5j0n

Lambda excision HJ intermediate

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

Enterobacteria phage lambda

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 4	attP(-117 to +79) × 1 attB(-21) to attP(+117) × 1 attB(-19 to +21) × 1 attP(-79) to attB(+19) × 1 Integration host factor subunit alpha × 2 （B7MAS3） Integration host factor subunit beta × 2 （B7MHM1） Excisionase × 3 （P03699）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VINT_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356 作者链 F； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356 作者链 G； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356 作者链 H； PDB构建体 1–356； UniProt 1–356

Integration host factor subunit alpha

Escherichia coli

UniProt B7MAS3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 4	attP(-117 to +79) × 1 attB(-21) to attP(+117) × 1 attB(-19 to +21) × 1 attP(-79) to attB(+19) × 1 Integrase × 4 （P03700） Integration host factor subunit beta × 2 （B7MHM1） Excisionase × 3 （P03699）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IHFA_ECO45
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–96； UniProt 2–97 作者链 K； PDB构建体 1–96； UniProt 2–97

Integration host factor subunit beta

Escherichia coli

UniProt B7MHM1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 4	attP(-117 to +79) × 1 attB(-21) to attP(+117) × 1 attB(-19 to +21) × 1 attP(-79) to attB(+19) × 1 Integrase × 4 （P03700） Integration host factor subunit alpha × 2 （B7MAS3） Excisionase × 3 （P03699）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IHFB_ECO45
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 L； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

Excisionase

Enterobacteria phage lambda

UniProt P03699

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 11 DNA 4	attP(-117 to +79) × 1 attB(-21) to attP(+117) × 1 attB(-19 to +21) × 1 attP(-79) to attB(+19) × 1 Integrase × 4 （P03700） Integration host factor subunit alpha × 2 （B7MAS3） Integration host factor subunit beta × 2 （B7MHM1）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VXIS_LAMBD
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 N； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55 作者链 O； PDB构建体 1–55； UniProt 1–55

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5j0n
沉积日期 deposition_date	2016-03-28
结构标题 title	Lambda excision HJ intermediate
关键词 keywords	bacteriophage lambda, excision, site-specific recombination, Holliday junction, TRANSFERASE, HYDROLASE-DNA complex; TRANSFERASE, HYDROLASE/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5j0n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5j0n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5j0n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.48 Å
Rg（电子密度）	60.61 Å
总 Rg	60.85 Å
原子数	29353
残基数	2349
排除体积	409490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5j0n__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	attP(-117 to +79)
分子量 formula_weight	60791.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29353

GTCGGCATAGTGACTGCATATGTTGTGTTTTACAGTATTATGTAGTCTGTTTTTTATGCAAAATCTAATTTAATATATTGATATTTATATCATTTTACGTTTCTCGTTCAGCTTTAATACAATAAGTTGGAATTCTAAAAAAGCATTGCTTATCAATTTGTTGCAACGAACAGGTCACTATCAGTCAAAATATTGAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	attB(-21) to attP(+117)
分子量 formula_weight	42883.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CCGTTTCGCTCAAGTTAGTATATTAAAGCTGAACGAGAAACGTAAAATGATATAAATATCAATATATTAAATTAGATTTTGCATAAAAAACAGACTACATAATACTGTAAAACACAACATATGCAGTCACTATGCCGAC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	attB(-19 to +21)
分子量 formula_weight	12607.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CCGTTGAAGCCTGCTTTTTTATACTAACTTGAGCGAAACGG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	attP(-79) to attB(+19)
分子量 formula_weight	30552.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ATCAATATTTTGACTGATAGTGACCTGTTCGTTGCAACAAATTGATAAGCAATGCTTTTTTAGAATTCCAACTTATTGTAAAAAAGCAGGCTTCAACGG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Integrase
分子量 formula_weight	40373.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-, 3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MGRRRSHERRDLPPNLYIRNNGYYCYRDPRTGKEFGLGRDRRIAITEAIQANIELFSGHKHKPLTARINSDNSVTLHSWLDRYEKILASRGIKQKTLINYMSKIKAIRRGLPDAPLEDITTKEIAAMLNGYIDEGKAASAKLIRSTLSDAFREAIAEGHITTNHVAATRAAKSEVRRSRLTADEYLKIYQAAESSPCWLRLAMELAVVTGQRVGDLCEMKWSDIVDGYLYVEQSKTGVKIAIPTALHIDALGISMKETLDKCKEILGGETIIASTRREPLSSGTVSRYFMRARKASGLSFEGDPPTFHELRSLSARLYEKQISDKFAQHLLGHKSDTMASQYRDDRGREWDKIEIK

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Integration host factor subunit alpha
分子量 formula_weight	10998.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,K

ALTKAEMSEYLFDKLGLSKRDAKELVELFFEEIRRALENGEQVKLSGFGNFDLRDKNQRPGRNPKTGEDIPITARRVVTFRPGQKLKSRVENASPK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Integration host factor subunit beta
分子量 formula_weight	10671.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,L

MTKSELIERLATQQSHIPAKTVEDAVKEMLEHMASTLAQGERIEIRGFGSFSLHYRAPRTGRNPKTGDKVELEGKYVPHFKPGKELRDRANIYG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Excisionase
分子量 formula_weight	6793.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

MYLTLQEWNARQRRPRSLETVRRWVRESRIFPPPVKDGREYLFHESAVKVDLNRP

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage lambda
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10710
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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分辨率 resolution	11.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	10956

Lambda excision HJ intermediate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Integrase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integration host factor subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Integration host factor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Excisionase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5j0n__assembly_1__model_1

5j0n__assembly_1__model_1 | I(q)

5j0n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)