5irw

Crystal structure of avidin in complex with 1-desthiobiotinylpyrene

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 70.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Avidin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 25–152 链 B； UniProt 25–152 链 C； UniProt 25–152 链 D； UniProt 25–152	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 D9P 1-desthiobiotinylpyrene × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292.15 K；Morpheus Screen (Molecular Dimensions) A1 solution (0.1 M IMIDAZOLE/MES MONOHYDRATE (ACID) BUFFER PH 6.5, 10% W/V POLYETHYLENE GLYCOL 20000, 20% V/V PEG 500 MME, 0.03 M MAGNESIUM CHLORIDE HEXAHYDRATE AND 0.03 M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 292.15K	分辨率 2.10 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5IRW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVD THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE TETRAGONAL CRYSTAL FORM OF EGG-WHITE AVIDIN IN ITS FUNCTIONAL COMPLEX WITH BIOTIN AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 BTN BIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1AVE CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG-WHITE APO-AVIDIN IN RELATION TO ITS THERMAL STABILITY PROPERTIES 提交 1993-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1IJ8 CRYSTAL STRUCTURE OF LITE AVIDIN-BNI COMPLEX 提交 2001-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BNI 5-(2-OXO-HEXAHYDRO-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)-PENTANOIC ACID (4-NITRO-PHENYL)-AMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG2000, 0.1M imidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.234
1LDO avidin-norbioitn complex 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SNR NORBIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG 1000, 0.1 immidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.241
1LDQ avidin-homobiotin complex 提交 2002-04-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SHM HOMOBIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG 1000, 0,1M immidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.276
1LEL The avidin BCAP complex 提交 2002-04-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BH7 E-AMINO BIOTINYL CAPROIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；12% PEG 1000, 0.1M immidazole malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
1NQN Structure of Avm-W110K (W110K mutant of avidin) 提交 2003-01-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–147（122 aa）链 B 26–147（122 aa）	突变：W110K 突变：W110K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；32% MPEG 2k, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K	分辨率 1.80 Å R-free 0.227
1RAV RECOMBINANT AVIDIN 提交 1998-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–152（127 aa）链 B 26–152（127 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.2；RECOMBINANT AVIDIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% W/V PEG 8000. PH 7.2 0.05 M TRIS BUFFER AT 22 C BY VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion	分辨率 2.20 Å
1VYO Crystal structure of avidin 提交 2004-05-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.6；295 K；Equal volumes (1 ul) of protein (0.5 mg/ml) in 50 mM Na acetate (pH 4) + 20 mM NaCl and well solution of 0.1 M MES (pH 6.6) + 24% PEG 8000 + 0.2 M Mg acetate	分辨率 1.48 Å R-free 0.190
2A5B Avidin complexed with 8-oxodeoxyguanosine 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–148（124 aa）链 B 25–148（124 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 8HG 2'-DEOXY-8-OXOGUANOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；290 K；PEG 8000, Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290.0K	分辨率 2.49 Å R-free 0.310
2A5C Structure of Avidin in complex with the ligand 8-oxodeoxyadenosine 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）链 B 25–147（123 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 8DA 8-OXODEOXYADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.2M ammonium sulphate, 0.1M Na Cacodylate pH6.5, 30% w/v PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.50 Å R-free 0.308
2A8G Structure of Avidin in complex with the ligand deoxyguanosine 提交 2005-07-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–152（126 aa）链 B 27–152（126 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GNG 2'-DEOXY-GUANOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；50mM Na Citrate, 20% PEG 8000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.99 Å R-free 0.268
2AVI THREE-DIMENSIONAL STRUCTURES OF AVIDIN AND THE AVIDIN-BIOTIN COMPLEX 提交 1993-04-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 BTN BIOTIN × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
2C4I Crystal structure of engineered avidin 提交 2005-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–80（54 aa）链 A 99–147（49 aa）	未记录	BTN BIOTIN × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.95 Å R-free 0.246
2CAM AVIDIN MUTANT (K3E,K9E,R26D,R124L) 提交 1998-03-27	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–152（127 aa）链 B 26–152（127 aa）	突变：K3E, K9E, R26D, R124L 突变：K3E, K9E, R26D, R124L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.7；295 K；RECOMBINANT AVIDIN WAS CRYSTALLIZED FROM AMMONIUM SULFATE 2M. PH 5.7 0.05 M PHOSPHATE BUFFER AT 22 C BY VAPOUR DIFFUSION TECHNIQUES., vapor diffusion, temperature 295K	分辨率 2.20 Å
2MF6 Solution NMR structure of Chimeric Avidin, ChiAVD(I117Y), in the biotin bound form 提交 2013-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 A 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y 突变：I117Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；333 K；压力 1 NMR测量条件 pH 6.5；333 K；压力 1 NMR样品组成 0.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-1, 0.7-1.2 mM d-biotin-2, 93 % H2O-3, 7 % D2O-4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.7-1.2 mM [U-13C; U-15N] avidin-5, 0.7-1.2 mM d-biotin-6, 100 % D2O-7, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
3FDC Crystal Structure of Avidin 提交 2008-11-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	BTF iron(II) tetracyano-5-(2-Oxo-hexahydro-thieno[3,4-d]imidazol-6-yl)-pentanoic acid (4'-methyl-[2,2']bipyridinyl-4-ylmethyl)-amide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；296 K；25% PEG 3000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296.0K	分辨率 3.10 Å R-free 0.330
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 A 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 B 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 C 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 D 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 E 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 F 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 F 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 G 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 G 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 H 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 H 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 I 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 K 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 K 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3MM0 Crystal structure of chimeric avidin 提交 2010-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 M 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 N 25–61（37 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82 链 N 85–152（68 aa）片段：P02701 Residues 25-61, 85-152 and P56734 residues 62-82	突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y 突变：I141Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 8.3；293 K；20% Polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.1M Tris (pH 8.3), and 9mM ammonium sulfate, microbatch, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.309
