5lpk

Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the inhibitor XDM1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase p300

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 SULFATE ION × 2 1,2-ETHANEDIOL × 5 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 1,2-ETHANEDIOL × 6 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 2 SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide × 1 SULFATE ION × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EP300_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161 作者链 B； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161 作者链 C； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161 作者链 E； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161 作者链 F； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161 作者链 G； PDB构建体 1–122； UniProt 1040–1161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lpk
沉积日期 deposition_date	2016-08-13
结构标题 title	Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the inhibitor XDM1
关键词 keywords	bromodomain, protein-inhibitor complex, epigenetics, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5lpk__assembly_7__model_1

Assembly 7 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5lpk__assembly_7__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5lpk__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	15.70 Å
Rg（电子密度）	14.65 Å
总 Rg	15.80 Å
原子数	967
残基数	114
排除体积	17383 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5lpk__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5lpk__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5lpk__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`5lpk__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`5lpk__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`5lpk__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`5lpk__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone acetyltransferase p300
分子量 formula_weight	14436.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	7

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G
原子数 atom_count	7515

APGQSKKKIFKPEELRQALMPTLEALYRQDPESLPFRQPVDPQLLGIPDYFDIVKSPMDLSTIKRKLDTGQYQEPWQYVDDIWLMFNNAWLYNRKTSRVYKYCSKLSEVFEQEIDPVMQSLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-[(3-chlorophenyl)methyl]-4-ethanoyl-3-ethyl-5-methyl-1~{H}-pyrrole-2-carboxamide
分子量 formula_weight	318.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	19

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	483

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

结构域编号 domain_id	d5lpka_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5lpkb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5lpkc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5lpkd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5lpke_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5lpkf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

结构域编号 domain_id	d5lpkg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.2 — Bromodomain
家族 Family family	a.29.2.1 — Bromodomain

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	5lpkA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5lpkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5lpkC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5lpkD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5lpkE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5lpkF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

结构域编号 domain_id	5lpkG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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晶胞边长 a length_a	133.600 Å
晶胞边长 b length_b	61.040 Å
晶胞边长 c length_c	135.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.31 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	28

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	41.520 Å
R 因子 r_factor	0.1778
R_work r_work	0.1764
R_free r_free	0.2029

Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the inhibitor XDM1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase p300

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lpk__assembly_7__model_1

5lpk__assembly_7__model_1 | I(q)

5lpk__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the bromodomain of human EP300 bound to the inhibitor XDM1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase p300

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5lpk__assembly_7__model_1

5lpk__assembly_7__model_1 | I(q)

5lpk__assembly_7__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (7 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)