SAXSdb — 5j9t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase ESA1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ESA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–305； UniProt 141–445 作者链 E； PDB构建体 1–305； UniProt 141–445 作者链 I； PDB构建体 1–305； UniProt 141–445

Chromatin modification-related protein EAF6

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P47128

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EAF6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 F； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113 作者链 J； PDB构建体 1–113； UniProt 1–113

Enhancer of polycomb-like protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P43572

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Chromatin modification-related protein YNG2 × 1 （P38806） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EPL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–280； UniProt 121–400 作者链 G； PDB构建体 1–280； UniProt 121–400 作者链 K； PDB构建体 1–280； UniProt 121–400

Chromatin modification-related protein YNG2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P38806

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone acetyltransferase ESA1 × 1 （Q08649） Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 （P47128） Enhancer of polycomb-like protein 1 × 1 （P43572） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YNG2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 H； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120 作者链 L； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5j9t
沉积日期 deposition_date	2016-04-11
结构标题 title	Crystal structure of the NuA4 core complex
关键词 keywords	NuA4, nucleosome, histone, acetylation, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5j9t__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5j9t__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5j9t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.63 Å
Rg（电子密度）	31.05 Å
总 Rg	31.67 Å
原子数	6181
残基数	737
排除体积	109910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5j9t__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5j9t__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5j9t__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase ESA1
分子量 formula_weight	36556.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
突变 mutation	E338Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,A,I
原子数 atom_count	18881

HEDEIKKLRTSGSMTQNPHEVARVRNLNRIIMGKYEIEPWYFSPYPIELTDEDFIYIDDFTLQYFGSKKQYERYRKKCTLRHPPGNEIYRDDYVSFFEIDGRKQRTWCRNLCLLSKLFLDHKTLYYDVDPFLFYCMTRRDELGHHLVGYFSKEKESADGYNVACILTLPQYQRMGYGKLLIEFSYELSKKENKVGSPQKPLSDLGLLSYRAYWSDTLITLLVEHQKEITIDEISSMTSMTTTDILHTAKTLNILRYYKGQHIIFLNEDILDRYNRLKAKKRRTIDPNRLIWKPPVFTASQLRFAW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein EAF6
分子量 formula_weight	12915.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B,J

MTDELKSYEALKAELKKSLQDRREQEDTFDNLQQEIYDKETEYFSHNSNNNHSGHGGAHGSKSHYSGNIIKGFDTFSKSHHSHADSAFNNNDRIFSLSSATYVKQQHGQSQND

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Enhancer of polycomb-like protein 1
分子量 formula_weight	33320.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,C,K

IPTPDASMTWNEYDKFYTGSFQETTSYIKFSATVEDCCGTNYNMDERDETFLNEQVNKGSSDILTEDEFEILCSSFEHAIHERQPFLSMDPESILSFEELKPTLIKSDMADFNLRNQLNHEINSHKTHFITQFDPVSQMNTRPLIQLIEKFGSKIYDYWRERKIEVNGYEIFPQLKFERPGEKEEIDPYVCFRRREVRHPRKTRRIDILNSQRLRALHQELKNAKDLALLVAKRENVSLNWINDELKIFDQRVKIKNLKRSLNISGEDDDLINHKRKRPT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Chromatin modification-related protein YNG2
分子量 formula_weight	13828.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,D,L

MDPSLVLEQTIQDVSNLPSEFRYLLEEIGSNDLKLIEEKKKYEQKESQIHKFIRQQGSIPKHPQEDGLDKEIKESLLKCQSLQREKCVLANTALFLIARHLNKLEKNIALLEEDGVLAPV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	300

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5j9ta_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

结构域编号 domain_id	d5j9te_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

结构域编号 domain_id	d5j9ti_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.108 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
超家族 Superfamily superfamily	d.108.1 — Acyl-CoA N-acyltransferases (Nat)
家族 Family family	d.108.1.1 — N-acetyl transferase, NAT

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晶胞边长 a length_a	86.685 Å
晶胞边长 b length_b	137.582 Å
晶胞边长 c length_c	168.076 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	29.971 Å
R 因子 r_factor	0.1877
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2193

Crystal structure of the NuA4 core complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase ESA1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromatin modification-related protein EAF6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enhancer of polycomb-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chromatin modification-related protein YNG2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5j9t__assembly_1__model_1

5j9t__assembly_1__model_1 | I(q)

5j9t__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (1)