SAXSdb — 5ja2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterobactin synthase component F

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MbtH-Like Protein PA2412 × 1 （Q9I169） ;5'-({[(2R,3S)-3-amino-4-hydroxy-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}butyl]sulfonyl}amino)-5'-deoxyadenosine ; × 1 Meso-2,3-Butanediol × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTF_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–1295； UniProt 1–1293

MbtH-Like Protein PA2412

Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228)

UniProt Q9I169

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Enterobactin synthase component F × 1 （P11454） ;5'-({[(2R,3S)-3-amino-4-hydroxy-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}butyl]sulfonyl}amino)-5'-deoxyadenosine ; × 1 Meso-2,3-Butanediol × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9I169_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–74； UniProt 1–72

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ja2
沉积日期 deposition_date	2016-04-11
结构标题 title	EntF, a Terminal Nonribosomal Peptide Synthetase Module Bound to the non-Native MbtH-Like Protein PA2412
关键词 keywords	;NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTHETASE, NRPS, CONDENSATION, ADENYLATION, PCP, THIOESTERASE, MBTH-LIKE PROTEIN, PHOSPHOPANTETHEINE, BIOSYNTHETIC PROTEIN, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5ja2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5ja2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5ja2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.34 Å
Rg（电子密度）	41.55 Å
总 Rg	41.48 Å
原子数	9852
残基数	1306
排除体积	175050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5ja2__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enterobactin synthase component F
分子量 formula_weight	142313.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9900

GHMSQHLPLVAAQPGIWMAEKLSELPSAWSVAHYVELTGEVDSPLLARAVVAGLAQADTLRMRFTEDNGEVWQWVDDALTFELPEIIDLRTNIDPHGTAQALMQADLQQDLRVDSGKPLVFHQLIQVADNRWYWYQRYHHLLVDGFSFPAITRQIANIYCTWLRGEPTPASPFTPFADVVEEYQQYRESEAWQRDAAFWAEQRRQLPPPASLSPAPLPGRSASADILRLKLEFTDGEFRQLATQLSGVQRTDLALALAALWLGRLCNRMDYAAGFIFMRRLGSAALTATGPVLNVLPLGIHIAAQETLPELATRLAAQLKKMRRHQRYDAEQIVRDSGRAAGDEPLFGPVLNIKVFDYQLDIPDVQAQTHTLATGPVNDLELALFPDVHGDLSIEILANKQRYDEPTLIQHAERLKMLIAQFAADPALLCGDVDIMLPGEYAQLAQLNATQVEIPETTLSALVAEQAAKTPDAPALADARYLFSYREMREQVVALANLLRERGVKPGDSVAVALPRSVFLTLALHAIVEAGAAWLPLDTGYPDDRLKMMLEDARPSLLITTDDQLPRFSDVPNLTSLCYNAPLTPQGSAPLQLSQPHHTAYIIFTSGSTGRPKGVMVGQTAIVNRLLWMQNHYPLTGEDVVAQKTPCSFDVSVWEFFWPFIAGAKLVMAEPEAHRDPLAMQQFFAEYGVTTTHFVPSMLAAFVASLTPQTARQSCATLKQVFCSGEALPADLCREWQQLTGAPLHNLYGPTEAAVDVSWYPAFGEELAQVRGSSVPIGYPVWNTGLRILDAMMHPVPPGVAGDLYLTGIQLAQGYLGRPDLTASRFIADPFAPGERMYRTGDVARWLDNGAVEYLGRSDDQLKIRGQRIELGEIDRVMQALPDVEQAVTHACVINQAAATGGDARQLVGYLVSQSGLPLDTSALQAQLRETLPPHMVPVVLLQLPQLPLSANGKLDRKALPLPELKAQAPGRAPKAGSETIIAAAFSSLLGCDVQDADADFFALGGHSLLAMKLAAQLSRQVARQVTPGQVMVASTVAKLATIIDAEEDSTRRMGFETILPLREGNGPTLFCFHPASGFAWQFSVLSRYLDPQWSIIGIQSPRPNGPMQTAANLDEVCEAHLATLLEQQPHGPYYLLGYSLGGTLAQGIAARLRARGEQVAFLGLLDTWPPETQNWQEKEANGLDPEVLAEINREREAFLAAQQGSTSTELFTTIEGNYADAVRLLTTAHSVPFDGKATLFVAERTLQEGMSPERAWSPWIAELDIYRQDCAHVDIISPGTFEKIGPIIRATLNR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MbtH-Like Protein PA2412
分子量 formula_weight	8649.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHMTSVFDRDDIQFQVVVNHEEQYSIWPEYKEIPQGWRAAGKSGLKKDCLAYIEEVWTDMRPLSLRQHMDKAAG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;5'-({[(2R,3S)-3-amino-4-hydroxy-2-{[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl]sulfanyl}butyl]sulfonyl}amino)-5'-deoxyadenosine ;
分子量 formula_weight	773.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	Meso-2,3-Butanediol
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	15

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5ja2b1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.100 — MbtH/L9 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.100.2 — MbtH-like
家族 Family family	d.100.2.1 — MbtH-like

结构域编号 domain_id	d5ja2b2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5ja2A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	559 — Chloramphenicol Acetyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain

结构域编号 domain_id	5ja2A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	159.270 Å
晶胞边长 b length_b	57.690 Å
晶胞边长 c length_c	182.424 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.62 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	58.974 Å
R 因子 r_factor	0.2065
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2426

EntF, a Terminal Nonribosomal Peptide Synthetase Module Bound to the non-Native MbtH-Like Protein PA2412

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterobactin synthase component F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MbtH-Like Protein PA2412

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ja2__assembly_1__model_1

5ja2__assembly_1__model_1 | I(q)

5ja2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)

EntF, a Terminal Nonribosomal Peptide Synthetase Module Bound to the non-Native MbtH-Like Protein PA2412

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enterobactin synthase component F

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MbtH-Like Protein PA2412

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5ja2__assembly_1__model_1

5ja2__assembly_1__model_1 | I(q)

5ja2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (2)