SAXSdb — 5gt7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GATS-like protein 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–323 链 B； UniProt 1–323	未记录	ARG ARGININE × 2 MLI MALONATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；5 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Na Malonate pH 5.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–323 链 D； UniProt 1–323	未记录	ARG ARGININE × 2 MLI MALONATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；5 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Na Malonate pH 5.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5GT7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5GS9 Crystal structure of CASTOR1-arginine 提交 2016-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–329（329 aa）链 B 1–329（329 aa）	未记录	ARG ARGININE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M sodium citrate (pH 5.0), 20% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
5GS9 Crystal structure of CASTOR1-arginine 提交 2016-08-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–329（329 aa）链 D 1–329（329 aa）	未记录	ARG ARGININE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M sodium citrate (pH 5.0), 20% (w/v) PEG 8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.224
5GT8 Crystal Structure of apo-CASTOR1 提交 2016-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–329（329 aa）链 C 1–329（329 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；21%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris pH 5.0, 0.2M MgCl2, 0.2% n- dodecyl- N, N- dimethylamine-N-oxide	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5GT8 Crystal Structure of apo-CASTOR1 提交 2016-08-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–329（329 aa）链 D 1–329（329 aa）片段：UNP residues A285I	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；21%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris pH 5.0, 0.2M MgCl2, 0.2% n- dodecyl- N, N- dimethylamine-N-oxide	分辨率 2.80 Å R-free 0.265
5GV2 Crystal structure of Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens 提交 2016-09-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–329（329 aa）链 C 1–329（329 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ARG ARGININE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；PEG 3350, Magnesium acetate tetrahydrate	分辨率 2.06 Å R-free 0.238
5I2C Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens 提交 2016-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–329（329 aa）链 B 1–329（329 aa）	未记录	ARG ARGININE × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；0.1 M sodium acetate, 0.25 M ammonium acetate, 22.5% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.204
5I2C Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens 提交 2016-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–329（329 aa）链 D 1–329（329 aa）	未记录	ARG ARGININE × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；0.1 M sodium acetate, 0.25 M ammonium acetate, 22.5% PEG 3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.204
9DX2 Human GATOR2 complex - CASTOR1 bound state 提交 2024-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 1–328（328 aa）链 F 1–328（328 aa）链 G 1–328（328 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9KP4 Crystal structure of human CASTOR1 in apo form 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–329（329 aa）链 B 1–329（329 aa）	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Barium chloride, 30% v/v ethanol, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25% PEG 3350.	分辨率 3.08 Å R-free 0.264
9KP4 Crystal structure of human CASTOR1 in apo form 提交 2024-11-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–329（329 aa）链 D 1–329（329 aa）	未记录	NH4 AMMONIUM ION × 2 ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Barium chloride, 30% v/v ethanol, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25% PEG 3350.	分辨率 3.08 Å R-free 0.264
9LVK Cryo-EM structure of CASTOR1 bound human GATOR2 complex 提交 2025-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 U 1–329（329 aa）链 V 1–329（329 aa）	突变：D304A 突变：D304A	ZN ZINC ION × 31	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
9LWF Cryo-EM structure of dual sensor bound GATOR2 complex 提交 2025-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 U 1–329（329 aa）链 V 1–329（329 aa）	突变：D304A 突变：D304A	ZN ZINC ION × 32	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å
9OTI GATOR2 complex bound to arginine sensor CASTOR1 提交 2025-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 U 1–329（329 aa）链 V 1–329（329 aa）	突变：D304A, S111A 突变：D304A, S111A	ZN ZINC ION × 29	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GATL3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–329； UniProt 1–323 作者链 B； PDB构建体 7–329； UniProt 1–323 作者链 C； PDB构建体 7–329； UniProt 1–323 作者链 D； PDB构建体 7–329； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5gt7
沉积日期 deposition_date	2016-08-18
结构标题 title	Crystal Structure of Arg-bound CASTOR1
关键词 keywords	arginine binding, mTOR, GATSL2, CASTOR1, GATOR2, ACT domain, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.21 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.92 Å
零角强度 I(0) i0	261792000.00
分子量 molecular_weight	135680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171710 Å³
包络体积 envelope_volume	223570 Å³
水化壳体积 shell_volume	50635 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.25 Å
包络 Rg envelope_rg	35.58 Å
形状 Rg shape_rg	35.92 Å
总 Rg total_rg	36.44 Å
总原子数 total_atoms	19101
残基数 n_residues	1219
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.3 Å
Rg (实空间) rg_real	37.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6180e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	261800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8322
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	54.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.096
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.659
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	180400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.943; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GATS-like protein 3
分子量 formula_weight	36850.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	19732

AGSGHMMELHILEHRVRVLSVARPGLWLYTHPLIKLLFLPRRSRCKFFSLTETPEDYTLMVDEEGFKELPPSEFLQVAEATWLVLNVSSHSGAAVQAAGVTKIARSVIAPLAEHHVSVLMLSTYQTDFILVREQDLSVVIHTLAQEFDIYREVGGEPVPVTRDDSSNGFPRTQHGPSPTVHPIQSPQNRFCVLTLDPETLPAIATTLIDVLFYSHSTPKEAASSSPEPSSITFFAFSLIEGYISIVMDAETQKKFPSDLLLTSSSGELWRMVRIGGQPLGFDECGIVAQIAGPLAAADISAYYISTFNFDHALVPEDGIGSVIEVLQRRQEGLAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ARGININE
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	505

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5gt7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	5gt7A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	5gt7C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	5gt7D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

结构域编号 domain_id	5gt7D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — VC0802-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	92.833 Å
晶胞边长 b length_b	83.146 Å
晶胞边长 c length_c	97.289 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.39 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.048 Å
最低分辨率 resolution_low	33.029 Å
R 因子 r_factor	0.1862
R_work r_work	0.1847
R_free r_free	0.2112

fit	/app/data/saxs_computation/gt/5gt7/5gt7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gt/5gt7/5gt7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gt/5gt7/5gt7.dat

Crystal Structure of Arg-bound CASTOR1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GATS-like protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction