5hpt

System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin variant P2.3 × 1 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Ubiquitin variant P2.3 × 1 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3 × 1 （P68036） water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ubiquitin variant P2.3 × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WWP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–383； UniProt 537–917 作者链 D； PDB构建体 3–383； UniProt 537–917 作者链 G； PDB构建体 3–383； UniProt 537–917

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

Homo sapiens

UniProt P68036

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1 × 1 （Q9H0M0） Ubiquitin variant P2.3 × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1 × 1 （Q9H0M0） Ubiquitin variant P2.3 × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UB2L3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–153； UniProt 2–154 作者链 F； PDB构建体 1–153； UniProt 2–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5hpt
沉积日期 deposition_date	2016-01-20
结构标题 title	System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7
关键词 keywords	HECT E3, WWP1, Ubiquitin, Ubv, UBCH7, LIGASE-TRANSFERASE complex; LIGASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5hpt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5hpt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5hpt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.30 Å
Rg（电子密度）	27.26 Å
总 Rg	28.08 Å
原子数	4952
残基数	598
排除体积	88719 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5hpt__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5hpt__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5hpt__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1
分子量 formula_weight	45134.6 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G
原子数 atom_count	13529

GSGGPQIAYERGFRWKLAHFRYLCQSNALPSHVKINVSRQTLFEDSFQQIMALKPYDLRRRLYVIFRGEEGLDYGGLAREWFFLLSHEVLNPMYCLFEYAGKNNYCLQINPASTINPDHLSYFCFIGRFIAMALFHGKFIDTGFSLPFYKRMLSKKLTIKDLESIDTEFYNSLIWIRDNNIEECGLEMYFSVDMEILGKVTSHDLKLGGSNILVTEENKDEYIGLMTEWRFSRGVQEQTKAFLDGFNEVVPLQWLQYFDEKELEVMLCGMQEVDLADWQRNTVYRHYTRNSKQIIWFWQFVKETDNEVRMRLLQFVTGTCRLPLGGFAELMGSNGPQKFCIEKVGKDTWLPRSHTCFNRLDLPPYKSYEQLKEKLLFAIEETE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin variant P2.3
分子量 formula_weight	9368.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H

GSGGSMQILVKTFTWKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIKMGSSLYLVLRLPGQRI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3
分子量 formula_weight	18701.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

AASRRLMKELEEIRKCGMKNFRNIQVDEANLLTWQGLIVPDNPPYDKGAFRIEINFPAEYPFKPPKITFKTKIYHPNIDEKGQVCLPVISAENWKPATKTDQVIQSLIALVNDPQPEHPLRADLAEEYSKDRKKFCKNAEEFTKKYGEKRPVDGGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	5

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d5hpta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.148 — Hect, E3 ligase catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.148.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain
家族 Family family	d.148.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hptb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hptc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hptd_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.148 — Hect, E3 ligase catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.148.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain
家族 Family family	d.148.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hpte_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hptf_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.20 — UBC-like
超家族 Superfamily superfamily	d.20.1 — UBC-like
家族 Family family	d.20.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hptg_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.148 — Hect, E3 ligase catalytic domain
超家族 Superfamily superfamily	d.148.1 — Hect, E3 ligase catalytic domain
家族 Family family	d.148.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5hpth_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	5hptA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2160 — Hect, E3 ligase catalytic domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hptA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2410 — Hect, E3 ligase catalytic fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hptC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5hptD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2160 — Hect, E3 ligase catalytic domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hptD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2410 — Hect, E3 ligase catalytic fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hptF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	110 — Ubiquitin Conjugating Enzyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin Conjugating Enzyme

结构域编号 domain_id	5hptG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2160 — Hect, E3 ligase catalytic domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

结构域编号 domain_id	5hptG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2410 — Hect, E3 ligase catalytic fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hect, E3 ligase catalytic domain

▶

晶胞边长 a length_a	114.005 Å
晶胞边长 b length_b	118.897 Å
晶胞边长 c length_c	158.663 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.840 Å
最低分辨率 resolution_low	95.146 Å
R 因子 r_factor	0.2190
R_work r_work	0.2183
R_free r_free	0.2370

System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hpt__assembly_1__model_1

5hpt__assembly_1__model_1 | I(q)

5hpt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

System-wide modulation of HECT E3 ligases with selective ubiquitin variant probes: WWP1, Ubv P2.3 and UBCH7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEDD4-like E3 ubiquitin-protein ligase WWP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 L3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5hpt__assembly_1__model_1

5hpt__assembly_1__model_1 | I(q)

5hpt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)