SAXSdb — 5ip4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal migration protein doublecortin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 251–341	片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341	XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.246
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 251–341	片段：C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 251-341	XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；20% PEGMME, 100 mM Bis-Tris pH 6.5	分辨率 1.81 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IP4	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1MJD Structure of N-terminal domain of human doublecortin 提交 2002-08-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 87–192（106 aa）片段：N-terminal domain, Residues (45-150)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1mM doublecortin 45-150 U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer; 5mMM DTT \| 90% H2O, 10% H2O	分辨率未提供
2BQQ X-ray Structure of the N-terminal Domain of Human Doublecortin 提交 2005-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 45–150（106 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 45-150	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；1.4 M NAH2PO4, 0.35 M K2HPO4, 0.6% PEG 150, SITTING DROP, pH 4.40	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
2XRP Human Doublecortin N-DC Repeat (1MJD) and Mammalian Tubulin (1JFF and 3HKE) Docked into the 8-Angstrom Cryo-EM Map of Doublecortin- Stabilised Microtubules 提交 2010-09-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 46–140（95 aa）片段：RESIDUES 46-140	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；80MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 8.20 Å
4ATU Human doublecortin N-DC repeat plus linker, and tubulin (2XRP) docked into an 8A cryo-EM map of doublecortin-stabilised microtubules reconstructed in absence of kinesin 提交 2012-05-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 2–360（359 aa）片段：RESIDUES 2-360	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP；pH 6.8；20MM PIPES, 1MM EGTA, 3MM MGCL2, 1MM TCEP, 0.5MM GTP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, INSTRUMENT- FEI VITROBOT	分辨率 8.30 Å
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 52–140（89 aa）片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 N 52–140（89 aa）片段：N-terminal domain, UNP Residues 133-221	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 127–231（105 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5IN7 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 127–231（105 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 127-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–230（98 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5IO9 X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–230（98 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 1.30 Å R-free 0.210
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
5IOI X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN 提交 2016-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 133–231（99 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 133-231	突变：K215D, K216D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；N-DCXDD crystals were either obtained out of 20mM CAPS pH 10.5, 100 mM NaCl, 5 mM TCEP or 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 5 mM DTT	分辨率 2.40 Å R-free 0.234
6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 链 C 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate	分辨率 2.23 Å R-free 0.231
6FNZ Crystal Structure of domain-swapped C-terminal domain of human doublecortin 提交 2018-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254 链 D 174–254（81 aa）片段：C-terminal ubiquitin-like domain, UNP residues 174-254	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；20 mg/mL protein and 3x cmc CHAPS in 20mM CAPS/NaOH pH10.5, 100mM NaCl, 5mM TCEP mixed 60-70% with 40-30% reservoir consisting of 0.1M HEPES/NaOH pH7.0, 10% PEG 5000 MME, 5% Tacsimate	分辨率 2.23 Å R-free 0.231
6REV Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6RF2 Cryo-EM structure of the C-terminal DC repeat (CDC) of human doublecortin (DCX) bound to 13-protofilament GDP.Pi-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 C 178–264（87 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6RF8 Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 13-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6RFD Cryo-EM structure of the N-terminal DC repeat (NDC) of NDC-NDC chimera (human sequence) bound to 14-protofilament GDP-microtubule 提交 2019-04-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 N 44–142（99 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å

共 13 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–91； UniProt 251–341 作者链 E； PDB构建体 1–91； UniProt 251–341

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ip4
沉积日期 deposition_date	2016-03-09
结构标题 title	X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN
关键词 keywords	DCX DOMAIN, UBIQUITIN-LIKE FOLD, MICROTUBULE ASSOCIATED, SIGNALING PROTEIN, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.39 Å
零角强度 I(0) i0	29727900.00
分子量 molecular_weight	42362.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53142 Å³
包络体积 envelope_volume	68639 Å³
水化壳体积 shell_volume	21657 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.3 Å
壳层 Rg shell_rg	33.32 Å
包络 Rg envelope_rg	25.94 Å
形状 Rg shape_rg	26.35 Å
总 Rg total_rg	27.32 Å
总原子数 total_atoms	2986
残基数 n_residues	383
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.5 Å
Rg (实空间) rg_real	26.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9730e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6690e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29730000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8940
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.127
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.677
角度范围 angular_range	— – 0.2950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9794000.0000
实空间数据点数 n_real_points	60
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.896; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.941; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	XA4551 NANOBODY AGAINST C-DCX
分子量 formula_weight	13419.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3373

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCTASVNIIGGNHWAWYRQAPGQQRDLVASLSRYNANYADSVKGRFTISRDNAKNAAYLQMNSLKPEDTAIYFCALENYYWGQGTQVTVSSHHHHHHEPEA

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	LLAMA
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Neuronal migration protein doublecortin
分子量 formula_weight	10357.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

ARENKDFVRPKLVTIIRSGVKPRKAVRVLLNKKTAHSFEQVLTDITEAIKLETGVVKKLYTLDGKQVTCLHDFFGDDDVFIACGPEKFRYA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	387

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5ip4a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ip4a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d5ip4b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d5ip4b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5ip4A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ip4B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5ip4D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

结构域编号 domain_id	5ip4E00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	230 — Doublecortin domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.840 Å
晶胞边长 b length_b	86.191 Å
晶胞边长 c length_c	73.267 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	123.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.810 Å
最低分辨率 resolution_low	44.770 Å
R 因子 r_factor	0.1967
R_work r_work	0.1940
R_free r_free	0.2464

fit	/app/data/saxs_computation/ip/5ip4/5ip4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ip/5ip4/5ip4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ip/5ip4/5ip4.dat

X-RAY STRUCTURE OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal migration protein doublecortin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)