5k4l

Crystal structure of KDM5A in complex with a naphthyridone inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.0 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 5A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 12–797 链 B； UniProt 12–797	片段：UNP residues 12-797	NI NICKEL (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 4 6QN ~{N}-ethyl-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-1,7-naphthyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；292 K；20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, and 12% glycerol	分辨率 3.18 Å R-free 0.257
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 12–797 链 B； UniProt 12–797	片段：UNP residues 12-797	Unknown Peptide × 2 NI NICKEL (II) ION × 2 ZN ZINC ION × 4 6QN ~{N}-ethyl-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-1,7-naphthyridine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；292 K；20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, and 12% glycerol	分辨率 3.18 Å R-free 0.257

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5K4L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2JXJ NMR structure of the ARID domain from the histone H3K4 demethylase RBP2 提交 2007-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 85–175（91 aa）片段：ARID domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；293 K；离子强度（mmCIF原始值）~200 mM salt；压力 ambient NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2KGG Solution Structure of JARID1A C-terminal PHD finger 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1609–1659（51 aa）片段：PHD-TYPE C-terminal ZINC FINGER	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.2 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM Sodium Phosphate；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.2-0.5 MM [U-100% 13C; U-100% 15N] JARID1A PHD FINGER 3, 5MM DTT, 1 MM ZINC CHLORIDE, 20 MM SODIUM PHHOSPHATE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2-0.5 MM [U-100% 15N] JARID1A PHD FINGER 3, 10 MM MOPS, 5 MM DTT, 1 MM ZINC CHLORIDE, 12 MG/ML BACTERIOPHAGE PF1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KGI Solution structure of JARID1A C-terminal PHD finger in complex with H3(1-9)K4me3 提交 2009-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1609–1659（51 aa）片段：PHD-TYPE C-terminal ZINC FINGER	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；293.2 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM SODIUM PHOSPHATE；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298.2 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM NACL；压力 1 NMR样品组成 0.2-0.5 MM [U-100% 13C; U-100% 15N] JARID1A PHD FINGER 3, 0.2-0.5 MM H3(1-9)K4ME3, 5 MM DTT, 1 MM ZINC CHLORIDE, 20 MM SODIUM PHOSPHATE, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.2-0.5 MM [U-100% 15N] JARID1A PHD FINGER 3, 0.2-0.5 MM H3(1-9)K4ME3, 5 MM DTT, 1 MM ZINC CHLORIDE, 10 MM MOPS, 12 MG/ML BACTERIOPHAGE PF1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3GL6 Crystal structure of JARID1A-PHD3 complexed with H3(1-9)K4me3 peptide 提交 2009-03-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1609–1659（51 aa）片段：C-terminal PHD finger	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes-Na, 10% iso-propanol, 20% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.225
5C11 Crystal Structure of Jarid1a PHD finger bound to histone H3C4me3 peptide 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1609–1659（51 aa）片段：PHD finger domain, UNP residues 1609-1659	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.02 M sodium l-glutamate, 0.02 M dl-alanine, 0.02 M glycine, 0.02 M dl-lysine HCl, 0.02 M dl-serine, 0.1 M Tris, 0.1 M Bicine, PH8.5, 12.5% MPD, 12.5% PEG 1K, 12.5% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.279
5CEH Structure of histone lysine demethylase KDM5A in complex with selective inhibitor 提交 2015-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–797（786 aa）片段：UNP residues 12-797	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 50P 7-oxo-5-phenyl-6-(propan-2-yl)-4,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol	分辨率 3.14 Å R-free 0.238
5E6H A Linked Jumonji Domain of the KDM5A Lysine Demethylase 提交 2015-10-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；289 K；1.5 M Ammonium sulfate 100mM Tris-HCl, pH 8.5 12% glycerol	分辨率 2.24 Å R-free 0.220
5ISL Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor C49 (2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid) 提交 2016-03-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	MMK 2-{[(2-{[(E)-2-(dimethylamino)ethenyl](ethyl)amino}-2-oxoethyl)amino]methyl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.69 Å R-free 0.202
5IVB A High Resolution Structure of a Linked KDM5A Jmj Domain with Alpha-Ketoglutarate 提交 2016-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588,Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588,Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.39 Å R-free 0.214
5IVC Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N3 (4'-[(2-phenylethyl)carbamoyl][2,2'-bipyridine]-4-carboxylic acid) 提交 2016-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6E7 4'-[(2-phenylethyl)carbamoyl][2,2'-bipyridine]-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.57 Å R-free 0.184
