SAXSdb — 5mjy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–361 链 B； UniProt 1–361	未记录	Zinc finger FYVE domain-containing protein 9 × 1 （O95405）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–361 链 D； UniProt 1–361	未记录	Zinc finger FYVE domain-containing protein 9 × 1 （O95405）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5MJY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3RAU Crystal structure of the HD-PTP Bro1 domain 提交 2011-03-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–361（360 aa）片段：UNP residues 2-361 链 B 2–361（360 aa）片段：UNP residues 2-361	未记录	ACT ACETATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH5.5, 16% PEG3350, 0.3M Magnesium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.215
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRV Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP in a complex with the core region of STAM2 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	突变：N33A,Y34A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 30%(w/v) polyethylene glycol 3350, 4%(v/v) acetonitrile	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
5CRV Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP in a complex with the core region of STAM2 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	突变：N33A,Y34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 30%(w/v) polyethylene glycol 3350, 4%(v/v) acetonitrile	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
5LM1 Crystal Structure of HD-PTP phosphatase in complex with UBAP1 提交 2016-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 362–713（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M KSCN, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
5LM2 Crystal Structure of HD-PTP phosphatase 提交 2016-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 362–713（352 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1-0.2 M Na-Formate and 13-15% PEG3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.271
5LM2 Crystal Structure of HD-PTP phosphatase 提交 2016-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 362–713（352 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1-0.2 M Na-Formate and 13-15% PEG3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.271
5MJZ Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Apo structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；Apo- HD-PTPBro1 crystals were obtained in 0.2M L-Na-Glutamate, 0.2M Alanine, 0.2M Glycine, 0.2M Lysine HCl, 0.2M Serine, 0.1 M Imidazole; MES monohydrate at pH 6.5 and 30% Ethylene glycol, PEG8K.	分辨率 1.87 Å R-free 0.216
5MJZ Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Apo structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；Apo- HD-PTPBro1 crystals were obtained in 0.2M L-Na-Glutamate, 0.2M Alanine, 0.2M Glycine, 0.2M Lysine HCl, 0.2M Serine, 0.1 M Imidazole; MES monohydrate at pH 6.5 and 30% Ethylene glycol, PEG8K.	分辨率 1.87 Å R-free 0.216
5MK0 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
5MK0 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK2 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4B peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6K	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
5MK2 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4B peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6K	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
5MK3 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro 1 domain (CHMP4C peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
5MK3 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro 1 domain (CHMP4C peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
5MK3 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro 1 domain (CHMP4C peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
5MK3 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro 1 domain (CHMP4C peptide complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235

共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTN23_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 B； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 C； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 D； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Zinc finger FYVE domain-containing protein 9

物种未注明

UniProt O95405

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 1–22	未记录	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 × 2 （Q9H3S7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–22	未记录	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 × 2 （Q9H3S7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5MJY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 669–709（41 aa）片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1DEV CRYSTAL STRUCTURE OF SMAD2 MH2 DOMAIN BOUND TO THE SMAD-BINDING DOMAIN OF SARA 提交 1999-11-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 669–709（41 aa）片段：SARA SMAD2-BINDING DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；TRIS, DIOXANE, AMMONIUM SULFATE, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 4K	分辨率 2.20 Å R-free 0.276
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 773–810（38 aa）片段：SARA SBD domain, residues 773-810	未记录	ACY ACETIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
1MK2 SMAD3 SBD complex 提交 2002-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 773–810（38 aa）片段：SARA SBD domain, residues 773-810	未记录	ACY ACETIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.74 Å R-free 0.271
4BKW Crystal structure of the C-terminal region of human ZFYVE9 提交 2013-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 895–1425（531 aa）片段：PROTEIN INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 895-1425	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M BIS-TRIS PH 6.5, 0.15M MAGNESIUM CHLORIDE, 30% PEG 3350	分辨率 2.53 Å R-free 0.247

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ZFYV9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–22； UniProt 1–22 作者链 F； PDB构建体 1–22； UniProt 1–22

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mjy
沉积日期 deposition_date	2016-12-02
结构标题 title	Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure)
关键词 keywords	ESCRT-III SARA, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	42.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	42.38 Å
零角强度 I(0) i0	400431000.00
分子量 molecular_weight	166730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	209930 Å³
包络体积 envelope_volume	273300 Å³
水化壳体积 shell_volume	56261 Å³
包络直径 envelope_diameter	164.5 Å
壳层 Rg shell_rg	44.99 Å
包络 Rg envelope_rg	41.97 Å
形状 Rg shape_rg	42.40 Å
总 Rg total_rg	42.46 Å
总原子数 total_atoms	11725
残基数 n_residues	1477
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	154.7 Å
Rg (实空间) rg_real	42.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.0120e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	42.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	400300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8447
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	46.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.172
角度范围 angular_range	— – 0.1850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	38
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.711; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.917; Smooth: 0.928

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
分子量 formula_weight	40719.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12216

MEAVPRMPMIWLDLKEAGDFHFQPAVKKFVLKNYGENPEAYNEELKKLELLRQNAVRVPRDFEGCSVLRKYLGQLHYLQSRVPMGSGQEAAVPVTWTEIFSGKSVAHEDIKYEQACILYNLGALHSMLGAMDKRVSEEGMKVSCTHFQCAAGAFAYLREHFPQAYSVDMSRQILTLNVNLMLGQAQECLLEKSMLDNRKSFLVARISAQVVDYYKEACRALENPDTASLLGRIQKDWKKLVQMKIYYFAAVAHLHMGKQAEEQQKFGERVAYFQSALDKLNEAIKLAKGQPDTVQDALRFTMDVIGGKYNSAKKDNDFIYHEAVPALDTLQPVKGAPLVKPLPVNPTDPAVTGPDIFAKLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Zinc finger FYVE domain-containing protein 9
分子量 formula_weight	2711.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MENYFQAEAYNLDKVLDEFEQN

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	491

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5mjyA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

结构域编号 domain_id	5mjyB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

结构域编号 domain_id	5mjyC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

结构域编号 domain_id	5mjyD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	66.330 Å
晶胞边长 b length_b	70.360 Å
晶胞边长 c length_c	83.480 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	111.48 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	93.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	65.368 Å
R 因子 r_factor	0.1892
R_work r_work	0.1869
R_free r_free	0.2346

fit	/app/data/saxs_computation/mj/5mjy/5mjy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mj/5mjy/5mjy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mj/5mjy/5mjy.dat

Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Zinc finger FYVE domain-containing protein 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)