3VGW Crystal structure of monoAc-biotin-avidin complex 提交 2011-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 B 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 C 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 D 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	NVZ 5-[(3aS,4S,6aR)-1-acetyl-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
3VGW Crystal structure of monoAc-biotin-avidin complex 提交 2011-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 F 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 G 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 H 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	NVZ 5-[(3aS,4S,6aR)-1-acetyl-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
3VHH Crystal structure of DiMe-biotin-avidin complex 提交 2011-08-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 B 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 C 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 D 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	VHH 5-[(3aS,4S,6aR)-1,3-dimethyl-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.26 Å R-free 0.260
3VHI Crystal structure of monoZ-biotin-avidin complex 提交 2011-08-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147 链 B 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147 链 C 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147 链 D 26–147（122 aa）片段：UNP residues 26-147	未记录	VHI 5-{(3aS,4S,6aR)-1-[(benzyloxy)carbonyl]-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl}pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate (pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 1.76 Å R-free 0.226
3VHM Crystal structure of NPC-biotin-avidin complex 提交 2011-08-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 B 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 C 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147 链 D 25–147（123 aa）片段：UNP residues 25-147	未记录	NPK 5-[(3aS,4R,6aR)-1-{[(1R)-1-(6-nitro-1,3-benzodioxol-5-yl)ethoxy]carbonyl}-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoic acid × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.5-2.7M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate(pH 4.0-5.0), vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
4I60 Crystal structure of avidin - biotinylruthenocene complex 提交 2012-11-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）	未记录	B1R [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-{5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanoyl}cyclopentadienyl]ruthenium × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；35% pentaerythritol propoxylate, 0.05M HEPES, 0.2M KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.50 Å R-free 0.211
4JHQ Crystal structure of avidin - 6-(6-biotinamidohexanamido)hexanoylferrocene complex 提交 2013-03-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）	未记录	B6F [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,5-eta)-{6-[(6-{[5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentanoyl]amino}hexanoyl)amino]hexanoyl}cyclopentadienyl]iron × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293 K；28% mme PEG 5K, 0.2M magnesium formate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 1.99 Å R-free 0.210
4U46 Crystal structure of an avidin mutant 提交 2014-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–152（130 aa）片段：UNP residues 25-152 链 B 23–152（130 aa）片段：UNP residues 25-152	未记录	CL CHLORIDE ION × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；Well solution: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium cacodylate, 2.0 M ammonium sulphate	分辨率 1.95 Å R-free 0.214
5CHK Crystal structure of avidin - HABA complex (hexagonal crystal form) 提交 2015-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）片段：UNP residues 25-152	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 55R 2-[2-(4-oxocyclohexa-2,5-dien-1-ylidene)hydrazinyl]benzoic acid × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292.15 K；0.1M sodium citrate tribasic dehydrate pH 4.5, 24% w/v polyethylene glycol 1000	分辨率 2.20 Å R-free 0.227
5HLM Crystal structure of avidin complex with a ferrocene biotin derivative 提交 2016-01-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	B9F [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl]{(1,2,3,4,5-eta)-1-[1-hydroxy-5-(2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl)pentyl]cyclopentadienyl}iron × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.2M potassium thiocyanate, 0.1M BIS-TRIS pH 6.5 and 22% w/v polyethylene glycol 3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
5IRU Crystal structure of avidin in complex with 1-biotinylpyrene 提交 2016-03-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 B9P 1-biotinylpyrene × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；292.15 K；28% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M trimethylamine hydrochloride	分辨率 2.00 Å R-free 0.265
5LUR An avidin mutant 提交 2016-09-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 21–152（132 aa）链 B 21–152（132 aa）	未记录	STR PROGESTERONE × 4 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；Drop size: 150 nl of protein-ligand solution and well solution. Protein-ligand solution: 1.8 mg/ml of protein solution (20 mM sodium phosphate, 1M sodium chloride, 20mM imidazole, pH 7.4) and 50 mM ligand solution (1.57 mg in 100 microL of water) were mixed in 10:1 (v/v) ratio. Well solution: 0.18 M sodium chloride, 0.09 M sodium cacodylate (pH 6.5) and 1.8 M ammonium sulfate.	分辨率 2.70 Å R-free 0.240
5MYQ Crystal structure of avidin in complex with ferrocene homobiotin derivative 提交 2017-01-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	HBF ferrocene homobiotin derivative × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 IOD IODIDE ION × 21	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；0.2 M ammonium iodide, 22 % w/v PEG 3350	分辨率 1.89 Å R-free 0.232
6XND Avidin-Biotin-Phenol 提交 2020-07-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–152（128 aa）链 B 25–152（128 aa）链 C 25–152（128 aa）链 D 25–152（128 aa）	未记录	V8M N-[2-(2-hydroxy-5-nitrophenyl)ethyl]-5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxohexahydro-1H-thieno[3,4-d]imidazol-4-yl]pentanamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；300 K；0.1 M Tris, pH 7.0, and 25% (w/v) PEG 1500	分辨率 1.58 Å R-free 0.236
7P4Z Crystal structure of avidin from hen egg white in space group C2 提交 2021-07-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–147（121 aa）链 B 27–147（121 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.5, 0.4% of each Anaesthetic alkaloid (Morpheus Fusion screen, well H12)	分辨率 2.20 Å R-free 0.291
7ZN1 Avidin + Biotin-Tempo 提交 2022-04-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 KFL 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide × 4 ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.2 M Zinc Acetate dihydrate 22% w/v PEG3350	分辨率 2.33 Å R-free 0.279
7ZYL Avidin + Biotin-Tempo 提交 2022-05-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–152（152 aa）链 B 1–152（152 aa）链 C 1–152（152 aa）链 D 1–152（152 aa）	未记录	KFL 6-[(3~{a}~{S},4~{S},6~{a}~{R})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-~{N}-(2,2,6,6-tetramethyl-1-oxidanyl-piperidin-4-yl)hexanamide × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.08 Å
8CK7 Avidin complexed to theophylline 提交 2023-02-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–148（124 aa）链 B 25–148（124 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 TEP THEOPHYLLINE × 4 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Bis-Tris-Propane pH 8.5, 1.7-2.3 M w/v Ammonium Sulfate, 1-5% v/v MPD	分辨率 2.20 Å R-free 0.233

