5iez

Discovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) inhibitors using Structure-Based Design

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 91.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt Q07820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 172–327 片段:unp residues 172-327 6AL 3-({6-chloro-3-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-indole-2-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;292 K;PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris 分辨率 2.60 Å R-free 0.277
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 172–327 片段:unp residues 172-327 6AL 3-({6-chloro-3-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-indole-2-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;292 K;PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris 分辨率 2.60 Å R-free 0.277
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 172–327 片段:unp residues 172-327 6AL 3-({6-chloro-3-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-indole-2-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;292 K;PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris 分辨率 2.60 Å R-free 0.277
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 172–327 片段:unp residues 172-327 6AL 3-({6-chloro-3-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-7-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-1H-indole-2-carbonyl}amino)benzoic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.6;292 K;PEG 3350, magnesium chloride, Bis-Tris 分辨率 2.60 Å R-free 0.277

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、282 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–159; UniProt 172–327 作者链 B; PDB构建体 4–159; UniProt 172–327 作者链 C; PDB构建体 4–159; UniProt 172–327 作者链 D; PDB构建体 4–159; UniProt 172–327

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5iez

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5iez
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5iez
沉积日期 deposition_date2016-02-25
结构标题 titleDiscovery of Potent Myeloid Cell Leukemia-1 (Mcl-1) inhibitors using Structure-Based Design
关键词 keywordsMyeloid Cell Leukemia-1, Bcl-2, apoptosis, apoptosis-apoptosis inhibitor complex; apoptosis/apoptosis inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.46
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.46
零角强度 I(0) i081366100.00
分子量 molecular_weight69947.0 kDa
排除体积 excluded_volume87281 ų
包络体积 envelope_volume111740 ų
水化壳体积 shell_volume32901 ų
包络直径 envelope_diameter95.8
壳层 Rg shell_rg35.46
包络 Rg envelope_rg28.08
形状 Rg shape_rg28.47
总 Rg total_rg29.14
总原子数 total_atoms4928
残基数 n_residues601
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax91.4
Rg (实空间) rg_real29.35
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real8.1370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.40
I(0) (倒空间) i0_reciprocal81370000.0000
解质量估计 total_estimate0.9107
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.6
偏度 Skewness skewness0.143
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.2700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36880000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.948; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.992

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5ieza1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd5ieza2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5iezb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd5iezc_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd5iezd1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.1 — Toxins' membrane translocation domains
超家族 Superfamily superfamilyf.1.4 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
家族 Family familyf.1.4.1 — Bcl-2 inhibitors of programmed cell death
结构域编号 domain_idd5iezd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5iezA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id5iezB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id5iezC01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like
结构域编号 domain_id5iezD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology437 — Apoptosis Regulator Bcl-x
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Blc2-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)