5lm2

Crystal Structure of HD-PTP phosphatase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.7 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23

Homo sapiens

UniProt Q9H3S7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 362–713 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;294 K;0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1-0.2 M Na-Formate and 13-15% PEG3350 分辨率 2.54 Å R-free 0.271
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 362–713 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;294 K;0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1-0.2 M Na-Formate and 13-15% PEG3350 分辨率 2.54 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PTN23_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–352; UniProt 362–713 作者链 B; PDB构建体 1–352; UniProt 362–713

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5lm2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5lm2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5lm2
沉积日期 deposition_date2016-07-28
结构标题 titleCrystal Structure of HD-PTP phosphatase
关键词 keywordscoiled coil, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron55.34
零角强度 I(0) i094480300.00
分子量 molecular_weight75813.0 kDa
排除体积 excluded_volume93422 ų
包络体积 envelope_volume156160 ų
水化壳体积 shell_volume29562 ų
包络直径 envelope_diameter222.3
壳层 Rg shell_rg41.64
包络 Rg envelope_rg56.94
形状 Rg shape_rg55.22
总 Rg total_rg55.04
总原子数 total_atoms5240
残基数 n_residues636
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.7
Rg (实空间) rg_real47.49
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real8.9440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4540e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.20
I(0) (倒空间) i0_reciprocal94200000.0000
解质量估计 total_estimate0.6535
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.9
偏度 Skewness skewness0.291
峰度 Kurtosis kurtosis-0.825
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.5423
最高正则化参数 α highest_alpha2277000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.016; Oscil: 0.955; Stabil: 0.990; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.662; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)