SAXSdb — 5jqh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nanobody60, Nb60 × 1 (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nanobody60, Nb60 × 1 (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENLYS_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 16–175； UniProt 2–161 作者链 B； PDB构建体 16–175； UniProt 2–161

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nanobody60, Nb60 × 1 (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 2	Nanobody60, Nb60 × 1 (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CHOLESTEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADRB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 179–471； UniProt 30–348 作者链 B； PDB构建体 179–471； UniProt 30–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5jqh
沉积日期 deposition_date	2016-05-05
结构标题 title	Structure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-state stabilizing nanobody, Nb60
关键词 keywords	GPCR, Signaling, Nanobody, Allostery, SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE, hydrolase-inhibitor complex; signaling protein, hydrolase/inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5jqh__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5jqh__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5jqh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.20 Å
Rg（电子密度）	33.50 Å
总 Rg	33.58 Å
原子数	3877
残基数	519
排除体积	69473 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5jqh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5jqh__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor
分子量 formula_weight	53699.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A,C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	7701

DYKDDDDAENLYFQGNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYAADEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILTKTWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIETLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLQKIDIDKFALKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCLRRSSLK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody60, Nb60
分子量 formula_weight	13531.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,C

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGSIFSLNDMGWYRQAPGKLRELVAAITSGGSTKYADSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKAEDTAVYYCNAKVAGTFSIYDYWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol
分子量 formula_weight	298.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5jqhB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	5jqhB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

结构域编号 domain_id	5jqhC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5jqhD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	43.924 Å
晶胞边长 b length_b	164.486 Å
晶胞边长 c length_c	218.749 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	32.867 Å
R 因子 r_factor	0.2497
R_work r_work	0.2465
R_free r_free	0.2903

Structure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-state stabilizing nanobody, Nb60

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jqh__assembly_2__model_1

5jqh__assembly_2__model_1 | I(q)

5jqh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-state stabilizing nanobody, Nb60

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5jqh__assembly_2__model_1

5jqh__assembly_2__model_1 | I(q)

5jqh__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)