SAXSdb — 5i5c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kappa-stichotoxin-She3a

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–35 链 B； UniProt 1–35 链 C； UniProt 1–35	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 LI LITHIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS 25% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.30 Å R-free 0.169

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5I5C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BEI Shk-dnp22: A Potent Kv1.3-specific immunosuppressive polypeptide, NMR, 20 structures 提交 1998-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	突变：K22DNP, DIAMINOPROPANOATE (DNP) SUBSTITUTION AT POSITION 22 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.9；293 K NMR样品组成 10% D2O OR 100% D2O	分辨率未提供
1C2U SOLUTION STRUCTURE OF [ABU3,35]SHK12-28,17-32 提交 1999-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	突变：C3(ABU), C35(ABU), M21A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）5.6 mM PEPTIDE；压力 AMBIENT NMR样品组成 5.6 MM [ABU3,35]SHK12-28,17-32; 90% H2O, 10% D2O (V/V)	分辨率未提供
1ROO NMR SOLUTION STRUCTURE OF SHK TOXIN, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1996-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.8；293 K	分辨率未提供
2K9E NMR Solution Structure for ShK-192: A Potent KV1.3-Specific Immunosuppressive Polypeptide 提交 2008-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	突变：M21(NLE) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.79；293 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR测量条件 pH 4.1；278 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 3.0 mM ShK-192, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 3.0 mM ShK-192, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4LFQ High resolution x-ray crystal structure of L-ShK toxin 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；2.1 M DL-Malic acid, pH 7, vapor diffusion, hanging drop, temperature 292K	分辨率 1.06 Å R-free 0.160
4LFS High resolution x-ray structure of racemic ShK toxin 提交 2013-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；292 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 25 % Polyethylene glycol 3,350, 20 mM NaCl , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 0.97 Å R-free 0.158
4Z7P X-ray structure of racemic ShK Q16K toxin 提交 2015-04-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	突变：Q16K	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M sodium acetate pH 4.5, 2-2.5 M ammonium sulfate	分辨率 1.20 Å R-free 0.227
5I5A quasi racemic structure of allo-Ile7-ShK and D-ShK 提交 2016-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–35（35 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 1 LI LITHIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；2.1 M D/L-Malic acid NaCl	分辨率 1.20 Å R-free 0.195
5I5A quasi racemic structure of allo-Ile7-ShK and D-ShK 提交 2016-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–35（35 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4 NA SODIUM ION × 2 LI LITHIUM ION × 2 MLT D-MALATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；2.1 M D/L-Malic acid NaCl	分辨率 1.20 Å R-free 0.195
5I5B quasi racemic structure of allo-Thr13-ShK and D-ShK 提交 2016-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–35（35 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4 LI LITHIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 NaCl	分辨率 0.90 Å R-free 0.128

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	K1A_STIHL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–35； UniProt 1–35 作者链 B； PDB构建体 1–35； UniProt 1–35 作者链 C； PDB构建体 1–35； UniProt 1–35

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5i5c
沉积日期 deposition_date	2016-02-15
结构标题 title	X-ray crystal structure of allo-Thr31-ShK
关键词 keywords	allo-Thr31-ShK, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.87 Å
零角强度 I(0) i0	3907060.00
分子量 molecular_weight	12612.0 kDa
排除体积 excluded_volume	15193 Å³
包络体积 envelope_volume	17660 Å³
水化壳体积 shell_volume	10655 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.6 Å
壳层 Rg shell_rg	19.64 Å
包络 Rg envelope_rg	15.19 Å
形状 Rg shape_rg	14.86 Å
总 Rg total_rg	15.76 Å
总原子数 total_atoms	856
残基数 n_residues	102
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9070e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6900e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3907000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7654
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	15.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.450
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.239
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	913200.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.755; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Kappa-stichotoxin-She3a
分子量 formula_weight	4069.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	1095

RSCIDTIPKSRCTAFQCKHSMKYRLSFCRKTCGTC

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	LITHIUM ION
分子量 formula_weight	6.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	173

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	30.743 Å
晶胞边长 b length_b	46.229 Å
晶胞边长 c length_c	40.064 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.02 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.300 Å
最低分辨率 resolution_low	38.100 Å
R 因子 r_factor	0.1295
R_work r_work	0.1274
R_free r_free	0.1691

fit	/app/data/saxs_computation/i5/5i5c/5i5c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i5/5i5c/5i5c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i5/5i5c/5i5c.dat

X-ray crystal structure of allo-Thr31-ShK

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kappa-stichotoxin-She3a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction