5ka5

HIV-1 gp41 variant V549E resistance mutation

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 66.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transmembrane glycoprotein gp41

Human immunodeficiency virus type 1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 543–582 链 A； UniProt 625–661	片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 突变：V549E	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；291 K；3M Sodium chloride, 0.1M Sodium Acetate Sample concentration: 6 mg/ml	分辨率 1.80 Å R-free 0.223

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KA5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AIK HIV GP41 CORE STRUCTURE 提交 1997-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 623–656（34 aa）片段：PROTEASE-RESISTANT CORE 链 N 544–579（36 aa）片段：PROTEASE-RESISTANT CORE	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；A 10 MG/ML STOCK WAS DILUTED 1:1 IN A SITTING DROP WITH 80 MM NH4CL, 20% PEG200, AND 50% ISOPROPANOL, AND THEN ALLOWED TO EQUILIBRATE AGAINST 80 MM NH4CL, 20% PEG200, AND 30% ISOPROPANOL., pH 6.0, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.266
1DF4 INTERACTIONS BETWEEN HIV-1 GP41 CORE AND DETERGENTS AND THEIR IMPLICATIONS FOR MEMBRANE FUSION 提交 1999-11-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY) 链 A 628–655（28 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；SODIUM CITRATE, AMMONIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, BETA-OG, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.45 Å R-free 0.245
1DF5 INTERACTIONS BETWEEN HIV-1 GP41 CORE AND DETERGENTS AND THEIR IMPLICATIONS FOR MEMBRANE FUSION 提交 1999-11-17	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG-GLY-GLY) 链 A 628–655（28 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG-GLY-GLY)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Potassium sodium tartrate, SDS, sodium hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.70 Å R-free 0.315
1DLB HELICAL INTERACTIONS IN THE HIV-1 GP41 CORE REVEALS STRUCTURAL BASIS FOR THE INHIBITORY ACTIVITY OF GP41 PEPTIDES 提交 1999-12-09	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY) 链 A 628–655（28 aa）片段：RESIDUES 1 - 34 AND 41 - 68 CONNECTED BY A SIX-RESIDUE LINKER (SER-GLY-GLY-ARG- GLY-GLY)	突变：Q65L 突变：Q65L	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；PEG 4000, AMMONIUM SULPHATE, SODIUM ACETATE, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.243
1G9M HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2000-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 83–127（45 aa）片段：CORE 链 G 195–297（103 aa）片段：CORE 链 G 330–492（163 aa）片段：CORE	突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED 突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED 突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.330
1GC1 HIV-1 GP120 CORE COMPLEXED WITH CD4 AND A NEUTRALIZING HUMAN ANTIBODY 提交 1998-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 83–127（45 aa）片段：CORE 链 G 195–297（103 aa）片段：CORE 链 G 330–492（163 aa）片段：CORE	突变：(GARS) SUBSTITUTION AT THE N TERMINUS, GLY ALA GLY SUBSTITUTIONS FOR THE V1/V2 AND V3 LOOPS 突变：(GARS) SUBSTITUTION AT THE N TERMINUS, GLY ALA GLY SUBSTITUTIONS FOR THE V1/V2 AND V3 LOOPS 突变：(GARS) SUBSTITUTION AT THE N TERMINUS, GLY ALA GLY SUBSTITUTIONS FOR THE V1/V2 AND V3 LOOPS	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；VAPOUR DIFFUSION CRYSTALLIZATION: 0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, vapor diffusion	分辨率 2.50 Å R-free 0.302
1GZL Crystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket 提交 2002-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 565–581（17 aa）片段：GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 链 C 628–639（12 aa）片段：RESIDUES 628-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.6；16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
1GZL Crystal structure of C14linkmid/IQN17: a cross-linked inhibitor of HIV-1 entry bound to the gp41 hydrophobic pocket 提交 2002-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 565–581（17 aa）片段：GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276 链 D 628–639（12 aa）片段：RESIDUES 628-639	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：YES	CL CHLORIDE ION × 3 N2P PENTANE-1,5-DIAMINE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.6；16% ISOPROPANOL, 0.1 M TRIS, PH 8.6, 1 M (NH4)2SO4	分辨率 1.80 Å R-free 0.243
1K33 Crystal structure analysis of the gp41 core mutant 提交 2001-10-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：gp41 ectodomain core 链 A 628–655（28 aa）片段：gp41 ectodomain core	突变：I48A 突变：I48A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
1K34 Crystal structure analysis of gp41 core mutant 提交 2001-10-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 546–579（34 aa）片段：gp41 ectodomain core 链 A 628–655（28 aa）片段：gp41 ectodomain core	突变：I55A 突变：I55A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.88 Å R-free 0.216
1MZI Solution ensemble structures of HIV-1 gp41 2F5 mAb epitope 提交 2002-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 659–671（13 aa）片段：13 residues 2F5 epitope	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer；压力 ambient NMR样品组成 1.5mM peptide, 50mM phosphate buffer, pH 6.5 \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.5mM peptide, 50mM phosphate buffer, pH 6.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1RZJ HIV-1 HXBC2 GP120 ENVELOPE GLYCOPROTEIN COMPLEXED WITH CD4 AND INDUCED NEUTRALIZING ANTIBODY 17B 提交 2003-12-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 195–492（298 aa）片段：CORE	突变：VARIABLE LOOPS SUBSTITUTED	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.5 UL OF PROTEIN (~10MG/ML IN 350 MM NACL, 5 MM TRISCL PH 7.0) + 0.4 UL OF 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, 0.0075% SEAPREP AGAROSE, PH 6.4 OVER A RESERVOIR OF 0.35 M NACL, 0.1 M NACITRATE, 0.02 M NAHEPES, 10% ISOPROPANOL, 10.5% MONOMETHYL-PEG 5000, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.323
2CMR Crystal structure of the HIV-1 neutralizing antibody D5 Fab bound to the gp41 inner-core mimetic 5-helix 提交 2006-05-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：5-HELIX, RESIDUES 543-582 AND 625-662 链 A 625–662（38 aa）片段：5-HELIX, RESIDUES 543-582 AND 625-662	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；18% (W/V) PEG 4000, 0.2 M TRI-SODIUM CITRATE DIHYDRATE, 0.1 M TRIS-HCL / PH = 8.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.258
