5dpw

Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 118.9 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 8–125	片段：UNP residues 8-125	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1 × 1 （Q9Y4G2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5DPW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NCN Solution Structure of the Autophagy-Related Protein LC3C 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293.15 K；离子强度（mmCIF原始值）171；压力 1 NMR样品组成 0.35-0.7 mM [U-15N] Microtubule-associated protein light chain 3C (LC3C), 20 mM PIPES, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 2% [U-2H] glycerol, 90% H2O, 10% D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.35-0.7 mM [U-13C; U-15N] Microtubule-associated protein light chain 3C (LC3C), 20 mM PIPES, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 2% [U-2H] glycerol, 90% H2O, 10% D2O, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.35-0.7 mM [U-13C; U-15N] Microtubule-associated protein light chain 3C (LC3C), 20 mM PIPES, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM EDTA, 2% [U-2H] glycerol, 100% D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3VVW NDP52 in complex with LC3C 提交 2012-07-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–126（126 aa）片段：UNP residues 1-126	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；16% PEG6000, 0.01M sodium citrate , pH 7.0, Vapor Diffusion, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.252
3WAM Crystal structure of human LC3C_8-125 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP RESIDUES 8-125	未记录	CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.5M di-Ammonium hydrogen citrate, 10% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.211
3WAM Crystal structure of human LC3C_8-125 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP RESIDUES 8-125	未记录	CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.5M di-Ammonium hydrogen citrate, 10% PEG 3350, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.75 Å R-free 0.211
3WAP Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3C_8-125 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.273
3WAP Crystal structure of Atg13 LIR-fused human LC3C_8-125 提交 2013-05-06	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 8–125（118 aa）片段：UNP RESIDUES 436-447, 8-125	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M Sodium acetate trihydrate, 8% PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.10 Å R-free 0.273

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MLP3C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 C； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 E； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 G； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 I； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 K； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 M； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125 作者链 O； PDB构建体 1–118； UniProt 8–125

Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

Homo sapiens

UniProt Q9Y4G2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
5	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
6	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
7	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 N； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246
8	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 629–642	片段：UNP residues 629-642	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C × 1 （Q9BXW4）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；278 K；0.2 M Potassium Phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.19 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5DPW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPR Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human LC3A_2-121 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121,UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP Q9H492 residues 2-121	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；278 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.5, 25% w/v Polyethlene glycol 3,350	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
5DPS Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAP_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP O95166 residues 2-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
5DPS Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAP_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP O95166 residues 2-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
5DPS Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAP_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 residues 627-638, UNP O95166 residues 2-117	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；278 K；4% v/v Tacsimate pH 8.0, 12% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
5DPT Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 提交 2015-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 627–638（12 aa）片段：UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.2；278 K；20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2	分辨率 2.90 Å R-free 0.260
8JC5 Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L) 提交 2023-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 10–205（196 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH=7.6, 18% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.01 Å R-free 0.201
8JC5 Crystal structure of PLEKHM1 RUN domain in complex with GTP-bound Arl8b(Q75L) 提交 2023-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 10–205（196 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M Lithium chloride, 0.1 M TRIS pH=7.6, 18% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.01 Å R-free 0.201

共 4 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PKHM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 D； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 F； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 H； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 J； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 L； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 N； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642 作者链 P； PDB构建体 1–14； UniProt 629–642

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5dpw
沉积日期 deposition_date	2015-09-14
结构标题 title	Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125
关键词 keywords	Autophagy, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.11 Å
零角强度 I(0) i0	194444000.00
分子量 molecular_weight	117250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148850 Å³
包络体积 envelope_volume	203430 Å³
水化壳体积 shell_volume	46594 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.15 Å
包络 Rg envelope_rg	35.11 Å
形状 Rg shape_rg	36.11 Å
总 Rg total_rg	36.60 Å
总原子数 total_atoms	16597
残基数 n_residues	992
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	194500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6769
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	49.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.098
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.530
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25040000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.897; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.048; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.963

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C
分子量 formula_weight	13808.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K,M,O
原子数 atom_count	16830

PSVRPFKQRKSLAIRQEEVAGIRAKFPNKIPVVVERYPRETFLPPLDKTKFLVPQELTMTQFLSIIRSRMVLRATEAFYLLVNNKSLVSMSATMAEIYRDYKDEDGFVYMTYASQETF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pleckstrin homology domain-containing family M member 1
分子量 formula_weight	1746.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L,N,P

PQQEDEWVNVQYPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	160

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5dpwa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwe_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwi_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwm_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

结构域编号 domain_id	d5dpwo_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.3 — GABARAP-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5dpwA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	5dpwO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.140 Å
晶胞边长 b length_b	73.225 Å
晶胞边长 c length_c	89.048 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.96 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.99 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	77.31 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.185 Å
最低分辨率 resolution_low	38.610 Å
R 因子 r_factor	0.2006
R_work r_work	0.1996
R_free r_free	0.2457

fit	/app/data/saxs_computation/dp/5dpw/5dpw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dp/5dpw/5dpw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dp/5dpw/5dpw.dat

Crystal structure of PLEKHM1 LIR in complex with human LC3C_8-125

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pleckstrin homology domain-containing family M member 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)