5gzz

Crystal Structure of FIN219-SjGST complex with JA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 160.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Jasmonic acid-amido synthetase JAR1

Arabidopsis thaliana

UniProt Q9SKE2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–575 未记录 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme × 2 (P08515) JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;297 K;0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, 40%(w/v) PEG 4000 分辨率 2.39 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 JAR1_ARATH
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–575; UniProt 1–575

Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

Schistosoma japonicum

UniProt P08515

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–218 链 C; UniProt 1–218 未记录 Jasmonic acid-amido synthetase JAR1 × 1 (Q9SKE2) JAA {(1R,2R)-3-oxo-2-[(2Z)-pent-2-en-1-yl]cyclopentyl}acetic acid × 1 GSH Glutathione × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;297 K;0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, 40%(w/v) PEG 4000 分辨率 2.39 Å R-free 0.234
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–218 链 E; UniProt 1–218 未记录 GSH Glutathione × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;297 K;0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, 40%(w/v) PEG 4000 分辨率 2.39 Å R-free 0.234
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–218 链 G; UniProt 1–218 未记录 GSH Glutathione × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 8.5;297 K;0.2 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M Tris-HCl, 40%(w/v) PEG 4000 分辨率 2.39 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 64 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GST26_SCHJA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218 作者链 C; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218 作者链 D; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218 作者链 E; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218 作者链 F; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218 作者链 G; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gzz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gzz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gzz
沉积日期 deposition_date2016-10-02
结构标题 titleCrystal Structure of FIN219-SjGST complex with JA
关键词 keywordsJasmonate-amido synthetase, Glutathione S-transferase, Ligase-Transferase complex; LIGASE/TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.35
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.37
零角强度 I(0) i0639599000.00
分子量 molecular_weight217160.0 kDa
排除体积 excluded_volume274790 ų
包络体积 envelope_volume371560 ų
水化壳体积 shell_volume66586 ų
包络直径 envelope_diameter162.8
壳层 Rg shell_rg49.72
包络 Rg envelope_rg47.00
形状 Rg shape_rg47.36
总 Rg total_rg47.52
总原子数 total_atoms15282
残基数 n_residues1865
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax160.5
Rg (实空间) rg_real47.43
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.88
I(0) (实空间) i0_real6.3960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.1550e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.35
I(0) (倒空间) i0_reciprocal639500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8669
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary68.1
偏度 Skewness skewness0.280
峰度 Kurtosis kurtosis-0.513
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha256900000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.778

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd5gzzb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzzb2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzzc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzzc2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzzd1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzzd2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzze1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5gzze2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5gzzf1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5gzzf2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5gzzg1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.5 — Glutathione S-transferase (GST), N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5gzzg2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id5gzzB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gzzB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5gzzC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gzzC02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5gzzD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gzzD02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5gzzE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gzzE02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5gzzF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gzzF02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5gzzG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id5gzzG02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)