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5j50

Structure of tetrameric jacalin complexed with Gal beta-(1,3) GalNAc-alpha-OPNP

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Agglutinin alpha chain

物种未注明

UniProt P18670

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 4 其他聚合物 2 Agglutinin beta-3 chain × 2 （P18673） beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 7 P-NITROPHENOL × 2 water × 4 与蛋白数一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 4 其他聚合物 2 Agglutinin beta-3 chain × 2 （P18673） beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 P-NITROPHENOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1jac 1jac 1jac 1ku8 1kuj 1pxd 1ugw 1ugx 1ugy 1uh0 1uh0 1uh0

共 48 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LECA_ARTIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 C； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 E； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133 作者链 G； PDB构建体 1–133； UniProt 1–133

Agglutinin beta-3 chain

物种未注明

UniProt P18673

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 4 其他聚合物 2 Agglutinin alpha chain × 2 （P18670） beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 7 P-NITROPHENOL × 2 water × 4 与蛋白数一致
2 其他组合 异源复合物 蛋白 4 其他聚合物 2 Agglutinin alpha chain × 2 （P18670） beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 P-NITROPHENOL × 2 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1pxd 1ugw 1ugx 1ugy 1uh0 1uh0 1uh0 1uh1 1uh1 1uh1 1uh1 1ws4

共 38 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LECB3_ARTIN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–19； UniProt 2–20 作者链 D； PDB构建体 1–19； UniProt 2–20 作者链 F； PDB构建体 1–19； UniProt 2–20 作者链 H； PDB构建体 1–19； UniProt 2–20

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5j50
沉积日期 deposition_date2016-04-01
结构标题 titleStructure of tetrameric jacalin complexed with Gal beta-(1,3) GalNAc-alpha-OPNP
关键词 keywords;Plant lectins, sugar binding protein, Galactose specific lectin, beta-prism I fold, post translational proteolysis, T-antigen binding protein, reducing and non-reducing sugars ;; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5j50__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5j50__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5j50__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）21.04 Å
Rg（电子密度）19.87 Å
总 Rg20.77 Å
原子数2355
残基数296
排除体积42158 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5j50__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5j50__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5j50A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Jacalin-like lectin domain
结构域编号 domain_id5j50C00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Jacalin-like lectin domain
结构域编号 domain_id5j50E00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Jacalin-like lectin domain
结构域编号 domain_id5j50G00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture100 — Aligned Prism
拓扑 Topology topology10 — Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Jacalin-like lectin domain
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7. 引用文献 (1)