SAXSdb — 9oti

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oti
沉积日期 deposition_date	2025-05-27
结构标题 title	GATOR2 complex bound to arginine sensor CASTOR1
关键词 keywords	Complex, mTORC1, Signaling, Nutrients, Amino Acid Sensing, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	83.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	82.83 Å
零角强度 I(0) i0	5450120000.00
分子量 molecular_weight	615120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	761980 Å³
包络体积 envelope_volume	1459800 Å³
水化壳体积 shell_volume	149110 Å³
包络直径 envelope_diameter	252.6 Å
壳层 Rg shell_rg	86.33 Å
包络 Rg envelope_rg	74.76 Å
形状 Rg shape_rg	82.75 Å
总 Rg total_rg	83.11 Å
总原子数 total_atoms	43325
残基数 n_residues	6065
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	223.5 Å
Rg (实空间) rg_real	82.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4450e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0900e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	84.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5469000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8427
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	105.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.063
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.548
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0039
最高正则化参数 α highest_alpha	87630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.992; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	GATOR2 complex protein MIOS
分子量 formula_weight	98700.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,L,T
原子数 atom_count	43325

MSGTKPDILWAPHHVDRFVVCDSELSLYHVESTVNSELKAGSLRLSEDSAATLLSINSDTPYMKCVAWYLNYDPECLLAVGQANGRVVLTSLGQDHNSKFKDLIGKEFVPKHARQCNTLAWNPLDSNWLAAGLDKHRADFSVLIWDICSKYTPDIVPMEKVKLSAGETETTLLVTKPLYELGQNDACLSLCWLPRDQKLLLAGMHRNLAIFDLRNTSQKMFVNTKAVQGVTVDPYFHDRVASFYEGQVAIWDLRKFEKPVLTLTEQPKPLTKVAWCPTRTGLLATLTRDSNIIRLYDMQHTPTPIGDETEPTIIERSVQPCDNYIASFAWHPTSQNRMIVVTPNRTMSDFTVFERISLAWSPITSLMWACGRHLYECTEEENDNSLEKDIATKMRLRALSRYGLDTEQVWRNHILAGNEDPQLKSLWYTLHFMKQYTEDMDQKSPGNKGSLVYAGIKSIVKSSLGMVESSRHNWSGLDKQSDIQNLNEERILALQLCGWIKKGTDVDVGPFLNSLVQEGEWERAAAVALFNLDIRRAIQILNEGASSEKGDLNLNVVAMALSGYTDEKNSLWREMCSTLRLQLNNPYLCVMFAFLTSETGSYDGVLYENKVAVRDRVAFACKFLSDTQLNRYIEKLTNEMKEAGNLEGILLTGLTKDGVDLMESYVDRTGDVQTASYCMLQGSPLDVLKDERVQYWIENYRNLLDAWRFWHKRAEFDIHRSKLDPSSKPLAQVFVSCNFCGKSISYSCSAVPHQGRGFSQYGVSGSPTKSKVTSCPGCRKPLPRCALCLINMGTPVSSCPGGTKSDEKVDLSKDKKLAQFNNWFTWCHNCRHGGHAGHMLSWFRDHAECPVSACTCKCMQLDTTGNLVPAETVQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	GATOR complex protein WDR24
分子量 formula_weight	88327.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,M

MEKMSRVTTALGGSVLTGRTMHCHLDAPANAISVCRDAAQVVVAGRSIFKIYAIEEEQFVEKLNLRVGRKPSLNLSCADVVWHQMDENLLATAATNGVVVTWNLGRPSRNKQDQLFTEHKRTVNKVCFHPTEAHVLLSGSQDGFMKCFDLRRKDSVSTFSGQSESVRDVQFSIRDYFTFASTFENGNVQLWDIRRPDRCERMFTAHNGPVFCCDWHPEDRGWLATGGRDKMVKVWDMTTHRAKEMHCVQTIASVARVKWRPECRHHLATCSMMVDHNIYVWDVRRPFVPAAMFEEHRDVTTGIAWRHPHDPSFLLSGSKDSSLCQHLFRDASQPVERANPEGLCYGLFGDLAFAAKESLVAAESGRKPYTGDRRHPIFFKRKLDPAEPFAGLASSALSVFETEPGGGGMRWFVDTAERYALAGRPLAELCDHNAKVARELGRNQVAQTWTMLRIIYCSPGLVPTANLNHSVGKGGSCGLPLMNSFNLKDMAPGLGSETRLDRSKGDARSDTVLLDSSATLITNEDNEETEGSDVPADYLLGDVEGEEDELYLLDPEHAHPEDPECVLPQEAFPLRHEIVDTPPGPEHLQDKADSPHVSGSEADVASLAPVDSSFSLLSVSHALYDSRLPPDFFGVLVRDMLHFYAEQGDVQMAVSVLIVLGERVRKDIDEQTQEHWYTSYIDLLQRFRLWNVSNEVVKLSTSRAVSCLNQASTTLHVNCSHCKRPMSSRGWVCDRCHRCASMCAVCHHVVKGLFVWCQGCSHGGHLQHIMKWLEGSSHCPAGCGHLCEYS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 3 polymer

描述 description	GATOR complex protein WDR59
分子量 formula_weight	109938.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,N