2ME1 HIV-1 gp41 clade B double alanine mutant Membrane Proximal External Region peptide in DPC micelle 提交 2013-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 657–683（27 aa）片段：membrane proximal external region (UNP residues 657-683)	突变：N671A/N674A	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MPER-HXB2-AA, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 20 mg/mL DNA nanotube, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2MG1 NMR assignment and structure of a peptide derived from the trans-membrane region of HIV-1 gp41 in the presence of hexafluoroisopropanol 提交 2013-10-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 683–704（22 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）2；压力 ambient NMR样品组成 0.5 mM TMDp, 67.5 % H2O, 7.5 % [U-100% 2H] D2O, 25 % hexafluoroisopropanol, 2 mM HEPES, 0.1 mM DSS, hexafluoroisopropanol/water \| hexafluoroisopropanol/water	分辨率未提供
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 13	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2NY7 HIV-1 gp120 Envelope Glycoprotein Complexed with the Broadly Neutralizing CD4-Binding-Site Antibody b12 提交 2006-11-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 176–492（317 aa）片段：CORE	突变：M95W, W96C, I109C, T257S, V275C, S334A, S375W, Q428C, A433M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 26	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å R-free 0.255
2PV6 HIV-1 gp41 Membrane Proximal Ectodomain Region peptide in DPC micelle 提交 2007-05-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 662–683（22 aa）片段：residues 662-683	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.6；308 K；离子强度（mmCIF原始值）no salt；压力 ambient NMR样品组成 1mM U-15N,13C MPER + 100mM d38 DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM U-15N MPER + 100mM d38 DPC, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM unlabeled MPER + 100mM d38 DPC, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2X7R Crystal structure of a late fusion intermediate of HIV-1 gp41 提交 2010-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 629–683（55 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 629-683 链 N 528–581（54 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 534-581	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1M CITRIC ACID PH 6, 60% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2X7R Crystal structure of a late fusion intermediate of HIV-1 gp41 提交 2010-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 528–581（54 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 534-581 链 E 629–683（55 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 629-683	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1M CITRIC ACID PH 6, 60% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2X7R Crystal structure of a late fusion intermediate of HIV-1 gp41 提交 2010-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 528–581（54 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 534-581 链 B 629–683（55 aa）片段：EXTRA CELLULAR DOMAIN, RESIDUES 629-683	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；0.1M CITRIC ACID PH 6, 60% MPD	分辨率 2.00 Å R-free 0.214
2XRA crystal structure of the HK20 Fab in complex with a gp41 mimetic 5- Helix 提交 2010-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：5-HELIX INNER-CORE MIMETIC COMPRISED OF REPEATS OF RESIDUES 543-582 AND 625-662 链 A 625–662（38 aa）片段：5-HELIX INNER-CORE MIMETIC COMPRISED OF REPEATS OF RESIDUES 543-582 AND 625-662	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 25% PEG 3350 (W/V)	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
2ZZO Crystal structure of the complex between GP41 fragment N36 and fusion inhibitor C34/S138A 提交 2009-02-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 628–661（34 aa）片段：FUSION INHIBITOR PEPTIDE C34, UNP residues 628-661 链 N 546–581（36 aa）片段：GP41 FRAGMENT N36, UNP residues 546-581	突变：S138A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4；293 K；100MM SODIUM ACETATE BUFFER, PH4.0, 400MM MAGNESIUM CHLORIDE, 12% ETHANOL, pH 4.00, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.283
3DNL Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the b12-bound state 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 B 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 B 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 C 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 D 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 E 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 E 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 F 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 G 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 H 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 H 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 I 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.2；0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Ethane 77K 100%RH Vitrobot	分辨率 20.00 Å
3DNN Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the unliganded state 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 B 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 B 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 C 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 D 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 E 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 E 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 F 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 G 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 H 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 H 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 I 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.2；0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Ethane 77K 100%RH Vitrobot	分辨率 20.00 Å
3DNO Molecular structure for the HIV-1 gp120 trimer in the CD4-bound state 提交 2008-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 B 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 B 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 C 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 D 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 E 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 E 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 F 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492 链 G 90–124（35 aa）片段：Core: Residues 90-124 链 H 198–297（100 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 H 330–396（67 aa）片段：Core: Residues 198-396 链 I 410–492（83 aa）片段：Core: Residues 410-492	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA；pH 7.2；0.01 M Tris-HCl, 0.1 M NaCl, 1 mM EDTA cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Ethane 77K 100%RH Vitrobot	分辨率 20.00 Å
