SAXSdb — 5kp9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPN-01*

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 461–512	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 461–512	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
3	信息不足同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 461–512	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
4	信息不足同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 461–512	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
5	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 461–512	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KP9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5FJB Cyclophilin A Stabilize HIV-1 Capsid through a Novel Non- canonical Binding Site 提交 2015-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 133–350（218 aa）链 B 133–350（218 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
6BHR HIV-1 immature CTD-SP1 hexamer in complex with IP6 提交 2017-10-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 278–372（95 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；290 K；0.2 M NaCl 20% PEG 3350 0.1 M Bis-Tris pH 5.35	分辨率 2.91 Å R-free 0.265

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAG_HV1B1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 231–282； UniProt 461–512

EPN-01*

Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)

UniProt Q9WXS1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足同源多聚体蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric（60）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–205	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
2	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–205	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
3	信息不足同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–205	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
4	信息不足同源多聚体蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–205	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å
5	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–205	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；Phosphate-buffered saline cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；11 second blot, 0 mm offset	分辨率 5.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5KP9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1VLW Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase (TM0066) from Thermotoga maritima at 2.30 A resolution 提交 2004-08-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP；pH 7.5；277 K；22.5% PEG-1000, 0.1M Tris pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
1WA3 Mechanism of the Class I KDPG aldolase 提交 2004-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）	未记录	PYR PYRUVIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.075M SODIUM ACETATE, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 28%W/V PEG4000, pH 4.60	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
1WA3 Mechanism of the Class I KDPG aldolase 提交 2004-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–205（205 aa）链 E 1–205（205 aa）链 F 1–205（205 aa）	未记录	PYR PYRUVIC ACID × 3 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；0.075M SODIUM ACETATE, 0.1M AMMONIUM SULPHATE, 28%W/V PEG4000, pH 4.60	分辨率 1.90 Å R-free 0.239
7B3Y Structure of a nanoparticle for a COVID-19 vaccine candidate 提交 2020-12-01	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 B 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8A8N Structure of self-assembling engineered protein nanocage (EPN) fused with hepatitis A pX protein 提交 2022-06-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 4-5 s.	分辨率 6.70 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8E01 Structure of engineered nano-cage fusion protein 提交 2022-08-08	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.1；Tris, 100 mM NaCl, 1 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8JGA Cryo-EM structure of Mi3 fused with FKBP 提交 2023-05-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
8JGC Cryo-EM structure of Mi3 fused with LOV2 提交 2023-05-20	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.44 Å
8SZZ CryoEM Structure of Computationally Designed Nanocage O32-ZL4 提交 2023-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 I 1–205（205 aa）链 J 1–205（205 aa）链 K 1–205（205 aa）链 L 1–205（205 aa）链 M 1–205（205 aa）链 N 1–205（205 aa）链 O 1–205（205 aa）链 U 1–205（205 aa）链 Y 1–205（205 aa）链 Z 1–205（205 aa）链 a 1–205（205 aa）链 b 1–205（205 aa）链 c 1–205（205 aa）链 d 1–205（205 aa）链 e 1–205（205 aa）链 f 1–205（205 aa）链 g 1–205（205 aa）链 h 1–205（205 aa）链 i 1–205（205 aa）链 j 1–205（205 aa）链 k 1–205（205 aa）链 l 1–205（205 aa）链 m 1–205（205 aa）链 n 1–205（205 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 24	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM Tris/HCl pH 7.5, 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8TVB Ghanaian virus fusion glycoprotein (GhV F) 提交 2023-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8TYC Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal base-targeting antibody Base-1 提交 2023-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 2–205（204 aa）链 b 2–205（204 aa）链 c 2–205（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8TYE Lassa GPC (strain Josiah) bound to rabbit polyclonal fusion-peptide-targeting antibody FP-1 提交 2023-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 a 2–205（204 aa）链 b 2–205（204 aa）链 c 2–205（204 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9FO3 Structure of a gp140 SpyTag-SpyCatcher mi3 nanoparticle including mi3 density only. 提交 2024-06-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 0 1–205（205 aa）链 1 1–205（205 aa）链 2 1–205（205 aa）链 3 1–205（205 aa）链 4 1–205（205 aa）链 5 1–205（205 aa）链 6 1–205（205 aa）链 7 1–205（205 aa）链 A 1–205（205 aa）链 B 1–205（205 aa）链 C 1–205（205 aa）链 D 1–205（205 aa）链 E 1–205（205 aa）链 F 1–205（205 aa）链 G 1–205（205 aa）链 H 1–205（205 aa）链 I 1–205（205 aa）链 J 1–205（205 aa）链 K 1–205（205 aa）链 L 1–205（205 aa）链 M 1–205（205 aa）链 N 1–205（205 aa）链 O 1–205（205 aa）链 P 1–205（205 aa）链 Q 1–205（205 aa）链 R 1–205（205 aa）链 S 1–205（205 aa）链 T 1–205（205 aa）链 U 1–205（205 aa）链 V 1–205（205 aa）链 W 1–205（205 aa）链 X 1–205（205 aa）链 Y 1–205（205 aa）链 Z 1–205（205 aa）链 a 1–205（205 aa）链 b 1–205（205 aa）链 c 1–205（205 aa）链 d 1–205（205 aa）链 e 1–205（205 aa）链 f 1–205（205 aa）链 g 1–205（205 aa）链 h 1–205（205 aa）链 i 1–205（205 aa）链 j 1–205（205 aa）链 k 1–205（205 aa）链 l 1–205（205 aa）链 m 1–205（205 aa）链 n 1–205（205 aa）链 o 1–205（205 aa）链 p 1–205（205 aa）链 q 1–205（205 aa）链 r 1–205（205 aa）链 s 1–205（205 aa）链 t 1–205（205 aa）链 u 1–205（205 aa）链 v 1–205（205 aa）链 w 1–205（205 aa）链 x 1–205（205 aa）链 y 1–205（205 aa）链 z 1–205（205 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.30 Å
9UAQ CryoEM structure of GFP-like protein from Aequorea coerulescens with Trimbody 提交 2025-04-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.29 Å
9UBR CryoEM structure of human Galectin-10 with iTrimbody 提交 2025-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）链 D 2–205（204 aa）链 E 2–205（204 aa）链 F 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.62 Å
9UCL CryoEM structure of IgV domain of human Nectin-4 with Trimbody 提交 2025-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.43 Å
9XOU CryoEM structure of LacY with Trimbody 提交 2025-11-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 2–205（204 aa）链 B 2–205（204 aa）链 C 2–205（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å

