SAXSdb — 5mk3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–361	未记录	Charged multivesicular body protein 4c × 1 （Q96CF2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–361	未记录	Charged multivesicular body protein 4c × 1 （Q96CF2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–361	未记录	Charged multivesicular body protein 4c × 1 （Q96CF2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–361	未记录	Charged multivesicular body protein 4c × 1 （Q96CF2）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5MK3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3RAU Crystal structure of the HD-PTP Bro1 domain 提交 2011-03-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–361（360 aa）片段：UNP residues 2-361 链 B 2–361（360 aa）片段：UNP residues 2-361	未记录	ACT ACETATE ION × 8 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；0.1M MES pH5.5, 16% PEG3350, 0.3M Magnesium Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.95 Å R-free 0.215
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRU Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP 提交 2015-07-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；0.03 M HEPES sodium, 16%(w/v) polyethylene glycol 3350, 0.67%(w/v) tryptone, 0.03 M urea	分辨率 2.40 Å R-free 0.259
5CRV Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP in a complex with the core region of STAM2 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	突变：N33A,Y34A	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 30%(w/v) polyethylene glycol 3350, 4%(v/v) acetonitrile	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
5CRV Crystal structure of the Bro domain of HD-PTP in a complex with the core region of STAM2 提交 2015-07-23	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）片段：UNP residues 1-361	突变：N33A,Y34A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Bis-Tris, 30%(w/v) polyethylene glycol 3350, 4%(v/v) acetonitrile	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
5LM1 Crystal Structure of HD-PTP phosphatase in complex with UBAP1 提交 2016-07-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 362–713（352 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.2 M KSCN, 20% PEG3350	分辨率 2.55 Å R-free 0.254
5LM2 Crystal Structure of HD-PTP phosphatase 提交 2016-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 362–713（352 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1-0.2 M Na-Formate and 13-15% PEG3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.271
5LM2 Crystal Structure of HD-PTP phosphatase 提交 2016-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 362–713（352 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.1-0.2 M Na-Formate and 13-15% PEG3350	分辨率 2.54 Å R-free 0.271
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–361（361 aa）链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
5MJY Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (SARA complex structure) 提交 2016-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–361（361 aa）链 D 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 2.25 Å R-free 0.235
5MJZ Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Apo structure) 提交 2016-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；Apo- HD-PTPBro1 crystals were obtained in 0.2M L-Na-Glutamate, 0.2M Alanine, 0.2M Glycine, 0.2M Lysine HCl, 0.2M Serine, 0.1 M Imidazole; MES monohydrate at pH 6.5 and 30% Ethylene glycol, PEG8K.	分辨率 1.87 Å R-free 0.216
5MJZ Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Apo structure) 提交 2016-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；Apo- HD-PTPBro1 crystals were obtained in 0.2M L-Na-Glutamate, 0.2M Alanine, 0.2M Glycine, 0.2M Lysine HCl, 0.2M Serine, 0.1 M Imidazole; MES monohydrate at pH 6.5 and 30% Ethylene glycol, PEG8K.	分辨率 1.87 Å R-free 0.216
5MK0 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
5MK0 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (Endofin peptide complex) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 and 0.1 M MMT buffer pH 9.0, 25% PEG1500	分辨率 1.76 Å R-free 0.193
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK1 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4A peptide complex structure) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.1 M Tris pH 7.8, 5% (poly-glutamic acid low molecular weight polymer) 20% PEG3350	分辨率 2.50 Å R-free 0.226
5MK2 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4B peptide complex structure) 提交 2016-12-02	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6K	分辨率 1.70 Å R-free 0.203
5MK2 Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro1 domain (CHMP4B peptide complex structure) 提交 2016-12-02	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–361（361 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；0.2 M CaCl2, 0.1 M MES pH 6.0, 20% PEG 6K	分辨率 1.70 Å R-free 0.203

共 10 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTN23_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 B； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 C； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361 作者链 D； PDB构建体 1–361； UniProt 1–361

