5kj2

The novel p300/CBP inhibitor A-485 uncovers a unique mechanism of action to target AR in castrate resistant prostate cancer

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 80.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase p300

Homo sapiens

UniProt Q09472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1287–1666 未记录 6TF N-[(4-fluorophenyl)methyl]-2-{(1R)-5-[(methylcarbamoyl)amino]-2',4'-dioxo-2,3-dihydro-3'H-spiro[indene-1,5'-[1,3]oxazolidin]-3'-yl}-N-[(2S)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]acetamide × 1 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;290 K;25% (w/v) PEG3350, 0.2M Sodium Chloride, 0.1M BIS-TRIS buffer pH5.5 分辨率 1.95 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、92 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EP300_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–348; UniProt 1287–1666

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5kj2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5kj2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5kj2
沉积日期 deposition_date2016-06-17
结构标题 titleThe novel p300/CBP inhibitor A-485 uncovers a unique mechanism of action to target AR in castrate resistant prostate cancer
关键词 keywordsHistone Acetyltransferase, transferase-transferase INHIBITOR complex; transferase/transferase INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.35
零角强度 I(0) i023408300.00
分子量 molecular_weight37207.0 kDa
排除体积 excluded_volume46608 ų
包络体积 envelope_volume54598 ų
水化壳体积 shell_volume22379 ų
包络直径 envelope_diameter82.3
壳层 Rg shell_rg27.02
包络 Rg envelope_rg20.82
形状 Rg shape_rg20.31
总 Rg total_rg21.33
总原子数 total_atoms2625
残基数 n_residues323
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax80.6
Rg (实空间) rg_real21.57
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real2.3410e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6890e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23410000.0000
解质量估计 total_estimate0.8204
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2
偏度 Skewness skewness0.352
峰度 Kurtosis kurtosis-0.081
角度范围 angular_range— – 0.3700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6406000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.581; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.997

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)