SAXSdb — 5jjf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensory rhodopsin-2

Natronomonas pharaonis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Sensory rhodopsin II transducer × 2 （P42259） RETINAL × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 EICOSANE × 24 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BACS2_NATPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–238； UniProt 2–239

Sensory rhodopsin II transducer

Natronomonas pharaonis

UniProt P42259

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Sensory rhodopsin-2 × 2 （P42196） RETINAL × 2 octyl beta-D-glucopyranoside × 2 EICOSANE × 24 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HTR2_NATPH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–154； UniProt 5–157

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jjf
沉积日期 deposition_date	2016-04-23
结构标题 title	Structure of the SRII/HtrII Complex in I212121 space group ("U" shape) - M state
关键词 keywords	sensory rhodopsin II, transducer, membrane protein complex, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jjf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jjf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jjf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	— Å
Rg（电子密度）	26.57 Å
总 Rg	102.20 Å
原子数	302
残基数	0
排除体积	7936 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jjf__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sensory rhodopsin-2
分子量 formula_weight	26534.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4481

VGLTTLFWLGAIGMLVGTLAFAWAGRDAGSGERRYYVTLVGISGIAAVAYVVMALGVGWVPVAERTVFAPRYIDWILTTPLIVYFLGLLAGLDSREFGIVITLNTVVMLAGFAGAMVPGIERYALFGMGAVAFLGLVYYLVGPMTESASQRSSGIKSLYVRLRNLTVILWAIYPFIWLLGPPGVALLTPTVDVALIVYLDLVTKVGFGFIALDAAATLRAEHGESLAGVDTDAPAVADENSHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Natronomonas pharaonis
通用名 common_name	Natronobacterium pharaonis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2257
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sensory rhodopsin II transducer
分子量 formula_weight	17224.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AVSRLLLPSRVRHSYTGKMGAVFIFVGALTVLFGAIAYGEVTAAAATGDAAAVQEAAVSAILGLIILLGINLGLVAATLGGDTAASLSTLAAKASRMGDGDLDVELETRREDEIGDLYAAFDEMRQSVRTSLEDAKNAREDAEQAQKRAEEINTNSHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Natronomonas pharaonis
通用名 common_name	Natronobacterium pharaonis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2257
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	RETINAL
分子量 formula_weight	284.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	octyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	292.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	EICOSANE
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	56

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5jjfa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.13 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
超家族 Superfamily superfamily	f.13.1 — Class A G protein-coupled receptor (GPCR)-like
家族 Family family	f.13.1.1 — Bacteriorhodopsin-like

结构域编号 domain_id	d5jjfb_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamily	f.17.4 — Htr2 transmembrane domain-like
家族 Family family	f.17.4.1 — Htr2 transmembrane domain-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5jjfA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	5jjfB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 — Helix hairpin bin

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晶胞边长 a length_a	49.558 Å
晶胞边长 b length_b	113.779 Å
晶胞边长 c length_c	125.387 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	24
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	36.000 Å
R 因子 r_factor	0.2031
R_work r_work	0.2015
R_free r_free	0.2324

Structure of the SRII/HtrII Complex in I212121 space group ("U" shape) - M state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensory rhodopsin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sensory rhodopsin II transducer

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jjf__assembly_1__model_1

5jjf__assembly_1__model_1 | I(q)

5jjf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of the SRII/HtrII Complex in I212121 space group ("U" shape) - M state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sensory rhodopsin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sensory rhodopsin II transducer

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jjf__assembly_1__model_1

5jjf__assembly_1__model_1 | I(q)

5jjf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)