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	AVID_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–128； UniProt 25–152 作者链 B； PDB构建体 1–128； UniProt 25–152 作者链 C； PDB构建体 1–128； UniProt 25–152 作者链 D； PDB构建体 1–128； UniProt 25–152

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5irw
沉积日期 deposition_date	2016-03-14
结构标题 title	Crystal structure of avidin in complex with 1-desthiobiotinylpyrene
关键词 keywords	complex, biotin binding protein; biotin binding protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.73 Å
零角强度 I(0) i0	52450200.00
分子量 molecular_weight	55885.0 kDa
排除体积 excluded_volume	69741 Å³
包络体积 envelope_volume	79919 Å³
水化壳体积 shell_volume	29102 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	29.74 Å
包络 Rg envelope_rg	22.04 Å
形状 Rg shape_rg	21.68 Å
总 Rg total_rg	22.77 Å
总原子数 total_atoms	3935
残基数 n_residues	484
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	70.0 Å
Rg (实空间) rg_real	22.86 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2450e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	52450000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9034
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.046
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.3450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.977; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Avidin
分子量 formula_weight	14349.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4054

ARKCSLTGKWTNDLGSNMTIGAVNSRGEFTGTYTTAVTATSNEIKESPLHGTQNTINKRTQPTFGFTVNWKFSESTTVFTGQCFIDRNGKEVLKTMWLLRSSVNDIGDDWKATRVGINIFTRLRTQKE

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-desthiobiotinylpyrene
分子量 formula_weight	398.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d5irwa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d5irwb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d5irwc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

结构域编号 domain_id	d5irwd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.61 — Streptavidin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.61.1 — Avidin/streptavidin
家族 Family family	b.61.1.1 — Avidin/streptavidin

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5irwA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	5irwB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	5irwC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

结构域编号 domain_id	5irwD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Avidin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.970 Å
晶胞边长 b length_b	81.520 Å
晶胞边长 c length_c	107.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	43.680 Å
R 因子 r_factor	0.1972
R_work r_work	0.1954
R_free r_free	0.2310

fit	/app/data/saxs_computation/ir/5irw/5irw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ir/5irw/5irw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ir/5irw/5irw.dat