共 16 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9WXS1_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 19–222； UniProt 2–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5kp9
沉积日期 deposition_date	2016-07-02
结构标题 title	Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle
关键词 keywords	;protein design, icosahedral assemblies, cell transduction, enveloped viruses, virus assembly, enveloped protein, nanoparticle, STRUCTURAL PROTEIN ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.07 Å
零角强度 I(0) i0	7540430.00
分子量 molecular_weight	21598.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27705 Å³
包络体积 envelope_volume	30708 Å³
水化壳体积 shell_volume	15893 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.7 Å
壳层 Rg shell_rg	22.21 Å
包络 Rg envelope_rg	16.30 Å
形状 Rg shape_rg	16.03 Å
总 Rg total_rg	17.28 Å
总原子数 total_atoms	1518
残基数 n_residues	202
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5400e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3800e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.15 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7540000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8986
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.095
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.488
角度范围 angular_range	— – 0.4600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2407000.0000
实空间数据点数 n_real_points	77
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	5.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	8573

描述 description	EPN-01*
分子量 formula_weight	30304.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	1518

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BH10)
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11678
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

fit	/app/data/saxs_computation/kp/5kp9/5kp9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kp/5kp9/5kp9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kp/5kp9/5kp9.dat

Structure of Nanoparticle Released from Enveloped Protein Nanoparticle

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

EPN-01*

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

EPN-01*

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)