Charged multivesicular body protein 4c

物种未注明

UniProt Q96CF2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 216–233	未记录	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 × 1 （Q9H3S7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 216–233	未记录	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 × 1 （Q9H3S7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 216–233	未记录	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 × 1 （Q9H3S7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 216–233	未记录	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23 × 1 （Q9H3S7）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Potassium thiocyanate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5MK3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3C3R ALIX BRO1 CHMP4C complex 提交 2008-01-28	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 221–233（13 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；10% PEG 2,000, 100mM Na MES pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.02 Å R-free 0.288
5V3R CHMP4C in complex with ALIX BRO1 提交 2017-03-08	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 216–233（18 aa）片段：C-terminal domain (UNP residues 216-233)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；10% PEG20000, 100 mM MES, pH 6.5	分辨率 1.91 Å R-free 0.213
5WA1 CHMP4C A232T in complex with ALIX BRO1 提交 2017-06-24	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 216–233（18 aa）片段：UNP residues 216-233	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；15% PEG8000, 100 mM MES, pH 6.5, 200 mM sodium acetate	分辨率 1.87 Å R-free 0.215

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHM4C_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–18； UniProt 216–233 作者链 F； PDB构建体 1–18； UniProt 216–233 作者链 G； PDB构建体 1–18； UniProt 216–233 作者链 H； PDB构建体 1–18； UniProt 216–233

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mk3
沉积日期 deposition_date	2016-12-02
结构标题 title	Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro 1 domain (CHMP4C peptide complex structure)
关键词 keywords	ESCRT-III CHMP4C, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.63 Å
零角强度 I(0) i0	408298000.00
分子量 molecular_weight	167320.0 kDa
排除体积 excluded_volume	210750 Å³
包络体积 envelope_volume	278360 Å³
水化壳体积 shell_volume	60188 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.8 Å
壳层 Rg shell_rg	44.02 Å
包络 Rg envelope_rg	39.05 Å
形状 Rg shape_rg	39.63 Å
总 Rg total_rg	39.90 Å
总原子数 total_atoms	11762
残基数 n_residues	1487
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	141.3 Å
Rg (实空间) rg_real	40.00 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0830e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	408300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8618
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.391
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.180
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	31590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.753; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23
分子量 formula_weight	40719.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12582

MEAVPRMPMIWLDLKEAGDFHFQPAVKKFVLKNYGENPEAYNEELKKLELLRQNAVRVPRDFEGCSVLRKYLGQLHYLQSRVPMGSGQEAAVPVTWTEIFSGKSVAHEDIKYEQACILYNLGALHSMLGAMDKRVSEEGMKVSCTHFQCAAGAFAYLREHFPQAYSVDMSRQILTLNVNLMLGQAQECLLEKSMLDNRKSFLVARISAQVVDYYKEACRALENPDTASLLGRIQKDWKKLVQMKIYYFAAVAHLHMGKQAEEQQKFGERVAYFQSALDKLNEAIKLAKGQPDTVQDALRFTMDVIGGKYNSAKKDNDFIYHEAVPALDTLQPVKGAPLVKPLPVNPTDPAVTGPDIFAKLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Charged multivesicular body protein 4c
分子量 formula_weight	2091.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

QRAEEEDDDIKQLAAWAT

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	780

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5mk3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

结构域编号 domain_id	5mk3B00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

结构域编号 domain_id	5mk3C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

结构域编号 domain_id	5mk3D00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	280 — alix/aip1 like domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.436 Å
晶胞边长 b length_b	70.835 Å
晶胞边长 c length_c	79.291 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.54 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.22 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.82 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.920 Å
R 因子 r_factor	0.1982
R_work r_work	0.1975
R_free r_free	0.2350

fit	/app/data/saxs_computation/mk/5mk3/5mk3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mk/5mk3/5mk3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mk/5mk3/5mk3.dat

Crystal structure of the His Domain Protein Tyrosine Phosphatase (HD-PTP/PTPN23) Bro 1 domain (CHMP4C peptide complex structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Charged multivesicular body protein 4c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)