SAXSdb — 5mey

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MH1 domain of human Smad4

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 10–140	未记录	;DNA (5'-D(PAPTPGPCPGPGPGPCPGPCPGPCPCPCPGPCPAPT)-3') ; × 2 ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 CA CALCIUM ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；17% PEG 6000, 0.2 M NaCl, 0.1 M sodium acetate pH 5.0	分辨率 2.05 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5MEY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DD1 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 提交 1999-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 链 B 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 链 C 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 4000, LISO4, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.62 Å R-free 0.175
1DD1 CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF THE SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 提交 1999-11-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 链 B 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 链 C 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT	未记录	SO4 SULFATE ION × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 4000, LISO4, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.62 Å R-free 0.175
1G88 S4AFL3ARG515 MUTANT 提交 2000-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 链 B 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT 链 C 285–552（268 aa）片段：SMAD4 ACTIVE FRAGMENT	突变：R515S 突变：R515S 突变：R515S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.263
1MR1 Crystal Structure of a Smad4-Ski Complex 提交 2002-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 319–552（234 aa）片段：MH2 domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.85 Å R-free 0.280
1MR1 Crystal Structure of a Smad4-Ski Complex 提交 2002-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 319–552（234 aa）片段：MH2 domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；dioxane, potassium phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.85 Å R-free 0.280
1U7F Crystal Structure of the phosphorylated Smad3/Smad4 heterotrimeric complex 提交 2004-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 314–552（239 aa）片段：MH2 and Linker domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.247
1U7V Crystal Structure of the phosphorylated Smad2/Smad4 heterotrimeric complex 提交 2004-08-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 314–549（236 aa）片段：MH2 and Linker domains	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；50 mM Tris-HCl, 0-15 mM magnesium chloride, 5-15% ethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
1YGS CRYSTAL STRUCTURE OF THE SMAD4 TUMOR SUPPRESSOR C-TERMINAL DOMAIN 提交 1997-10-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 319–552（234 aa）片段：C-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 319 - 552	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；100 MM NAMES, PH6.5, 25% PEG MONOMETHYLETHER 5000, 5 MM DTT, 200 MM (NH4)2SO4	分辨率 2.10 Å R-free 0.279
5C4V Ski-like protein 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 314–549（236 aa）片段：residues 314-549	未记录	GOL GLYCEROL × 1 ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
5C4V Ski-like protein 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 314–549（236 aa）片段：residues 314-549	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
5C4V Ski-like protein 提交 2015-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 314–549（236 aa）片段：residues 314-549	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；2.8-3.3 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.242
5MEZ Crystal structure of Smad4-MH1 bound to the GGCT site. 提交 2016-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–140（131 aa）链 B 10–140（131 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；24% PEG 3350, 0.2 M calcium chloride	分辨率 2.98 Å R-free 0.252
5MF0 Crystal structure of Smad4-MH1 bound to the GGCCG site. 提交 2016-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 10–140（131 aa）链 B 10–140（131 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16% PEG MME 2000 and 0.1 M sodium acetate pH 5.0	分辨率 3.03 Å R-free 0.270

共 9 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SMAD4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–135； UniProt 10–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mey
沉积日期 deposition_date	2016-11-16
结构标题 title	Crystal structure of Smad4-MH1 bound to the GGCGC site.
关键词 keywords	Smads, transcription factor, DNA complex, transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.48 Å
零角强度 I(0) i0	10777400.00
分子量 molecular_weight	20201.0 kDa
排除体积 excluded_volume	23455 Å³
包络体积 envelope_volume	31614 Å³
水化壳体积 shell_volume	15368 Å³
包络直径 envelope_diameter	64.7 Å
壳层 Rg shell_rg	23.59 Å
包络 Rg envelope_rg	18.95 Å
形状 Rg shape_rg	18.34 Å
总 Rg total_rg	19.53 Å
总原子数 total_atoms	1376
残基数 n_residues	142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.18 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10780000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7629
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.286
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.388
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	590600.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.406; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.970

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MH1 domain of human Smad4
分子量 formula_weight	15237.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1468

GAMGPTSNDACLSIVHSLMCHRQGGESETFAKRAIESLVKKLKEKKDELDSLITAITTNGAHPSKCVTIQRTLDGRLQVAGRKGFPHVIYARLWRWPDLHKNELKHVKYCQYAFDLKCDSVCVNPYHYERVVSPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPTPGPCPGPGPGPCPGPCPGPCPCPCPGPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5518.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ATGCGGGCGCGCCCGCAT

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	92

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	5meyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	520 — Smad3; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SMAD MH1 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.170 Å
晶胞边长 b length_b	79.000 Å
晶胞边长 c length_c	90.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	29.700 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2220
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/me/5mey/5mey.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/5mey/5mey.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/5mey/5mey.dat

Crystal structure of Smad4-MH1 bound to the GGCGC site.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MH1 domain of human Smad4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)