5elc

Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with Lewis-y

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 90.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholera enterotoxin subunit B

Vibrio cholerae O1

UniProt P01556

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–124 链 B; UniProt 22–124 链 C; UniProt 22–124 链 D; UniProt 22–124 链 E; UniProt 22–124 未记录 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 10 BCN BICINE × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Bicine-Tris, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride 分辨率 1.50 Å R-free 0.260
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 5 其他聚合物 4 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 22–124 链 G; UniProt 22–124 链 H; UniProt 22–124 链 I; UniProt 22–124 链 J; UniProt 22–124 未记录 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 1 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;0.1 M Bicine-Tris, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride 分辨率 1.50 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CHTB_VIBCH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 B; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 C; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 D; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 E; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 F; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 G; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 H; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 I; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124 作者链 J; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5elc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5elc
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5elc
沉积日期 deposition_date2015-11-04
结构标题 titleCholera toxin El Tor B-pentamer in complex with Lewis-y
关键词 keywordsCholera toxin B-pentamer, Lewis-y, complex, blood group oligosaccharide/antigen, toxin; TOXIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.03
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.50
零角强度 I(0) i0244091000.00
分子量 molecular_weight124770.0 kDa
排除体积 excluded_volume156560 ų
包络体积 envelope_volume185000 ų
水化壳体积 shell_volume49334 ų
包络直径 envelope_diameter92.2
壳层 Rg shell_rg38.99
包络 Rg envelope_rg29.36
形状 Rg shape_rg29.54
总 Rg total_rg30.21
总原子数 total_atoms8715
残基数 n_residues1030
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax90.0
Rg (实空间) rg_real30.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real2.4410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.7050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal244100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9065
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.3
偏度 Skewness skewness0.026
峰度 Kurtosis kurtosis-0.566
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha136800000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.931

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd5elca_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elcb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elcc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elcd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elce_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elcf_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elcg_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elch_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elci_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits
结构域编号 domain_idd5elcj_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family familyb.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id5elcA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcG00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcI00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110
结构域编号 domain_id5elcJ00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)