MAARWSSENVVVEFRDSQATAMSVDCLGQHAVLSGRRFLYIVNLDAPFEGHRKISRQSKWDIGAVQWNPHDSFAHYFAASSNQRVDLYKWKDGSGEVGTTLQGHTRVISDLDWAVFEPDLLVTSSVDTYIYIWDIKDTRKPTVALSAVAGASQVKWNKKNANCLATSHDGDVRIWDKRKPSTAVEYLAAHLSKIHGLDWHPDSEHILATSSQDNSVKFWDYRQPRKYLNILPCQVPVWKARYTPFSNGLVTVMVPQLRRENSLLLWNVFDLNTPVHTFVGHDDVVLEFQWRKQKEGSKDYQLVTWSRDQTLRMWRVDSQMQRLCANDILDGVDEFIESISLLPEPEKTLHTEDTDHQHTASHGEEEALKEDPPRNLLEERKSDQLGLPQTLQQEFSLINVQIRNVNVEMDAADRSCTVSVHCSNHRVKMLVKFPAQYPNNAAPSFQFINPTTITSTMKAKLLKILKDTALQKVKRGQSCLEPCLRQLVSCLESFVNQEDSASSNPFALPNSVTPPLPTFARVTTAYGSYQDANIPFPRTSGARFCGAGYLVYFTRPMTMHRAVSPTEPTPRSLSALSAYHTGLIAPMKIRTEAPGNLRLYSGSPTRSEKEQVSISSFYYKERKSRRWKSKREGSDSGNRQIKAAGKVIIQDIACLLPVHKSLGELYILNVNDIQETCQKNAASALLVGRKDLVQVWSLATVATDLCLGPKSDPDLETPWARHPFGRQLLESLLAHYCRLRDVQTLAMLCSVFEAQSRPQGLPNPFGPFPNRSSNLVVSHSRYPSFTSSGSCSSMSDPGLNTGGWNIAGREAEHLSSPWGESSPEELRFGSLTYSDPRERERDQHDKNKRLLDPANTQQFDDFKKCYGEILYRWGLREKRAEVLKFVSCPPDPHKGIEFGVYCSHCRSEVRGTQCAICKGFTFQCAICHVAVRGSSNFCLTCGHGGHTSHMMEWFRTQEVCPTGCGCHCLLESTF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Nucleoporin SEH1
分子量 formula_weight	39700.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,O,P,Q

MFVARSIAADHKDLIHDVSFDFHGRRMATCSSDQSVKVWDKSESGDWHCTASWKTHSGSVWRVTWAHPEFGQVLASCSFDRTAAVWEEIVGESNDKLRGQSHWVKRTTLVDSRTSVTDVKFAPKHMGLMLATCSADGIVRIYEAPDVMNLSQWSLQHEISCKLSCSCISWNPSSSRAHSPMIAVGSDDSSPNAMAKVQIFEYNENTRKYAKAETLMTVTDPVHDIAFAPNLGRSFHILAIATKDVRIFTLKPVRKELTSSGGPTKFEIHIVAQFDNHNSQVWRVSWNITGTVLASSGDDGCVRLWKANYMDNWKCTGILKGNGSPVNGSSQQGTSNPSLGSTIPSLQNSLNGSSAGRKHS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 5 polymer

描述 description	Protein SEC13 homolog
分子量 formula_weight	35578.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,R

MVSVINTVDTSHEDMIHDAQMDYYGTRLATCSSDRSVKIFDVRNGGQILIADLRGHEGPVWQVAWAHPMYGNILASCSYDRKVIIWREENGTWEKSHEHAGHDSSVNSVCWAPHDYGLILACGSSDGAISLLTYTGEGQWEVKKINNAHTIGCNAVSWAPAVVPGSLIDHPSGQKPNYIKRFASGGCDNLIKLWKEEEDGQWKEEQKLEAHSDWVRDVAWAPSIGLPTSTIASCSQDGRVFIWTCDDASSNTWSPKLLHKFNDVVWHVSWSITANILAVSGGDNKVTLWKESVDGQWVCISDVNKGQGSVSASVTEGQQNEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 6 polymer

描述 description	Cytosolic arginine sensor for mTORC1 subunit 1
分子量 formula_weight	36249.2 kDa
突变 mutation	D304A, S111A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,V

MELHILEHRVRVLSVARPGLWLYTHPLIKLLFLPRRSRCKFFSLTETPEDYTLMVDEEGFKELPPSEFLQVAEATWLVLNVSSHSGAAVQAAGVTKIARSVIAPLAEHHVAVLMLSTYQTDFILVREQDLSVVIHTLAQEFDIYREVGGEPVPVTRDDSSNGFPRTQHGPSPTVHPIQSPQNRFCVLTLDPETLPAIATTLIDVLFYSHSTPKEAASSSPEPSSITFFAFSLIEGYISIVMDAETQKKFPSDLLLTSSSGELWRMVRIGGQPLGFDECGIVAQIAGPLAAADISAYYISTFNFAHALVPEDGIGSVIEVLQRRQEGLAS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	29

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	140606

fit	/app/data/saxs_computation/ot/9oti/9oti.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ot/9oti/9oti.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ot/9oti/9oti.dat

GATOR2 complex bound to arginine sensor CASTOR1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)