5iux

GLIC-V135C bimane labelled X-ray structure

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proton-gated ion channel

Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 5	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 6 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 15 ACETATE ION × 10 2,3,5,6-tetramethyl-1H,7H-pyrazolo[1,2-a]pyrazole-1,7-dione × 2 BROMIDE ION × 5 SODIUM ION × 4 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLIC_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–317； UniProt 43–359 作者链 B； PDB构建体 1–317； UniProt 43–359 作者链 C； PDB构建体 1–317； UniProt 43–359 作者链 D； PDB构建体 1–317； UniProt 43–359 作者链 E； PDB构建体 1–317； UniProt 43–359

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5iux
沉积日期 deposition_date	2016-03-18
结构标题 title	GLIC-V135C bimane labelled X-ray structure
关键词 keywords	MEMBRANE PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5iux__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5iux__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5iux__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.14 Å
Rg（电子密度）	37.36 Å
总 Rg	37.94 Å
原子数	13518
残基数	1555
排除体积	246880 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5iux__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Proton-gated ion channel
分子量 formula_weight	36265.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	13699

GQDMVSPPPPIADEPLTVNTGIYLIESYSLDDKAETFKVNAFLSLSWKDRRLAFDPVRSGVRVKTYEPEAIWIPEIRFVNVENARDADVVDISVSPDGTVQYLERFSARVLSPLDFRRYPFDSQTLHIYLIVRSCDTRNIVLAVDLEKVGKNDDVFLTGWDIESFTAVVKPANFALEDRLESKLDYQLRISRQYFSYIPNIILPMLFILFISWTAFWSTSYEANVTLVVSTLIAHIAFNILVETNLPKTPYMTYTGAIIFMIYLFYFVAVIEVTVQHYLKVESQPARAASITRASRIAFPVVFLLANIILAFLFFGF

来源 Source

来源生物 organism	Gloeobacter violaceus (strain PCC 7421)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	251221
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2,3,5,6-tetramethyl-1H,7H-pyrazolo[1,2-a]pyrazole-1,7-dione
分子量 formula_weight	192.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	BROMIDE ION
分子量 formula_weight	79.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	145

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	5iuxA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5iuxA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5iuxB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5iuxB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5iuxC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5iuxC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5iuxD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5iuxD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

结构域编号 domain_id	5iuxE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	5iuxE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain

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晶胞边长 a length_a	182.034 Å
晶胞边长 b length_b	134.075 Å
晶胞边长 c length_c	159.945 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.51 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2049
R_work r_work	0.2032
R_free r_free	0.2368

GLIC-V135C bimane labelled X-ray structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proton-gated ion channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iux__assembly_1__model_1

5iux__assembly_1__model_1 | I(q)

5iux__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

GLIC-V135C bimane labelled X-ray structure

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proton-gated ion channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5iux__assembly_1__model_1

5iux__assembly_1__model_1 | I(q)

5iux__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)