SAXSdb — 5fm7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RVB1

CHAETOMIUM THERMOPHILUM

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–462	未记录	RVB2 × 6 （G0RYC2） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M MES PH 6.0,1 M SUCCINATE, 1.2% MME	分辨率 2.90 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FM7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–462（462 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0	分辨率 3.64 Å R-free 0.251
4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–462（462 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0	分辨率 3.64 Å R-free 0.251
4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–462（462 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0	分辨率 3.64 Å R-free 0.251
4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3	分辨率 2.94 Å R-free 0.223
4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3	分辨率 2.94 Å R-free 0.223
4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3	分辨率 2.94 Å R-free 0.223
5FM6 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(apo) 提交 2015-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–462（462 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BIS-TRIS PH 5.7; 1.8 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 3.00 Å R-free 0.256
6FHS CryoEM Structure of INO80core 提交 2018-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8, 60 mM KCl, 0.5% glycerol, 0.25 mM CaCl2, 20 uM ZnCl2, 0.25 mM DTT, 0.05% Octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
6FML CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex 提交 2018-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8, 60 mM KCl, 0.5% glycerol, 0.25 mM CaCl2, 20 uM ZnCl2, 0.25 mM DTT, 0.05% Octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.34 Å
8AV6 CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.68 Å
8OO7 CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state1 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.80 Å
8OOC CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Rvb core refinement state1 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.93 Å
8OOP CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state2 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.70 Å
8OOR CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Rvb core refinement state2 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–462（462 aa）链 B 1–462（462 aa）链 C 1–462（462 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.87 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0RYI5_CHATD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–464； UniProt 1–462

RVB2

CHAETOMIUM THERMOPHILUM

UniProt G0RYC2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric（12）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–488	未记录	RVB1 × 6 （G0RYI5） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：0.1 M MES PH 6.0,1 M SUCCINATE, 1.2% MME	分辨率 2.90 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5FM7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0	分辨率 3.64 Å R-free 0.251
4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0	分辨率 3.64 Å R-free 0.251
4WVY Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ATP)/Rvb2(apo) 提交 2014-11-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate pH 6.0	分辨率 3.64 Å R-free 0.251
4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3	分辨率 2.94 Å R-free 0.223
4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3	分辨率 2.94 Å R-free 0.223
4WW4 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)/Rvb2(ADP) 提交 2014-11-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；1 M sodium malonate, ADP-BeF3	分辨率 2.94 Å R-free 0.223
5FM6 Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(apo) 提交 2015-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–488（488 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BIS-TRIS PH 5.7; 1.8 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 3.00 Å R-free 0.256
6FHS CryoEM Structure of INO80core 提交 2018-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8, 60 mM KCl, 0.5% glycerol, 0.25 mM CaCl2, 20 uM ZnCl2, 0.25 mM DTT, 0.05% Octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
6FML CryoEM Structure INO80core Nucleosome complex 提交 2018-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8, 60 mM KCl, 0.5% glycerol, 0.25 mM CaCl2, 20 uM ZnCl2, 0.25 mM DTT, 0.05% Octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.34 Å
8AV6 CryoEM structure of INO80 core nucleosome complex in closed grappler conformation 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.68 Å
8OO7 CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state1 提交 2023-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.80 Å
8OOC CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Rvb core refinement state1 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.93 Å
8OOP CryoEM Structure INO80core Hexasome complex composite model state2 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 7 MG MAGNESIUM ION × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.70 Å
8OOR CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Rvb core refinement state2 提交 2023-04-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 1–488（488 aa）链 E 1–488（488 aa）链 F 1–488（488 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807)	分辨率 2.87 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G0RYC2_CHATD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–490； UniProt 1–488

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5fm7
沉积日期 deposition_date	2015-11-02
结构标题 title	Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(ADP)
关键词 keywords	ATP BINDING PROTEIN; ATP BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.87 Å
零角强度 I(0) i0	141366000.00
分子量 molecular_weight	93270.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116730 Å³
包络体积 envelope_volume	164910 Å³
水化壳体积 shell_volume	43227 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.7 Å
壳层 Rg shell_rg	38.47 Å
包络 Rg envelope_rg	32.35 Å
形状 Rg shape_rg	31.90 Å
总 Rg total_rg	32.38 Å
总原子数 total_atoms	6540
残基数 n_residues	840
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.58 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2800e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	141400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7196
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	0
主峰位置 r_peak_primary	— Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.406
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	18050000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.911

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RVB1
分子量 formula_weight	50580.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6540

GAMVQISEVRGNTRDHRTAAHTHIKGLGLNSSGIAEKQAAGFVGQCAAREACGVVVDLIKAHKMAGRGVLLAGGPGTGKTALALAISQELGTKIPFCPITGSEIYSTEVKKTEVLMENFRRAIGLRVRETKDVYEGEVTEMTPEEAENPLGGYGKTISTLLIGLKSARGQKKLRLDPSIYEAIQKERVQVGDVIYIETNTGACKRVGRSDAYATEFDLEAEEYVPIPKGEVHKKKEIVQDVTLHDLDVANARPQGGQDIISMMGQLMKPKMTEITDKLRMEINKVVQKYINQGVAELIPGVLFIDEAHMLDIECFTYLNKALESPIAPIVVLASNRGIATIRGADDLKAAHGIPPDFLQRLLIIPTHPYEPDEIRRIVRIRAQTEGVQLTDAAVDRVAEHGVRISLRYCLQLLAPASILARVNGRTQVDVQDIAEAEELFLDARRSANILTSTGESGGLHGFIS

来源 Source

来源生物 organism	CHAETOMIUM THERMOPHILUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	RVB2
分子量 formula_weight	53340.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GAMAAPLVTSVTETKELRGLNLIAAHSHIRGLGVDADTLEPRPSSQGLVGQEKARKAAAVVLEMIKQGKIAGRAVLIAGPPSTGKTAIAMGMAQSLGQDVPFTTLAASEIFSLEMSKTEALTQAFRKSIGVRIKEESEIMEGEVVEIQIDRSVTGGAKQGKLTIKTTDMEAIYDMGSKMIDAMTKERVMAGDIISIDKSSGKITKLGRSYARSRDYDAMGVDTKFLQCPEGELQKRKEVVHTVSLHEIDVINSRTQGFLALFSGDTGEIRSEIRDQINTKVAEWKEEGKAEIVPGVLFIDEVHMLDIECFSYINRALESDLAPIVIMASNRGVSRIRGTDYKSPHGLPLDFLDRVVIINTHPYTPDELRQILSIRAQEEEVDLTPDALALLTKIGQEAGLRYASNLITTSQLIAAKRRAKQVGVEDVQRSFKLFYDPARSVRFVQESEKRLIGNDGVVDFSYQGAAEAAAPTLPAAAPVDPVGGEKMDMS

来源 Source

来源生物 organism	CHAETOMIUM THERMOPHILUM
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	209285
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5fm7A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — RuvBL1 DNA/RNA binding domain

结构域编号 domain_id	5fm7A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	5fm7B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	360 — RuvBL1 DNA/RNA binding domain

结构域编号 domain_id	5fm7B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	208.770 Å
晶胞边长 b length_b	208.770 Å
晶胞边长 c length_c	138.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.901 Å
最低分辨率 resolution_low	48.632 Å
R 因子 r_factor	0.2598
R_work r_work	0.2586
R_free r_free	0.2822

fit	/app/data/saxs_computation/fm/5fm7/5fm7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fm/5fm7/5fm7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fm/5fm7/5fm7.dat

Double-heterohexameric rings of full-length Rvb1(ADP)Rvb2(ADP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RVB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RVB2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)