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5gt8

Crystal Structure of apo-CASTOR1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GATS-like protein 3

Homo sapiens

UniProt Q8WTX7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–329 链 C； UniProt 1–329 片段：UNP residues A285I 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；21%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris pH 5.0, 0.2M MgCl2, 0.2% n- dodecyl- N, N- dimethylamine-N-oxide 分辨率 2.80 Å R-free 0.265
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–329 链 D； UniProt 1–329 片段：UNP residues A285I 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；21%(w/v) PEG3350, 0.1M Tris pH 5.0, 0.2M MgCl2, 0.2% n- dodecyl- N, N- dimethylamine-N-oxide 分辨率 2.80 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5GT8 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5GS9 Crystal structure of CASTOR1-arginine 提交 2016-08-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M sodium citrate (pH 5.0), 20% (w/v) PEG 8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
5GS9 Crystal structure of CASTOR1-arginine 提交 2016-08-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；0.1M sodium citrate (pH 5.0), 20% (w/v) PEG 8000
分辨率 2.50 Å R-free 0.224
5GT7 Crystal Structure of Arg-bound CASTOR1 提交 2016-08-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 MLI MALONATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；5 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Na Malonate pH 5.0
分辨率 2.05 Å R-free 0.211
5GT7 Crystal Structure of Arg-bound CASTOR1 提交 2016-08-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–323（323 aa）
链 D 1–323（323 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 MLI MALONATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；5 % (w/v) PEG3350, 0.1 M Na Malonate pH 5.0
分辨率 2.05 Å R-free 0.211
5GV2 Crystal structure of Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens 提交 2016-09-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–329（329 aa）
链 C 1–329（329 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ARG ARGININE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；PEG 3350, Magnesium acetate tetrahydrate
分辨率 2.06 Å R-free 0.238
5I2C Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens 提交 2016-02-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；0.1 M sodium acetate, 0.25 M ammonium acetate, 22.5% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
5I2C Arginine-bound CASTOR1 from Homo sapiens 提交 2016-02-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 ARG ARGININE × 2 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291.15 K；0.1 M sodium acetate, 0.25 M ammonium acetate, 22.5% PEG 3350
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
9DX2 Human GATOR2 complex - CASTOR1 bound state 提交 2024-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 1–328（328 aa）
链 F 1–328（328 aa）
链 G 1–328（328 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9KP4 Crystal structure of human CASTOR1 in apo form 提交 2024-11-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–329（329 aa）
链 B 1–329（329 aa）
未记录 NH4 AMMONIUM ION × 2 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Barium chloride, 30% v/v ethanol, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25% PEG 3350.
分辨率 3.08 Å R-free 0.264
9KP4 Crystal structure of human CASTOR1 in apo form 提交 2024-11-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 1–329（329 aa）
链 D 1–329（329 aa）
未记录 NH4 AMMONIUM ION × 2 ACY ACETIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；0.1 M Barium chloride, 30% v/v ethanol, 0.2 M NH4Ac, 0.1 M Tris pH 8.5, and 25% PEG 3350.
分辨率 3.08 Å R-free 0.264
9LVK Cryo-EM structure of CASTOR1 bound human GATOR2 complex 提交 2025-02-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
突变：D304A 突变：D304A ZN ZINC ION × 31 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.59 Å
9LWF Cryo-EM structure of dual sensor bound GATOR2 complex 提交 2025-02-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
突变：D304A 突变：D304A ZN ZINC ION × 32 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
9OTI GATOR2 complex bound to arginine sensor CASTOR1 提交 2025-05-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric
链 U 1–329（329 aa）
链 V 1–329（329 aa）
突变：D304A, S111A 突变：D304A, S111A ZN ZINC ION × 29 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GATL3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 7–335； UniProt 1–329 作者链 B； PDB构建体 7–335； UniProt 1–329 作者链 C； PDB构建体 7–335； UniProt 1–329 作者链 D； PDB构建体 7–335； UniProt 1–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gt8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gt8
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gt8
沉积日期 deposition_date2016-08-18
结构标题 titleCrystal Structure of apo-CASTOR1
关键词 keywordsarginine binding, mTOR, CASTOR1, GATOR2, ACT domain, GATSL2, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.88 Å
零角强度 I(0) i0188486000.00
分子量 molecular_weight116300.0 kDa
排除体积 excluded_volume147860 ų
包络体积 envelope_volume203740 ų
水化壳体积 shell_volume47535 ų
包络直径 envelope_diameter123.4 Å
壳层 Rg shell_rg42.21 Å
包络 Rg envelope_rg34.94 Å
形状 Rg shape_rg35.89 Å
总 Rg total_rg36.31 Å
总原子数 total_atoms16353
残基数 n_residues1080
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.3 Å
Rg (实空间) rg_real36.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8850e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3320e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal188500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8799
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.5 Å
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.467
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha81960000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.596
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id5gt8A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — VC0802-like
结构域编号 domain_id5gt8A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — VC0802-like
结构域编号 domain_id5gt8B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — VC0802-like
结构域编号 domain_id5gt8C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — VC0802-like
结构域编号 domain_id5gt8D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — VC0802-like
结构域编号 domain_id5gt8D02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology2130 — VC0802-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — VC0802-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)