5nbq

The structure of the tripartite complex between OspE, the C-terminal domains of factor H and C3dg

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement factor H × 1 （P08603） Outer surface protein E × 1 （Q45001） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement factor H × 1 （P08603） Outer surface protein E,Outer surface protein E × 1 （Q45001）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement factor H × 1 （P08603） Outer surface protein E × 1 （Q45001） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CO3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–294； UniProt 994–1287 作者链 B； PDB构建体 1–294； UniProt 994–1287 作者链 C； PDB构建体 1–294； UniProt 994–1287

Complement factor H

Homo sapiens

UniProt P08603

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement C3 × 1 （P01024） Outer surface protein E × 1 （Q45001） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement C3 × 1 （P01024） Outer surface protein E,Outer surface protein E × 1 （Q45001）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement C3 × 1 （P01024） Outer surface protein E × 1 （Q45001） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFAH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–127； UniProt 1104–1230 作者链 E； PDB构建体 1–127； UniProt 1104–1230 作者链 F； PDB构建体 1–127； UniProt 1104–1230

Outer surface protein E

Borreliella burgdorferi

UniProt Q45001

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement C3 × 1 （P01024） Complement factor H × 1 （P08603） water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement C3 × 1 （P01024） Complement factor H × 1 （P08603）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Complement C3 × 1 （P01024） Complement factor H × 1 （P08603） water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q45001_BORBG
Isoform	—
PDB实体	3, 4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 42–170 作者链 I； PDB构建体 1–129； UniProt 42–170 作者链 H； PDB构建体 1–129； UniProt 42–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5nbq
沉积日期 deposition_date	2017-03-02
结构标题 title	The structure of the tripartite complex between OspE, the C-terminal domains of factor H and C3dg
关键词 keywords	complement, regulation, microbe, evasion, immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5nbq__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5nbq__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5nbq__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.51 Å
Rg（电子密度）	27.91 Å
总 Rg	28.59 Å
原子数	4229
残基数	538
排除体积	75577 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5nbq__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`5nbq__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`5nbq__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Complement C3
分子量 formula_weight	32824.6 kDa
突变 mutation	A1153E, C1010A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	11754

AVDAERLKHLIVTPSGAGEQNMIGMTPTVIAVHYLDETEQWEKFGLEKRQGALELIKKGYTQQLAFRQPSSAFAAFVKRAPSTWLTAYVVKVFSLAVNLIAIDSQVLCGAVKWLILEKQKPDGVFQEDAPVIHQEMIGGLRNNNEKDMALTAFVLISLQEAKDICEEQVNSLPGSITKAGDFLEANYMNLQRSYTVAIAGYALAQMGRLKGPLLNKFLTTAKDKNRWEDPGKQLYNVEATSYALLALLQLKDFDFVPPVVRWLNEQRYYGGGYGSTQATFMVFQALAQYQKDAP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Complement factor H
分子量 formula_weight	14443.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

DSTGKCGPPPPIDNGDITSFPLSVYAPASSVEYQCQNLYQLEGNKRITCRNGQWSEPPKCLHPCVISREIMENYNIALRWTAKQKLYSRTGESVEFVCKRGYRLSSRSHTLRTTCWDGKLEYPTCAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Pichia

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Outer surface protein E
分子量 formula_weight	14385.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,I

SKFTVKIKNKDKSGNWTDLGDLVVRKEENGIDTGLNAGGHSATFFSLEEEVVNNFVKVMTEGGSFKTSLYYGYKEEQSVINGIQNKEIITKIEKIDGTEYITFSGDKIKNSGDKVAEYAISLEELKKNL

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi
通用名 common_name	Lyme disease spirochete
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	139
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Outer surface protein E,Outer surface protein E
分子量 formula_weight	14810.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

SKFTVKIKNKDKSGNWTDLGDLVVRKEENGIDTGLNAGGHSATFFSLEEEVVNNFVKVMTEGGSFKTSLYYGYKEEQSVINGIQNKEIITKIEKIDGTEYITFSGDKIKNSGDKVAEYAISLEELKKNLXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Borreliella burgdorferi
通用名 common_name	Lyme disease spirochete
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	139
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d5nbqa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.4 — Complement components

结构域编号 domain_id	d5nbqb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.4 — Complement components

结构域编号 domain_id	d5nbqc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.4 — Complement components

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	5nbqA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5nbqB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5nbqC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	5nbqD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	5nbqD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	5nbqE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	5nbqE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	5nbqF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	5nbqF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Complement Module, domain 1

结构域编号 domain_id	5nbqG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	31 — Transcriptional Co-activator pc4; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Borrelia outer surface protein E/F

结构域编号 domain_id	5nbqI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	31 — Transcriptional Co-activator pc4; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 — Borrelia outer surface protein E/F

▶

晶胞边长 a length_a	124.907 Å
晶胞边长 b length_b	165.063 Å
晶胞边长 c length_c	84.185 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.180 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.2610

The structure of the tripartite complex between OspE, the C-terminal domains of factor H and C3dg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Complement factor H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer surface protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nbq__assembly_3__model_1

5nbq__assembly_3__model_1 | I(q)

5nbq__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

The structure of the tripartite complex between OspE, the C-terminal domains of factor H and C3dg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Complement factor H

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer surface protein E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5nbq__assembly_3__model_1

5nbq__assembly_3__model_1 | I(q)

5nbq__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)