SAXSdb — 5li9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein kinase C iota type

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 248–596	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ACP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER × 1 FMT FORMIC ACID × 7 IMD IMIDAZOLE × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；25% Morpheus precipitant mix 4, 10% Morpheus Carboxylic acids, Morpheus Buffer system 1	分辨率 1.79 Å R-free 0.231

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LI9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1VD2 Solution Structure of the PB1 domain of PKCiota 提交 2004-03-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 16–99（84 aa）片段：PB1 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成 1mM PKCiota PB1 U-15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 5mM ditiothreitol; 0.05%(w/v) sodium azide; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM PKCiota PB1 U-15N, U-13C; 50mM phosphate buffer; 150mM sodium chloride; 5mM ditiothreitol; 0.05%(w/v) sodium azide; 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
1WMH Crystal structure of a PB1 domain complex of Protein kinase c iota and Par6 alpha 提交 2004-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 16–99（84 aa）片段：PB1 domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；sodium formate, Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.224
1ZRZ Crystal Structure of the Catalytic Domain of Atypical Protein Kinase C-iota 提交 2005-05-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 224–587（364 aa）片段：catalytic domain, residues 224-587	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	BI1 3-{1-[3-(DIMETHYLAMINO)PROPYL]-1H-INDOL-3-YL}-4-(1H-INDOL-3-YL)-1H-PYRROLE-2,5-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 400, sodium acetate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.333
3A8W Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG3350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.301
3A8W Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG3350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.301
3A8W Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588 链 B 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293 K；PEG3350, ammonium sulfate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.301
3A8X Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
3A8X Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
3A8X Crystal Structure of PKCiota kinase domain 提交 2009-10-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588 链 B 249–588（340 aa）片段：UNP residues 249-588	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；293 K；HEPES, ammonium sulfate, PEG400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.271
3ZH8 A novel small molecule aPKC inhibitor 提交 2012-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 248–596（349 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 248-596	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 C58 (2S)-3-phenyl-N~1~-[2-(pyridin-4-yl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]propane-1,2-diamine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M AMMONIUM IODIDE AND 20%(W/V) PEG3350.	分辨率 2.74 Å R-free 0.257
3ZH8 A novel small molecule aPKC inhibitor 提交 2012-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 248–596（349 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 248-596	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 C58 (2S)-3-phenyl-N~1~-[2-(pyridin-4-yl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]propane-1,2-diamine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M AMMONIUM IODIDE AND 20%(W/V) PEG3350.	分辨率 2.74 Å R-free 0.257
3ZH8 A novel small molecule aPKC inhibitor 提交 2012-12-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 248–596（349 aa）片段：KINASE DOMAIN, RESIDUES 248-596	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 C58 (2S)-3-phenyl-N~1~-[2-(pyridin-4-yl)-5,6,7,8-tetrahydro[1]benzothieno[2,3-d]pyrimidin-4-yl]propane-1,2-diamine × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.2M AMMONIUM IODIDE AND 20%(W/V) PEG3350.	分辨率 2.74 Å R-free 0.257
5LI1 Structure of a Par3-inhibitory peptide bound to PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 248–596（349 aa）片段：UNP residues 246-589	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 K POTASSIUM ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 2000 MME, 0.08 M KSCN	分辨率 2.00 Å R-free 0.217
5LIH Structure of a peptide-substrate bound to PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 248–596（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MN MANGANESE (II) ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 2000 MME, 0.08 M KSCN	分辨率 3.25 Å R-free 0.284
5LIH Structure of a peptide-substrate bound to PKCiota core kinase domain 提交 2016-07-14	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 248–596（349 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MN MANGANESE (II) ION × 2 SCN THIOCYANATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；32% Peg 2000 MME, 0.08 M KSCN	分辨率 3.25 Å R-free 0.284
6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 249–588（340 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 3.26 Å R-free 0.348
6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 249–588（340 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 3.26 Å R-free 0.348
6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 249–588（340 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 3.26 Å R-free 0.348
6ILZ Crystal structure of PKCiota in complex with inhibitor 提交 2018-10-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 249–588（340 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AFU 2-amino-5-[3-(piperazin-1-yl)phenyl]-N-(pyridin-4-yl)pyridine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M BIS-TRIS 6.5, 28 % w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000	分辨率 3.26 Å R-free 0.348
8R3X Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide 提交 2023-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 241–596（356 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；Morpheus Condition: 25% (v/v) MPD, 25% (v/v) PEG 1000, 25% (v/v) PEG 3350, 0.3 M NaNO3, 0.3 M Na2HPO4, 0.3 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 2.59 Å R-free 0.269
8R3X Crystal structure of aPKC Iota kinase domain with LLGL2 peptide 提交 2023-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 241–596（356 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；Morpheus Condition: 25% (v/v) MPD, 25% (v/v) PEG 1000, 25% (v/v) PEG 3350, 0.3 M NaNO3, 0.3 M Na2HPO4, 0.3 M (NH4)2SO4, 0.1 M MES/imidazole pH 6.5	分辨率 2.59 Å R-free 0.269
8R3Y Cryo EM structure of a stable LGL/aPKC Iota/Par-6 complex 提交 2023-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 I 248–585（338 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；4 ul of aPKCiota-Par6-Llgl1 complex at a concentration of 0.4 mg/ml was applied to R1.2/1.3 Quantifoil 300 mesh copper grids which had been glow-discharged for 45 s at 45 mA . Grids were blotted for 2.5 s at 100% humidity using an FEI Vitrobot MK IV.	分辨率 3.68 Å
9EJK Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6b complex in nucleotide-free form. Head sub-complex region subtracted 提交 2024-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–596（596 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.08 Å
9EJL Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6B complex in nucleotide-free form. Conformation with visible head sub-complex. 提交 2024-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–596（596 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
9EJM Lgl2 bound to the aPKCiota-Par6B complex in its ADP-bound form 提交 2024-11-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–596（596 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.33 Å