5IVE Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N8 ( 5-methyl-7-oxo-6-(propan-2-yl)-4,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile) 提交 2016-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6E8 5-methyl-7-oxo-6-(propan-2-yl)-4,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.78 Å R-free 0.205
5IVF Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N10 8-(1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-2-(4,4,4-trifluorobutoxy)pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-ol 提交 2016-03-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6EB 8-(1-methyl-1H-imidazol-4-yl)-2-(4,4,4-trifluorobutoxy)pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-ol × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.68 Å R-free 0.202
5IVJ Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N11 [3-({1-[2-(4,4-difluoropiperidin-1-yl)ethyl]-5-fluoro-1H-indazol-3-yl}amino)pyridine-4-carboxylic acid] 提交 2016-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6ED 3-({1-[2-(4,4-difluoropiperidin-1-yl)ethyl]-5-fluoro-1H-indazol-3-yl}amino)pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.57 Å R-free 0.189
5IVV Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N12 [3-((1-methyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)amino)isonicotinic acid] 提交 2016-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6EN 3-[(1-methyl-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)amino]pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.85 Å R-free 0.204
5IVY Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N16 [3-(2-(4-chlorophenyl)acetamido)isonicotinic acid] 提交 2016-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6EO 3-{[(4-chlorophenyl)acetyl]amino}pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.45 Å R-free 0.209
5IW0 Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor N19 [2-(5-((4-chloro-2-methylbenzyl)oxy)-1H-pyrazol-1-yl)isonicotinic acid] 提交 2016-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	6EP 2-{5-[(4-chloro-2-methylphenyl)methoxy]-1H-pyrazol-1-yl}pyridine-4-carboxylic acid × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.63 Å R-free 0.192
5IWF Linked KDM5A Jmj Domain Bound to the Inhibitor 2-(((2-((2-(dimethylamino)ethyl)(ethyl)amino)-2-oxoethyl)amino)methyl)isonicotinamid 提交 2016-03-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588 链 A 348–588（241 aa）片段：Linked KDM5A Jmj Domain, UNP residues 1-87 and 348-588	未记录	LQT 2-[[[2-[2-(dimethylamino)ethyl-ethyl-amino]-2-oxidanylidene-ethyl]amino]methyl]pyridine-4-carboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 2.29 Å R-free 0.243
5V9P Crystal structure of pyrrolidine amide inhibitor [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone (compound 35) in complex with KDM5A 提交 2017-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 12–797（786 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 90S [(3S)-3-(4-bromo-1H-pyrazol-1-yl)pyrrolidin-1-yl][3-(propan-2-yl)-1H-pyrazol-5-yl]methanone × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；291 K；200 uM inhibitor, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
5V9T Crystal structure of selective pyrrolidine amide KDM5a inhibitor N-{(3R)-1-[3-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide (compound 48) 提交 2017-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–797（786 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 90V N-{(3R)-1-[3-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；291 K；200 uM inhibitor, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol	分辨率 3.05 Å R-free 0.290
5V9T Crystal structure of selective pyrrolidine amide KDM5a inhibitor N-{(3R)-1-[3-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide (compound 48) 提交 2017-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 12–797（786 aa）	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 ZN ZINC ION × 2 90V N-{(3R)-1-[3-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.3；291 K；200 uM inhibitor, 20% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.3, 12% glycerol	分辨率 3.05 Å R-free 0.290
6BGU LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)(propoxy)methyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine (Compound N9) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DKP 2-[(R)-(2-chlorophenyl)(propoxy)methyl]-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.68 Å R-free 0.208
6BGV LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1l2-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid (Compound N40) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DQG 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.59 Å R-free 0.184
6BGW LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)(2-(4,4-difluoropiperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid(Compound N41) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DKS 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[2-(4,4-difluoropiperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.64 Å R-free 0.213