3J70 Model of gp120, including variable regions, in complex with CD4 and 17b 提交 2014-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 D 31–500（470 aa）片段：UNP residues 31-500 链 P 31–500（470 aa）片段：UNP residues 31-500 链 U 31–500（470 aa）片段：UNP residues 31-500	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 20.00 Å
3TYG Crystal structure of broad and potent HIV-1 neutralizing antibody PGT128 in complex with a glycosylated engineered gp120 outer domain with miniV3 (eODmV3) 提交 2011-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 412–419（8 aa）链 A 445–477（33 aa）链 A 254–297（44 aa）链 A 330–401（72 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；24% PEG 3350, 0.29M CaCl2, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 3.25 Å R-free 0.257
5C0R Crystal Structure of a Generation 3 Influenza Hemagglutinin Stabilized Stem Complexed with the Broadly Neutralizing Antibody C179 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 628–654（27 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485 链 A 546–577（32 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；15% (w/v) PEG 1500, 5% (v/v) MPD, 200 mM ammonium chloride, 100 mM Tris, pH 8.5	分辨率 3.19 Å R-free 0.251
5C0S Crystal structure of a generation 4 influenza hemagglutinin stabilized stem in complex with the broadly neutralizing antibody CR6261 提交 2015-06-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 628–654（27 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485 链 A 546–577（32 aa）片段：UNP Q6WG00 residues 18-49, 328-402, 436-517, UNP P04578 residues 546-577, 628-654 and UNP D9IEJ2 residues 458-485	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；7% (w/v) PEG 4000, 4.5% (v/v) isopropanol, 100 mM imidazole, pH 6.5	分辨率 4.30 Å R-free 0.310
5HM1 Llama VHH 2E7 in complex with gp41 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 582–596（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
5HM1 Llama VHH 2E7 in complex with gp41 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 582–596（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
5HM1 Llama VHH 2E7 in complex with gp41 提交 2016-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 582–596（15 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Hepes pH 7.0 30% PEG 6000	分辨率 2.96 Å R-free 0.249
5KA6 HIV-1 gp41 variant Q552R and L555M resistance mutations 提交 2016-06-01	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 A 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 B 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 B 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 C 543–582（40 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG 链 C 625–661（37 aa）片段：UNP residues 543-582 and 625-661 linked via GGRGG	突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M 突变：Q552R, L555M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.3M Calcium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate Sample concentration: 6.35 mg/ml	分辨率 1.85 Å R-free 0.278
6DLN Oligomeric Structure of the HIV gp41 MPER-TMD in Phospholipid Bilayers 提交 2018-06-01	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 665–703（39 aa）片段：residues 665-703 链 B 665–703（39 aa）片段：residues 665-703 链 C 665–703（39 aa）片段：residues 665-703	未记录	未记录非水小分子	SOLID-STATE NMR NMR测量条件 pH 7.5；263 K；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；233 K；压力 1 NMR样品组成 33 % w/w 4-19F-F699 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5 \| 10 mM HEPES buffer pH 7.5 NMR样品组成 33 % w/w [U-13C; U-15N]-L684,I686, G694, 19F-5F-W678, 19F-4F-F699 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5 \| 10 mM HEPES buffer pH 7.5 NMR样品组成 33 % w/w [U-13C; U-15N]-L669,I686, A700, 13C'-G694, 19F-5F-W680 HIV gp41 MPER-TMD, reconstituted into the virus mimetic membrane (POPC:POPE:POPS:sphingomyelin: cholesterol = 30:15:15:10:30), 10 mM HEPES buffer pH 7.5 \| 10 mM HEPES buffer pH 7.5	分辨率未提供
6PSA PIE12 D-PEPTIDE AGAINST HIV ENTRY (IN COMPLEX WITH IQN17 Q577R RESISTANCE MUTANT) 提交 2019-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 565–581（17 aa）片段：GP41 HYDROPHOBIC POCKET, RESIDUES 565-581, GCN4, RESIDUES 249-276	突变：Q577R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；294 K；HAMPTON RESEARCH SALT RX SCREEN, CONDITION B4 - 1.8M AMMONIUM CITRATE DIBASIC, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE, PH 4.6	分辨率 1.30 Å R-free 0.217
8TQ7 Crystal structure of Fab.34.2.12 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 E 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320) 链 P 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；12% PEG8000, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
8TQ8 Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	GOL GLYCEROL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；18% PEG4000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.12 M calcium acetate	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
8TQ8 Crystal structure of Fab.34.5.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；18% PEG4000, 0.1 M MES, pH 6.0, 0.12 M calcium acetate	分辨率 2.69 Å R-free 0.242
8TQ9 Crystal structure of Fab.S19.8 in complex with MHC-I (H2-Dd) 提交 2023-08-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 P 311–320（10 aa）片段：HV1: HIV-1 P18-I10 (UNP residues 311-320)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, 1.0 M lithium sulfate	分辨率 2.90 Å R-free 0.240
8W2Y Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 1.63 Å R-free 0.291
8W32 Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 1.72 Å R-free 0.290
8W37 Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 2.07 Å R-free 0.268
9ARN Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）片段：residues 542-591 (Uniprot numbering), plus N-terminal extension	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；293 K；0.1M lithium sulfate, 0.1M sodium citrate trihydrate at pH 6.4 and 25% PEG-1500	分辨率 1.41 Å R-free 0.291
9ARP Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 542–591（50 aa）片段：residues 542-591 (Uniprot numbering), with N-terminal extension	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, 25% w/v PEG 4000 at pH 4.6	分辨率 2.04 Å R-free 0.369
9ARP Structure and interactions of HIV-1 gp41 CHR-NHR reverse hairpin constructs reveal molecular determinants of antiviral activity 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 542–591（50 aa）片段：residues 542-591 (Uniprot numbering), with N-terminal extension	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；200mM ammonium sulfate, 100mM sodium acetate, 25% w/v PEG 4000 at pH 4.6	分辨率 2.04 Å R-free 0.369

