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5emn

Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase(A287P mutant)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH--cytochrome P450 reductase

Homo sapiens

UniProt P16435

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 64–677 片段：UNP residues 57-677 突变：P228L, A287P, A503V FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100mM MES,pH6.5,50mM CaAc2,0.1M NaCl, 14% PEG4K 分辨率 2.20 Å R-free 0.277
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 64–677 片段：UNP residues 57-677 突变：P228L, A287P, A503V FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100mM MES,pH6.5,50mM CaAc2,0.1M NaCl, 14% PEG4K 分辨率 2.20 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5EMN Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1B1C CRYSTAL STRUCTURE OF THE FMN-BINDING DOMAIN OF HUMAN CYTOCHROME P450 REDUCTASE AT 1.93A RESOLUTION 提交 1998-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 61–241（181 aa） 片段：FMN-BINDING DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；18-20% (W/V) PEG400, 100 MM HEPES (PH6.8-7.2), 200 MM CACL2 4 DEGREES C, pH 7.0
分辨率 1.93 Å R-free 0.243
3FJO Structure of chimeric YH CPR 提交 2008-12-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 232–677（446 aa） 片段：yeast FMN domain, UNP residues 44-211, human FAD domain CPR, UNP residues 232-677
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；PEGII from Nextal condition G11, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.290
3QE2 Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase 提交 2011-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK
分辨率 1.75 Å R-free 0.239
3QE2 Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase 提交 2011-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK
分辨率 1.75 Å R-free 0.239
3QFC Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 (V492E mutant) 提交 2011-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
突变：V489E FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK
分辨率 1.80 Å R-free 0.265
3QFC Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 (V492E mutant) 提交 2011-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
突变：V489E FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.5 M sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292KK
分辨率 1.80 Å R-free 0.265
3QFR Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase (R457H Mutant) 提交 2011-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
突变：R454H FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3QFR Crystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase (R457H Mutant) 提交 2011-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
突变：R454H FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；100 mM MES, 50 mM calcium acetate, 0.1 M sodium chloride, 14% PEG4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.285
3QFS Crystal Structure of NADPH-Cytochrome P450 Reductase (FAD/NADPH domain) 提交 2011-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 241–677（437 aa） 片段：FAD/NADPH domain (UNP residues 241-677)
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；292 K；100 mM magnesium chloride, 15% PEG5000 MME, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.40 Å R-free 0.231
3QFT Crystal Structure of NADPH-Cytochrome P450 Reductase (FAD/NADPH domain and R457H Mutant) 提交 2011-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 241–677（437 aa） 片段：FAD/NADPH domain (UNP residues 241-677)
突变：R454H FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；292 K；100 mM magnesium chloride, 15% PEG5000 MME, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.40 Å R-free 0.227
5FA6 wild type human CYPOR 提交 2015-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；MES buffer, PEG 4K, CaAc2 and NaCl
分辨率 2.30 Å R-free 0.280
5FA6 wild type human CYPOR 提交 2015-12-11 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 64–677（614 aa） 片段：UNP residues 64-677
未记录 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；MES buffer, PEG 4K, CaAc2 and NaCl
分辨率 2.30 Å R-free 0.280

共 8 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCPR_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–618； UniProt 64–677 作者链 B； PDB构建体 5–618； UniProt 64–677

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5emn

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5emn
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5emn
沉积日期 deposition_date2015-11-06
结构标题 titleCrystal Structure of Human NADPH-Cytochrome P450 Reductase(A287P mutant)
关键词 keywordshuman CYPOR, ABS-like Phenotype, FLAVOPROTEIN, CYTOCHROME P450 REDUCTASE, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.76 Å
零角强度 I(0) i0312742000.00
分子量 molecular_weight139960.0 kDa
排除体积 excluded_volume173480 ų
包络体积 envelope_volume225920 ų
水化壳体积 shell_volume50755 ų
包络直径 envelope_diameter121.0 Å
壳层 Rg shell_rg43.50 Å
包络 Rg envelope_rg36.13 Å
形状 Rg shape_rg36.77 Å
总 Rg total_rg37.14 Å
总原子数 total_atoms9848
残基数 n_residues1204
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.3 Å
Rg (实空间) rg_real37.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.78 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1270e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.2850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal312800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9053
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.6 Å
偏度 Skewness skewness0.213
峰度 Kurtosis kurtosis-0.654
角度范围 angular_range— – 0.2100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha81180000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.937; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.953
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5emna1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.5 — Flavoproteins
家族 Family familyc.23.5.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5emna2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family familyb.43.4.1 — NADPH-cytochrome p450 reductase FAD-binding domain-like
结构域编号 domain_idd5emna3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamilyc.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family familyc.25.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5emnb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.23 — Flavodoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.23.5 — Flavoproteins
家族 Family familyc.23.5.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5emnb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.4 — Riboflavin synthase domain-like
家族 Family familyb.43.4.1 — NADPH-cytochrome p450 reductase FAD-binding domain-like
结构域编号 domain_idd5emnb3
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.25 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
超家族 Superfamily superfamilyc.25.1 — Ferredoxin reductase-like, C-terminal NADP-linked domain
家族 Family familyc.25.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id5emnA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily360 — Flavodoxin domain
结构域编号 domain_id5emnA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id5emnA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology990 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id5emnA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
结构域编号 domain_id5emnB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily360 — Flavodoxin domain
结构域编号 domain_id5emnB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id5emnB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology990 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3
结构域编号 domain_id5emnB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)