6BGX LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)methyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid(Compound N42) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DKV 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[(4,4-difluorocyclohexyl)methoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.88 Å R-free 0.236
6BGY LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)(2-(1-methylpyrrolidin-2-yl)ethoxy)methyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid(Compound 46) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DLJ 2-[(S)-(2-chlorophenyl){2-[(2R)-1-methylpyrrolidin-2-yl]ethoxy}methyl]-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.22 Å R-free 0.193
6BGZ LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)(2-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)ethoxy)methyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid (Compound N47) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DNV 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[2-(1-methyl-1H-imidazol-2-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.69 Å R-free 0.197
6BH0 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR (R)-2-((2-chlorophenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1l2-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid (Compound N51) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DO1 2-{(R)-(2-chlorophenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.99 Å R-free 0.219
6BH1 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR (S)-2-((2-chlorophenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1l2-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid (Compound N52) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DQG 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.93 Å R-free 0.184
6BH2 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR (R)-N-(1-(3-isopropyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)pyrrolidin-3-yl)cyclopropanecarboxamide (Compound N54) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 90V N-{(3R)-1-[3-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-5-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.45 Å R-free 0.205
6BH3 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR (S)-N-(1-(3-isopropyl-1H-pyrazole-5-carbonyl)pyrrolidin-3-yl)cyclopropanecarboxamide (Compound N55) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DQJ N-{(3S)-1-[5-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-3-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
6BH4 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 5-(1-(tert-butyl)-1H-pyrazol-4-yl)-6-isopropyl-7-oxo-4,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile (Compound N75/CPI-48) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DQS 5-(1-tert-butyl-1H-pyrazol-4-yl)-7-oxo-6-(propan-2-yl)-4,7-dihydropyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carbonitrile × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 2.05 Å R-free 0.218
6BH5 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR 2-((2-chlorophenyl)(3-(piperidin-1-yl)propoxy)methyl)-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid (Compound N48) 提交 2017-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	DNY 2-{(S)-(2-chlorophenyl)[3-(piperidin-1-yl)propoxy]methyl}-1H-pyrrolo[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2), 0-20% glycerol, 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.65 Å R-free 0.216
6DQ4 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR GSK-J1 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	K0I 3-[[2-pyridin-2-yl-6-(1,2,4,5-tetrahydro-3-benzazepin-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino]propanoic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 SO4 SULFATE ION × 3 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.39 Å R-free 0.216
6DQ4 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR GSK-J1 提交 2018-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	K0I 3-[[2-pyridin-2-yl-6-(1,2,4,5-tetrahydro-3-benzazepin-3-yl)pyrimidin-4-yl]amino]propanoic acid × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 10 SO4 SULFATE ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.39 Å R-free 0.216
6DQ5 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N43 i.e. 3-((6-(4-acryloyl-1,4-diazepan-1-yl)-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl)amino)propanoic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6G N-[6-(4-acryloyl-1,4-diazepan-1-yl)-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl]-beta-alanine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.89 Å R-free 0.254
6DQ5 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N43 i.e. 3-((6-(4-acryloyl-1,4-diazepan-1-yl)-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl)amino)propanoic acid 提交 2018-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6G N-[6-(4-acryloyl-1,4-diazepan-1-yl)-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl]-beta-alanine × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.89 Å R-free 0.254