共 14 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KPCI_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–350； UniProt 248–596

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5li9
沉积日期 deposition_date	2016-07-14
结构标题 title	Structure of a nucleotide-bound form of PKCiota core kinase domain
关键词 keywords	aPKC, Polarity, Complex, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.39 Å
零角强度 I(0) i0	25985100.00
分子量 molecular_weight	38867.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48495 Å³
包络体积 envelope_volume	56276 Å³
水化壳体积 shell_volume	22729 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.31 Å
包络 Rg envelope_rg	20.75 Å
形状 Rg shape_rg	20.38 Å
总 Rg total_rg	21.29 Å
总原子数 total_atoms	2750
残基数 n_residues	329
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	72.0 Å
Rg (实空间) rg_real	21.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8771
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.284
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.311
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7568000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein kinase C iota type
分子量 formula_weight	40480.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3053

FSLGLQDFDLLRVIGRGSYAKVLLVRLKKTDRIYAMKVVKKELVNDDEDIDWVQTEKHVFEQASNHPFLVGLHSCFQTESRLFFVIEYVNGGDLMFHMQRQRKLPEEHARFYSAEISLALNYLHERGIIYRDLKLDNVLLDSEGHIKLTDYGMCKEGLRPGDTTSTFCGTPNYIAPEILRGEDYGFSVDWWALGVLMFEMMAGRSPFDIVGSSDNPDQNTEDYLFQVILEKQIRIPRSLSVKAASVLKSFLNKDPKERLGCHPQTGFADIQGHPFFRNVDWDMMEQKQVVPPFKPNISGEFGLDNFDSQFTNEPVQLTPDDDDIVRKIDQSEFEGFEYINPLLMSAEECV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	505.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	244

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5li9a1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5li9a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5li9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	5li9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	61.806 Å
晶胞边长 b length_b	65.143 Å
晶胞边长 c length_c	87.411 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.790 Å
最低分辨率 resolution_low	52.233 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1877
R_free r_free	0.2313

fit	/app/data/saxs_computation/li/5li9/5li9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/li/5li9/5li9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/li/5li9/5li9.dat

Structure of a nucleotide-bound form of PKCiota core kinase domain