SAXSdb — 5mec

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein CDT1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 272–438	片段：UNP residues 272-438	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M BTP pH 5.5, 2M ammonium sulphate	分辨率 2.13 Å R-free 0.244

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5MEC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5ME9 Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1. 提交 2016-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–438（437 aa）片段：UNP residues 2-438	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
5ME9 Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1. 提交 2016-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–438（437 aa）片段：UNP residues 2-438	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
5ME9 Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 1. 提交 2016-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–438（437 aa）片段：UNP residues 2-438	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；30% Glycerol, 20% PEG 4000, 20% 2-Propanol, 0.1M Tris-HCl pH8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.231
5MEA Crystal structure of yeast Cdt1 (N terminal and middle domain), form 2. 提交 2016-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–438（438 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293 K；10.5% PEG 8K, 18% glycerol, 0.5M lithium sulphate	分辨率 2.15 Å R-free 0.249
5MEB Crystal structure of yeast Cdt1 C-terminal domain 提交 2016-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 495–604（110 aa）片段：UNP residues 495-604	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% glycerol, 0.1M MES pH 6.5, 1.8M ammonium sulphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
5MEB Crystal structure of yeast Cdt1 C-terminal domain 提交 2016-11-14	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 495–604（110 aa）片段：UNP residues 495-604	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% glycerol, 0.1M MES pH 6.5, 1.8M ammonium sulphate	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
5V8F Structural basis of MCM2-7 replicative helicase loading by ORC-Cdc6 and Cdt1 提交 2017-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 8 1–604（604 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
5XF8 Cryo-EM structure of the Cdt1-MCM2-7 complex in AMPPNP state 提交 2017-04-09	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–604（604 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
6WGG Atomic model of pre-insertion mutant OCCM-DNA complex(ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation) 提交 2020-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 8 1–604（604 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å
6WGI Atomic model of the mutant OCCM (ORC-Cdc6-Cdt1-Mcm2-7 with Mcm6 WHD truncation) loaded on DNA at 10.5 A resolution 提交 2020-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric	链 L 1–604（604 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.00 Å
9GJP OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm5: Conformer 2 提交 2024-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 8 1–604（604 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9GJW OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm2 提交 2024-08-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 8 1–604（604 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ZN ZINC ION × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9GM5 OCCM maturation intermediate stalled with an Arginine Finger mutation in Mcm5: Conformer 1 提交 2024-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 8 1–604（604 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 5 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–169； UniProt 272–438

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mec
沉积日期 deposition_date	2016-11-14
结构标题 title	Crystal structure of yeast Cdt1 middle domain (residues 294-433)
关键词 keywords	Cdt1, MCM, winged helix, yeast, DNA replication, cell cycle; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.58 Å
零角强度 I(0) i0	4166630.00
分子量 molecular_weight	15043.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19138 Å³
包络体积 envelope_volume	23024 Å³
水化壳体积 shell_volume	12533 Å³
包络直径 envelope_diameter	67.0 Å
壳层 Rg shell_rg	21.71 Å
包络 Rg envelope_rg	17.37 Å
形状 Rg shape_rg	16.59 Å
总 Rg total_rg	17.62 Å
总原子数 total_atoms	1056
残基数 n_residues	131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.1 Å
Rg (实空间) rg_real	17.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1670e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0390e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.80 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4167000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7760
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.587
峰度 Kurtosis kurtosis	0.230
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	905300.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.492; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.613; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.130 Å
晶胞边长 b length_b	46.330 Å
晶胞边长 c length_c	75.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	39.468 Å
R 因子 r_factor	0.1989
R_work r_work	0.1965
R_free r_free	0.2440

描述 description	Cell division cycle protein CDT1
分子量 formula_weight	19280.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1148

Crystal structure of yeast Cdt1 middle domain (residues 294-433)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cell division cycle protein CDT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

fit	/app/data/saxs_computation/me/5mec/5mec.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/5mec/5mec.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/5mec/5mec.dat