6DQ6 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N44 i.e. 3-((2-(pyridin-2-yl)-6-(4-(vinylsulfonyl)-1,4-diazepan-1-yl)pyrimidin-4-yl)amino)propanoic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6J N-{6-[4-(ethenylsulfonyl)-1,4-diazepan-1-yl]-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl}-beta-alanine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.59 Å R-free 0.202
6DQ6 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N44 i.e. 3-((2-(pyridin-2-yl)-6-(4-(vinylsulfonyl)-1,4-diazepan-1-yl)pyrimidin-4-yl)amino)propanoic acid 提交 2018-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6J N-{6-[4-(ethenylsulfonyl)-1,4-diazepan-1-yl]-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl}-beta-alanine × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.59 Å R-free 0.202
6DQ7 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE POTENTIAL HYDROLYSIS PRODUCT OF INHIBITOR N45 i.e. 3-((6-(4-(2-cyano-3-methylbut-2-enoyl)-1,4-diazepan-1-yl)-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl)amino)propanoic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6M N-{6-[4-(hydroxyacetyl)-1,4-diazepan-1-yl]-2-(pyridin-2-yl)pyrimidin-4-yl}-beta-alanine × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.85 Å R-free 0.209
6DQ8 LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N49 i.e. 2-((2-chlorophenyl)(2-(1-methylpyrrolidin-2-yl)ethoxy)methyl)thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6S 2-[(R)-(2-chlorophenyl){2-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]ethoxy}methyl]thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 H6T 2-[(S)-(2-chlorophenyl){2-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]ethoxy}methyl]thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.46 Å R-free 0.210
6DQ9 Linked KDM5A JMJ Domain Bound to the Covalent Inhibitor N69 i.e. [2-((3-acrylamidophenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid] 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H74 2-{(R)-[3-(acryloylamino)phenyl][2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.75 Å R-free 0.198
6DQA Linked KDM5A JMJ Domain Bound to Inhibitor N70 i.e.[2-((3-aminophenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid] 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6V 2-{(R)-(3-aminophenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.89 Å R-free 0.201
6DQB LINKED KDM5A JMJ DOMAIN FORMING COVALENT BOND TO INHIBITOR N71 i.e. 2-((3-(4-(dimethylamino)but-2-enamido)phenyl)(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H77 2-{(R)-(3-{[(2E)-4-(dimethylamino)but-2-enoyl]amino}phenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 HZV 2-{(R)-(3-{[4-(dimethylamino)butanoyl]amino}phenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 HZM 2-{(S)-(3-{[4-(dimethylamino)butanoyl]amino}phenyl)[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.79 Å R-free 0.201
6DQC LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N50 i.e. 2-(4-((2-(dimethylamino)ethyl)(ethyl)carbamoyl)-5-(4-methoxyphenyl)-1H-pyrazol-1-yl)isonicotinic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H5Y 2-[4-{[2-(dimethylamino)ethyl](ethyl)carbamoyl}-5-(4-methoxyphenyl)-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.75 Å R-free 0.215
6DQD LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N53 i.e. 2-(5-([1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(1-(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)ethyl)-1H-pyrazol-1-yl)isonicotinic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H67 2-[5-([1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-{(1S)-1-[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]ethyl}-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.99 Å R-free 0.217
6DQD LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N53 i.e. 2-(5-([1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-(1-(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)ethyl)-1H-pyrazol-1-yl)isonicotinic acid 提交 2018-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H67 2-[5-([1,1'-biphenyl]-3-yl)-4-{(1S)-1-[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]ethyl}-1H-pyrazol-1-yl]pyridine-4-carboxylic acid × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 4 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.99 Å R-free 0.217
6DQE LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N67 i.e. 2-(5-phenyl-4-(phenyl(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1H-pyrazol-1-yl)isonicotinic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6A 2-(5-phenyl-4-{(R)-phenyl[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrazol-1-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.69 Å R-free 0.187
6DQE LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N67 i.e. 2-(5-phenyl-4-(phenyl(2-(piperidin-1-yl)ethoxy)methyl)-1H-pyrazol-1-yl)isonicotinic acid 提交 2018-06-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H6A 2-(5-phenyl-4-{(R)-phenyl[2-(piperidin-1-yl)ethoxy]methyl}-1H-pyrazol-1-yl)pyridine-4-carboxylic acid × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.69 Å R-free 0.187
