C2HC zinc finger is essential for the activity of the RING ubiquitin ligase RNF125
关键词 keywords	RING ubiquitin ligase, ligase; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.30 Å
零角强度 I(0) i0	10452000.00
分子量 molecular_weight	22364.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27165 Å³
包络体积 envelope_volume	33551 Å³
水化壳体积 shell_volume	15808 Å³
包络直径 envelope_diameter	60.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.77 Å
包络 Rg envelope_rg	18.04 Å
形状 Rg shape_rg	18.32 Å
总 Rg total_rg	19.04 Å
总原子数 total_atoms	1521
残基数 n_residues	192
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	57.2 Å
Rg (实空间) rg_real	18.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3430e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8314
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	28.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.106
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.583
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2102000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.935; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RNF125
分子量 formula_weight	26492.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
突变 mutation	129 stop mutant
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1653

MGSVLSTDSGKSAPASATARALERRRDPELPVTSFDCAVCLEVLHQPVRTRCGHVFCRSCIATSLKNNKWTCPYCRAYLPSEGVPATDVAKRMKSEYKNCAECDTLVCLSEMRAHIRTCQKYIDKYGPLQELEETAARCVCPFCQRELYEDSLLDHCITHHRSERRPVFCPLCRLIPDENPSSFSGSLIRHLQVSHTLFYDDFIDFNIIEEALIRRVLDRSLLEYVNHSNTT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	132

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5dkaA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	5dkaB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.670 Å
晶胞边长 b length_b	52.320 Å
晶胞边长 c length_c	73.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	42.710 Å
R 因子 r_factor	0.2113
R_work r_work	0.2098
R_free r_free	0.2392

fit	/app/data/saxs_computation/dk/5dka/5dka.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dk/5dka/5dka.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dk/5dka/5dka.dat

A C2HC zinc finger is essential for the activity of the RING ubiquitin ligase RNF125

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

E3 ubiquitin-protein ligase RNF125

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction