5lzg

Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with inhibitor PC262

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 80.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholera enterotoxin subunit B

Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 22–124 链 B； UniProt 22–124 链 C； UniProt 22–124 链 D； UniProt 22–124 链 E； UniProt 22–124	未记录	7BN (2~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-[4-[3-[2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES/Imidazole buffer, pH 6.5, 10% PEG 1000, 10 % PEG 3350, 10 % MPD, 0.03 M divalent cations	分辨率 1.13 Å R-free 0.198

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5LZG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CHP SURPRISING LEADS FOR A CHOLERA TOXIN RECEPTOR BINDING ANTAGONIST; CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF CTB MUTANTS 提交 1995-02-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	突变：G33D 突变：G33D 突变：G33D 突变：G33D 突变：G33D	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å
1CHQ SURPRISING LEADS FOR A CHOLERA TOXIN RECEPTOR BINDING ANTAGONIST; CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF CTB MUTANTS 提交 1995-02-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 29–131（103 aa）链 E 29–131（103 aa）链 F 29–131（103 aa）链 G 29–131（103 aa）链 H 29–131（103 aa）	突变：R35D 突变：R35D 突变：R35D 突变：R35D 突变：R35D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.10 Å
1CT1 CHOLERA TOXIN B-PENTAMER MUTANT G33R BOUND TO RECEPTOR PENTASACCHARIDE 提交 1997-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 E 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 F 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 G 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 H 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER	突变：G33R 突变：G33R 突变：G33R 突变：G33R 突变：G33R	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PROTEIN, 20 MM TRIS, 1 MM GM1-OS, PH 7.5 200 MM MGCL2, 100 MM CACODYLATE, 19% PEG 1000, 0.2% AGAROSE, PH 7.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
1FGB TOXIN 提交 1996-02-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1G8Z HIS57ALA MUTANT OF CHOLERA TOXIN B-PENATMER 提交 2000-11-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	突变：H57A 突变：H57A 突变：H57A 突变：H57A 突变：H57A	GAL beta-D-galactopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；PEG 5000, NaCl, Tris HCl, galactose, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1JR0 CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011 提交 2001-08-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	A24 (3-NITRO-5-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYLAMINOCARBONYL)PHENYL)-GALACTOPYRANOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；PEG 3000, NaCl, MgCl2, Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.30 Å R-free 0.183
1JR0 CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011 提交 2001-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	A24 (3-NITRO-5-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYLAMINOCARBONYL)PHENYL)-GALACTOPYRANOSIDE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；PEG 3000, NaCl, MgCl2, Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.30 Å R-free 0.183
1RCV Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV1 提交 2003-11-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV1 [3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYLAMINO] -2-(3-{4-[3-(3-NITRO-5-[GALACTOPYRANOSYLOXY]-BENZOYLAMINO)-PROPYL]-PIPERAZIN-1-YL} -PROPYL-AMINO)-3,4-DIOXO-CYCLOBUTENE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 300, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, and 2.3mM BV1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
1RD9 Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV2 提交 2003-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV2 1,3-BIS-([3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL-AMINO]-CARBONYLOXY)-2-AMINO-PROPANE × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；38% PEG 300, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, and 2.3mM BV2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.44 Å R-free 0.184
1RDP Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV3 提交 2003-11-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV3 1,3-BIS-([[3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYLAMINO-3,4-DIOXO-CYCLOBU TENYL]-AMINO-ETHYL]-AMINO-CARBONYLOXY)-2-AMINO-PROPANE × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；12% PEG 8000, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, 20mM MgCl2, and 2.3mM BV3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.171
1RF2 Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV4 提交 2003-11-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV4 1,3-BIS-([3-[3-[3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYLAMINO-3,4-DIOXO-CYCLOBUTENYL]-AMINO-PROPOXY-ETHOXY-ETHOXY]-PROPYL-]AMINO-CARBONYLOXY)-2-AMINO-PROPANE × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；16% PEG 8000, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, 20mM MgCl2, and 2.3mM BV4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
1S5B Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation Form 3 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 2000mme, MES, kemptide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.224
1S5C Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 1 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 2000mme, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1S5D Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 2 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, sodium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
1S5E Cholera holotoxin, Crystal form 1 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1S5E Cholera holotoxin, Crystal form 1 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）链 M 22–124（103 aa）链 N 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1S5F Cholera holotoxin, Crystal form 2 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, lithium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1S5F Cholera holotoxin, Crystal form 2 提交 2004-01-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, lithium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1XTC CHOLERA TOXIN 提交 1996-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2CHB CHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE 提交 1997-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 E 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 F 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 G 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 H 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM MGCL2 100 MM CACODYLATE 5% PEG 1000 PH 7.5	分辨率 2.00 Å
3CHB CHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE 提交 1998-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 E 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 F 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 G 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 H 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER	突变：H94R 突变：H94R 突变：H94R 突变：H94R 突变：H94R	UNX UNKNOWN LIGAND × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP, pH 7.0, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 1.25 Å R-free 0.180
5ELC Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 BCN BICINE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.260
5ELC Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.260
5ELE Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 BCN BICINE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
5ELE Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
5ELF Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A-pentasaccharide 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 BCN BICINE × 10 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. Microseeding.	分辨率 1.55 Å R-free 0.220
5ELF Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A-pentasaccharide 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. Microseeding.	分辨率 1.55 Å R-free 0.220
5LZJ Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with inhibitor Laura237 提交 2016-09-29	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 7BT (~{Z})-~{N}-[2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)prop-2-enamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES pH 6, 30% PEG 400, 3% PGA-LM	分辨率 1.20 Å R-free 0.228
8OXS Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 4 C-terminal substitutions) 提交 2023-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 6 GLA alpha-D-galactopyranose × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Crystallization mix: 20% w/v PEG 6K 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M NH4Cl Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl 0.05 M D-(+)-galactose	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8OXS Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 4 C-terminal substitutions) 提交 2023-05-02	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 4 GLA alpha-D-galactopyranose × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Crystallization mix: 20% w/v PEG 6K 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M NH4Cl Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl 0.05 M D-(+)-galactose	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8Q6I Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 1 C-terminal substitution) 提交 2023-08-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；Crystallization mix: 20% PEG6000 0.2 M lithium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
8QRE Cholera holotoxin (wildtype) 提交 2023-10-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293.15 K；Crystallization mix: 0.125 M Magnesium acetate 24% PEG 3350 300 mM galactose (in protein storage buffer) Protein storage buffer: 50 mM Tris pH 7.4 200 mM NaCl 1 mM EDTA 3 mM sodium azide	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
8QRE Cholera holotoxin (wildtype) 提交 2023-10-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 1 GLA alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293.15 K；Crystallization mix: 0.125 M Magnesium acetate 24% PEG 3350 300 mM galactose (in protein storage buffer) Protein storage buffer: 50 mM Tris pH 7.4 200 mM NaCl 1 mM EDTA 3 mM sodium azide	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
9EWF Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1 提交 2024-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	A1H7V (2R,3S,4S,5R,6R)-6-dodecoxy-5-fluoranyl-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES/Imidazole pH 7.5, 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 16% PEG1000, 12% PEG3350 and 10% MPD	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
9EWF Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1 提交 2024-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	A1H7V (2R,3S,4S,5R,6R)-6-dodecoxy-5-fluoranyl-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES/Imidazole pH 7.5, 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 16% PEG1000, 12% PEG3350 and 10% MPD	分辨率 2.10 Å R-free 0.221

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHTB_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 C； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 E； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5lzg
沉积日期 deposition_date	2016-09-29
结构标题 title	Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with inhibitor PC262
关键词 keywords	cholera toxin B-pentamer, inhibitor, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.47 Å
零角强度 I(0) i0	62938700.00
分子量 molecular_weight	61825.0 kDa
排除体积 excluded_volume	77395 Å³
包络体积 envelope_volume	89112 Å³
水化壳体积 shell_volume	30587 Å³
包络直径 envelope_diameter	69.9 Å
壳层 Rg shell_rg	31.22 Å
包络 Rg envelope_rg	23.20 Å
形状 Rg shape_rg	23.50 Å
总 Rg total_rg	24.20 Å
总原子数 total_atoms	4333
残基数 n_residues	515
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.45 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.3910e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62940000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6659
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	71.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.650
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	21790000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.338; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cholera enterotoxin subunit B
分子量 formula_weight	11660.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	5042

TPQNITDLCAEYHNTQIYTLNDKIFSYTESLAGKREMAIITFKNGAIFQVEVPGSQHIDSQKKAIERMKDTLRIAYLTEAKVEKLCVWNNKTPHAIAAISMAN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243277
宿主生物 host_organism	Vibrio sp.

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(2~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-[4-[3-[2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid ;
分子量 formula_weight	621.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	575

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d5lzga_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d5lzgb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d5lzgc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d5lzgd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d5lzge_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	5lzgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lzgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lzgC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lzgD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	5lzgE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	101.880 Å
晶胞边长 b length_b	66.291 Å
晶胞边长 c length_c	77.407 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.130 Å
最低分辨率 resolution_low	47.800 Å
R 因子 r_factor	0.1759
R_work r_work	0.1747
R_free r_free	0.1975

fit	/app/data/saxs_computation/lz/5lzg/5lzg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lz/5lzg/5lzg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lz/5lzg/5lzg.dat