6DQF LINKED KDM5A JMJ DOMAIN BOUND TO THE INHIBITOR N68 i.e. 2-(1-(2-(piperidin-1-yl)ethyl)-1H-benzo[d]imidazol-2-yl)thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid 提交 2018-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–87（87 aa）链 A 348–588（241 aa）	未记录	H61 2-{1-[2-(piperidin-1-yl)ethyl]-1H-benzimidazol-2-yl}thieno[3,2-b]pyridine-7-carboxylic acid × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.2-1.35 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.6-9.2) 0-20% glycerol 25 mM (Na/K) dibasic/monobasic phosphate	分辨率 1.69 Å R-free 0.207
7KLO Solution structure of the PHD1 domain of histone demethylase KDM5A 提交 2020-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 287–344（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 900 uM U-13C, 99%; U-15N, 99 % PHD1, 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 550 uM U-13C, 99%; U-15N, 99 % PHD1, 50 mM HEPES, 150 mM NaCl, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7KLR Solution structure of the PHD1 domain of histone demethylase KDM5A in complex with a histone H3(1-10) peptide 提交 2020-10-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 287–344（58 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 900 uM [U-13C; U-15N] Histone lysine demethylase 5A, KDM5A, 4000 uM Histone H3.1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 550 uM [U-13C; U-15N] Histone lysine demethylase 5A, KDM5A, 800 uM Histone H3.1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1250 uM [U-13C; U-15N] Histone lysine demethylase 5A, KDM5A, 400 uM Histone H3.1, 50 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 0.1 mM ZnCl2, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 45 个其他 PDB 条目、51 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDM5A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–787； UniProt 12–797 作者链 B； PDB构建体 2–787； UniProt 12–797

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k4l
沉积日期 deposition_date	2016-05-20
结构标题 title	Crystal structure of KDM5A in complex with a naphthyridone inhibitor
关键词 keywords	epigenetics, demethylase, jumonji, inhibitor, cancer, Oxidoreductase-Inhibitor complex; Oxidoreductase/Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.07 Å
零角强度 I(0) i0	272457000.00
分子量 molecular_weight	132860.0 kDa
排除体积 excluded_volume	166150 Å³
包络体积 envelope_volume	220590 Å³
水化壳体积 shell_volume	53632 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.5 Å
壳层 Rg shell_rg	41.68 Å
包络 Rg envelope_rg	32.15 Å
形状 Rg shape_rg	33.06 Å
总 Rg total_rg	33.80 Å
总原子数 total_atoms	18172
残基数 n_residues	1174
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.0 Å
Rg (实空间) rg_real	33.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7250e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2520e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	272500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9053
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.019
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.581
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	35660000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.957

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 5A
分子量 formula_weight	90703.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	18192

SEFVPPPECPVFEPSWEEFTDPLSFIGRIRPLAEKTGICKIRPPKDWQPPFACEVKSFRFTPRVQRLNELEAMTRVRLDFLDQLAKFWELQGSTLKIPVVERKILDLYALSKIVASKGGFEMVTKEKKWSKVGSRLGYLPGKGTGSLLKSHYERILYPYELFQSGVSLMGVQMPNLDLKEKVEPEVLSTDTQTSPEPGTRMNILPKRTRRVKTQSESGDVSRNTELKKLQIFGAGPKVVGLAMGTKDKEDEVTRRRKVTNRSDAFNMQMRQRKGTLSVNFVDLYVCMFCGRGNNEDKLLLCDGCDDSYHTFCLIPPLPDVPKGDWRCPKCVAEECSKPREAFGFEQAVREYTLQSFGEMADNFKSDYFNMPVHMVPTELVEKEFWRLVSSIEEDVIVEYGADISSKDFGSGFPVKDGRRKILPEEEEYALSGWNLNNMPVLEQSVLAHINVDISGMKVPWLYVGMCFSSFCWHIEDHWSYSINYLHWGEPKTWYGVPSHAAEQLEEVMRELAPELFESQPDLLHQLVTIMNPNVLMEHGVPVYRTNQCAGEFVVTFPRAYHSGFNQGYNFAEAVNFCTADWLPIGRQCVNHYRRLRRHCVFSHEELIFKMAADPECLDVGLAAMVCKELTLMTEEETRLRESVVQMGVLMSEEEVFELVPDDERQCSACRTTCFLSALTCSCNPERLVCLYHPTDLCPCPMQKKCLRYRYPLEDLPSLLYGVKVRAQSYDTWVSRVTEALSANFNHKKDLIELRVMLEDAEDRKYPENDLFRKLRDAVKEAETCASVGNS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Unknown Peptide
分子量 formula_weight	869.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G

XXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	~{N}-ethyl-4-oxidanyl-2-oxidanylidene-1~{H}-1,7-naphthyridine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	233.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5k4lA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	5k4lA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — ARID DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	5k4lB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	5k4lB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — ARID DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	159.141 Å
晶胞边长 b length_b	159.141 Å
晶胞边长 c length_c	92.109 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31
空间群编号 int_tables_number	144
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.179 Å
最低分辨率 resolution_low	34.503 Å
R 因子 r_factor	0.2237
R_work r_work	0.2217
R_free r_free	0.2570

fit	/app/data/saxs_computation/k4/5k4l/5k4l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k4/5k4l/5k4l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k4/5k4l/5k4l.dat

Crystal structure of KDM5A in complex with a naphthyridone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 5A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)