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1H2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–41； UniProt 543–582 作者链 A； PDB构建体 47–83； UniProt 625–661

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5ka5
沉积日期 deposition_date	2016-06-01
结构标题 title	HIV-1 gp41 variant V549E resistance mutation
关键词 keywords	Hiv-1, membrane fusion, 5-helix, C-peptide, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.88 Å
零角强度 I(0) i0	1902230.00
分子量 molecular_weight	9188.0 kDa
排除体积 excluded_volume	11322 Å³
包络体积 envelope_volume	14461 Å³
水化壳体积 shell_volume	8229 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.3 Å
壳层 Rg shell_rg	20.48 Å
包络 Rg envelope_rg	18.52 Å
形状 Rg shape_rg	17.83 Å
总 Rg total_rg	18.53 Å
总原子数 total_atoms	647
残基数 n_residues	79
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	66.1 Å
Rg (实空间) rg_real	18.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9020e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6970e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1902000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7515
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.640
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.257
角度范围 angular_range	— – 0.4450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	176300.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.525; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.194; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5ka5A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	210 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.716 Å
晶胞边长 b length_b	40.716 Å
晶胞边长 c length_c	115.521 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	17.998 Å
R 因子 r_factor	0.1939
R_work r_work	0.1871
R_free r_free	0.2225

描述 description	Transmembrane glycoprotein gp41
分子量 formula_weight	10615.8 kDa
突变 mutation	V549E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	679

HIV-1 gp41 variant V549E resistance mutation

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transmembrane glycoprotein gp41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	32

fit	/app/data/saxs_computation/ka/5ka5/5ka5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ka/5ka5/5ka5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ka/5ka5/5ka5.dat