SAXSdb — 5khh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 443–643	片段：UNP residues 443-643 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	6SW Inosine-3',5'-cyclic monophosphate × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaCl, 0.1 mM sodium citrate pH 5.5, 14.5% PEG 400	分辨率 1.77 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KHH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Q3E HCN2J 443-645 in the presence of cGMP 提交 2003-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–645（203 aa）片段：Residues 443-645 (Reference sequence numbering)	未记录	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1Q3E HCN2J 443-645 in the presence of cGMP 提交 2003-07-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 443–645（203 aa）片段：Residues 443-645 (Reference sequence numbering)	未记录	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1Q3E HCN2J 443-645 in the presence of cGMP 提交 2003-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 443–645（203 aa）片段：Residues 443-645 (Reference sequence numbering) 链 B 443–645（203 aa）片段：Residues 443-645 (Reference sequence numbering)	未记录	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1Q43 HCN2I 443-640 in the presence of cAMP, selenomethionine derivative 提交 2003-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–645（203 aa）片段：residues 443-645	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, cAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1Q43 HCN2I 443-640 in the presence of cAMP, selenomethionine derivative 提交 2003-08-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 443–645（203 aa）片段：residues 443-645	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, cAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1Q43 HCN2I 443-640 in the presence of cAMP, selenomethionine derivative 提交 2003-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 443–645（203 aa）片段：residues 443-645 链 B 443–645（203 aa）片段：residues 443-645	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, cAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1Q43 HCN2I 443-640 in the presence of cAMP, selenomethionine derivative 提交 2003-08-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 443–645（203 aa）片段：residues 443-645	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, cAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
1Q5O HCN2J 443-645 in the presence of cAMP, selenomethionine derivative 提交 2003-08-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–645（203 aa）片段：Residues 443-645	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；PEG 400, sodium citrate, sodium chloride, DTT, HEPES, cAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.261
2Q0A Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels 提交 2007-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–640（198 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (residues 443-640)	突变：I636D	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；10 % w/v PEG 8000, 0.5 M NaCl, 15 % Glycerol, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
2Q0A Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels 提交 2007-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 443–640（198 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (residues 443-640)	突变：I636D	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；10 % w/v PEG 8000, 0.5 M NaCl, 15 % Glycerol, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
2Q0A Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels 提交 2007-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 443–640（198 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (residues 443-640) 链 B 443–640（198 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (residues 443-640)	突变：I636D 突变：I636D	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；10 % w/v PEG 8000, 0.5 M NaCl, 15 % Glycerol, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
2Q0A Structure and rearrangements in the carboxy-terminal region of SpIH channels 提交 2007-05-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 443–640（198 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN (residues 443-640)	突变：I636D	PCG CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；10 % w/v PEG 8000, 0.5 M NaCl, 15 % Glycerol, 0.1 M MES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.261
3BPZ HCN2-I 443-460 E502K in the presence of cAMP 提交 2007-12-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–640（198 aa）片段：ligand biding domain (residues 443-640) 链 B 443–640（198 aa）片段：ligand biding domain (residues 443-640) 链 C 443–640（198 aa）片段：ligand biding domain (residues 443-640) 链 D 443–640（198 aa）片段：ligand biding domain (residues 443-640)	突变：E502K 突变：E502K 突变：E502K 突变：E502K	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 4.6；279 K；PEG 400, SODIUM CITRATE, SODIUM CHLORIDE, DTT, HEPES, 5 mM CAMP, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 279K	分辨率 1.65 Å R-free 0.216
3ETQ X-ray structure of cysteine-free fragment of mHCN2 C-terminal region from amino acids 443-630 including C508N, C584S, and C601S mutations 提交 2008-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 443–640（198 aa）片段：C-terminal fragment 链 B 443–640（198 aa）片段：C-terminal fragment	突变：C508N, C584S, C601S 突变：C508N, C584S, C601S	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；16% w/v PEG 6000, 500 mM NaCl, 10% glycerol, 100 mM citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.216
3FFQ HCN2I 443-640 apo-state 提交 2008-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–640（198 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 20	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Two uL protein (5-7 mg/mL) mixed with one uL reservoir solution composed of 0.4 M NaCl, 0.1 NaBr, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% glycerol (v/v), and 20% PEG 8000 (w/v). Crystals grew within eight weeks and harvested an additional eight weeks after initial growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.283
3FFQ HCN2I 443-640 apo-state 提交 2008-12-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 443–640（198 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Two uL protein (5-7 mg/mL) mixed with one uL reservoir solution composed of 0.4 M NaCl, 0.1 NaBr, 0.1 M MES, pH 6.0, 20% glycerol (v/v), and 20% PEG 8000 (w/v). Crystals grew within eight weeks and harvested an additional eight weeks after initial growth, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.40 Å R-free 0.283
4EQF Trip8b-1a#206-567 interacting with the carboxy-terminal seven residues of HCN2 提交 2012-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 857–863（7 aa）片段：UNP residues 857-863	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；298 K；91mM MES, 91mM triSodium citrate, 3.63M NaCL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.281
5JON Crystal structure of the unliganded form of HCN2 CNBD 提交 2016-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 494–640（147 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；34-36% dimethyl PEG 500, 240 mM potassium nitrate, 20 mM magnesium chloride, 100 mM BIS-TRIS, pH 6.0	分辨率 2.04 Å R-free 0.221
5JON Crystal structure of the unliganded form of HCN2 CNBD 提交 2016-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 494–640（147 aa）	未记录	NO3 NITRATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；34-36% dimethyl PEG 500, 240 mM potassium nitrate, 20 mM magnesium chloride, 100 mM BIS-TRIS, pH 6.0	分辨率 2.04 Å R-free 0.221
5KHG HCN2 CNBD in complex with cytidine-3', 5'-cyclic monophosphate (cCMP) 提交 2016-06-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–643（201 aa）片段：UNP residues 443-643	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CC7 4-amino-1-[(2S,4aR,6R,7R,7aS)-2,7-dihydroxy-2-oxidotetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3,2]dioxaphosphinin-6-yl]pyrimidin-2(1H)-one × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；200 mM NaCl, 0.1 mM sodium citrate pH 5.0, 16% PEG 400	分辨率 2.24 Å R-free 0.264
5KHI HCN2 CNBD in complex with purine riboside-3', 5'-cyclic monophosphate (cPuMP) 提交 2016-06-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–643（201 aa）片段：UNP residues 443-643	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	6SX Purine riboside-3',5'-cyclic monophosphate × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；200 mM NaCl, 0.1 mM sodium citrate pH 5.5, 18% PEG 400	分辨率 2.10 Å R-free 0.249
5KHJ HCN2 CNBD in complex with uridine-3', 5'-cyclic monophosphate (cUMP) 提交 2016-06-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–643（201 aa）片段：UNP residues 443-643 链 B 443–643（201 aa）片段：UNP residues 443-643	未记录	6SY Uridine-3',5'-cyclic monophosphate × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；200 mM NaCl, 0.1 mM sodium citrate pH 4.6, 13% PEG 400	分辨率 2.01 Å R-free 0.252
5KHK HCN2 CNBD in complex with 2-aminopurine riboside-3', 5'-cyclic monophosphate (2-NH2-cPuMP) 提交 2016-06-14	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 443–643（201 aa）片段：UNP residues 443-643	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	6SZ 2-Aminopurine riboside-3',5'-cyclic monophosphate × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；200 mM NaCl, 0.1 mM sodium citrate pH 4.6, 12% PEG 400	分辨率 2.07 Å R-free 0.261
9R1T Structure of the human chimera HCN112 hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated ion channel in complex with cAMP. 提交 2025-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 444–647（204 aa）链 B 444–647（204 aa）链 C 444–647（204 aa）链 D 444–647（204 aa）	未记录	CMP ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å

