5k6r

Crystal structure of Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase in complex with a sulfonylamino-carbonyl-triazolinone herbicide, thiencarbazone-methyl

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetolactate synthase, chloroplastic

Arabidopsis thaliana

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	MAGNESIUM ION × 4 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 methyl 4-[(3-methoxy-4-methyl-5-oxidanylidene-1,2,4-triazol-1-yl)carbonylsulfamoyl]-5-methyl-thiophene-3-carboxylate × 4 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 4 POTASSIUM ION × 4 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 4 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	MAGNESIUM ION × 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 methyl 4-[(3-methoxy-4-methyl-5-oxidanylidene-1,2,4-triazol-1-yl)carbonylsulfamoyl]-5-methyl-thiophene-3-carboxylate × 2 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID × 2 POTASSIUM ION × 2 2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ILVB_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–582； UniProt 86–667

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5k6r
沉积日期 deposition_date	2016-05-25
结构标题 title	Crystal structure of Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase in complex with a sulfonylamino-carbonyl-triazolinone herbicide, thiencarbazone-methyl
关键词 keywords	;AHAS, acetohydroxyacid synthase, acetolactate synthase, herbicide, thiencarbazone methyl, thiamin diphosphate, FAD, sulfonylamino-carbonyl-triazolinone, transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5k6r__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5k6r__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5k6r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.86 Å
Rg（电子密度）	31.29 Å
总 Rg	31.79 Å
原子数	9143
残基数	1162
排除体积	162580 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5k6r__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5k6r__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acetolactate synthase, chloroplastic
分子量 formula_weight	64591.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4978

TFISRFAPDQPRKGADILVEALERQGVETVFAYPGGASMEIHQALTRSSSIRNVLPRHEQGGVFAAEGYARSSGKPGICIATSGPGATNLVSGLADALLDSVPLVAITGQVPRRMIGTDAFQETPIVEVTRSITKHNYLVMDVEDIPRIIEEAFFLATSGRPGPVLVDVPKDIQQQLAIPNWEQAMRLPGYMSRMPKPPEDSHLEQIVRLISESKKPVLYVGGGCLNSSDELGRFVELTGIPVASTLMGLGSYPCDDELSLHMLGMHGTVYANYAVEHSDLLLAFGVRFDDRVTGKLEAFASRAKIVHIDIDSAEIGKNKTPHVSVCGDVKLALQGMNKVLENRAEELKLDFGVWRNELNVQKQKFPLSFKTFGEAIPPQYAIKVLDELTDGKAIISTGVGQHQMWAAQFYNYKKPRQWLSSGGLGAMGFGLPAAIGASVANPDAIVVDIDGDGSFIMNVQELATIRVENLPVKVLLLNNQHLGMVMQWEDRFYKANRAHTFLGDPAQEDEIFPNMLLFAAACGIPAARVTKKADLREAIQTMLDTPGPYLLDVICPHQEHVLPMIPSGGTFNDVITEGDGRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Arabidopsis thaliana
通用名 common_name	Mouse-ear cress
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	methyl 4-[(3-methoxy-4-methyl-5-oxidanylidene-1,2,4-triazol-1-yl)carbonylsulfamoyl]-5-methyl-thiophene-3-carboxylate
分子量 formula_weight	390.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID
分子量 formula_weight	207.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-{3-[(4-AMINO-2-METHYLPYRIMIDIN-5-YL)METHYL]-4-METHYL-2-OXO-2,3-DIHYDRO-1,3-THIAZOL-5-YL}ETHYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	440.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	389

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5k6ra1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.5 — Pyruvate oxidase and decarboxylase Pyr module

结构域编号 domain_id	d5k6ra2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.31 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	c.31.1 — DHS-like NAD/FAD-binding domain
家族 Family family	c.31.1.3 — Pyruvate oxidase and decarboxylase, middle domain

结构域编号 domain_id	d5k6ra3
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.36 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
超家族 Superfamily superfamily	c.36.1 — Thiamin diphosphate-binding fold (THDP-binding)
家族 Family family	c.36.1.9 — Pyruvate oxidase and decarboxylase PP module

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5k6rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	5k6rA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	5k6rA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

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晶胞边长 a length_a	180.364 Å
晶胞边长 b length_b	180.364 Å
晶胞边长 c length_c	186.467 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.734 Å
最低分辨率 resolution_low	44.670 Å
R 因子 r_factor	0.1460
R_work r_work	0.1446
R_free r_free	0.1781

Crystal structure of Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase in complex with a sulfonylamino-carbonyl-triazolinone herbicide, thiencarbazone-methyl

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetolactate synthase, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k6r__assembly_2__model_1

5k6r__assembly_2__model_1 | I(q)

5k6r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Arabidopsis thaliana acetohydroxyacid synthase in complex with a sulfonylamino-carbonyl-triazolinone herbicide, thiencarbazone-methyl

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetolactate synthase, chloroplastic

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5k6r__assembly_2__model_1

5k6r__assembly_2__model_1 | I(q)

5k6r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)