共 14 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HCN2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–204； UniProt 443–643

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5khh
沉积日期 deposition_date	2016-06-14
结构标题 title	HCN2 CNBD in complex with inosine-3', 5'-cyclic monophosphate (cIMP)
关键词 keywords	protein-ligand complex, cycilc nucleotide binding domain, ion transport, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.33 Å
零角强度 I(0) i0	9702990.00
分子量 molecular_weight	22663.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28149 Å³
包络体积 envelope_volume	34440 Å³
水化壳体积 shell_volume	16189 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.5 Å
壳层 Rg shell_rg	23.81 Å
包络 Rg envelope_rg	18.44 Å
形状 Rg shape_rg	18.34 Å
总 Rg total_rg	19.16 Å
总原子数 total_atoms	1593
残基数 n_residues	194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.7 Å
Rg (实空间) rg_real	19.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.7030e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.7430e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9703000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9151
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.186
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1202000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.964; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2
分子量 formula_weight	23883.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1803

SNADSSRRQYQEKYKQVEQYMSFHKLPADFRQKIHDYYEHRYQGKMFDEDSILGELNGPLREEIVNFNCRKLVASMPLFANADPNFVTAMLTKLKFEVFQPGDYIIREGTIGKKMYFIQHGVVSVLTKGNKEMKLSDGSYFGEICLLTRGRRTASVRADTYCRLYSLSVDNFNEVLEEYPMMRRAFETVAIDRLDRIGKKNSIL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;Inosine-3',5'-cyclic monophosphate ;
分子量 formula_weight	330.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	165

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d5khha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.82 — Double-stranded beta-helix
超家族 Superfamily superfamily	b.82.3 — cAMP-binding domain-like
家族 Family family	b.82.3.2 — cAMP-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5khhA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	5khhA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Jelly Rolls

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	96.037 Å
晶胞边长 b length_b	96.037 Å
晶胞边长 c length_c	115.913 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 4 2 2
空间群编号 int_tables_number	97
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.770 Å
最低分辨率 resolution_low	44.120 Å
R 因子 r_factor	0.2167
R_work r_work	0.2144
R_free r_free	0.2628

fit	/app/data/saxs_computation/kh/5khh/5khh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kh/5khh/5khh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kh/5khh/5khh.dat

HCN2 CNBD in complex with inosine-3', 5'-cyclic monophosphate (cIMP)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Potassium/sodium hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated channel 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction