5neu

Localised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B.

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

O1 Manisa VP1

Foot-and-mouth disease virus

UniProt Q6PMW3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 360 Capsid protein × 60 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 60 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 60 (P06756) Integrin beta-6 × 60 (P18564) MAGNESIUM ION × 60 CALCIUM ION × 120 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 1 (P06756) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 30 Capsid protein × 5 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 5 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 5 (P06756) Integrin beta-6 × 5 (P18564) MAGNESIUM ION × 5 CALCIUM ION × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 36 Capsid protein × 6 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 6 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 6 (P06756) Integrin beta-6 × 6 (P18564) MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 12 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 1 (P06756) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6PMW3_9PICO
Isoform —
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 1; PDB构建体 1–208; UniProt 725–932 作者链 2; PDB构建体 1–218; UniProt 287–504

Capsid protein

Foot-and-mouth disease virus

UniProt A0A1C6ZW60

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 360 O1 Manisa VP1 × 60 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 60 (Q6PMW3) O1 Manisa VP4 × 60 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 60 (P06756) Integrin beta-6 × 60 (P18564) MAGNESIUM ION × 60 CALCIUM ION × 120 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 1 (P06756) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 30 O1 Manisa VP1 × 5 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 5 (Q6PMW3) O1 Manisa VP4 × 5 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 5 (P06756) Integrin beta-6 × 5 (P18564) MAGNESIUM ION × 5 CALCIUM ION × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 36 O1 Manisa VP1 × 6 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 6 (Q6PMW3) O1 Manisa VP4 × 6 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 6 (P06756) Integrin beta-6 × 6 (P18564) MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 12 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 1 (P06756) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A1C6ZW60_9PICO
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 3; PDB构建体 1–220; UniProt 304–523

O1 Manisa VP4

Foot-and-mouth disease virus

UniProt E1ACS1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 360 O1 Manisa VP1 × 60 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 60 (Q6PMW3) Capsid protein × 60 (A0A1C6ZW60) Integrin alpha-V × 60 (P06756) Integrin beta-6 × 60 (P18564) MAGNESIUM ION × 60 CALCIUM ION × 120 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) Integrin alpha-V × 1 (P06756) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 30 O1 Manisa VP1 × 5 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 5 (Q6PMW3) Capsid protein × 5 (A0A1C6ZW60) Integrin alpha-V × 5 (P06756) Integrin beta-6 × 5 (P18564) MAGNESIUM ION × 5 CALCIUM ION × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 36 O1 Manisa VP1 × 6 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 6 (Q6PMW3) Capsid protein × 6 (A0A1C6ZW60) Integrin alpha-V × 6 (P06756) Integrin beta-6 × 6 (P18564) MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 12 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) Integrin alpha-V × 1 (P06756) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E1ACS1_9PICO
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 4; PDB构建体 1–85; UniProt 202–286

Integrin alpha-V

Homo sapiens

UniProt P06756

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 360 O1 Manisa VP1 × 60 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 60 (Q6PMW3) Capsid protein × 60 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 60 (E1ACS1) Integrin beta-6 × 60 (P18564) MAGNESIUM ION × 60 CALCIUM ION × 120 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 30 O1 Manisa VP1 × 5 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 5 (Q6PMW3) Capsid protein × 5 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 5 (E1ACS1) Integrin beta-6 × 5 (P18564) MAGNESIUM ION × 5 CALCIUM ION × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 36 O1 Manisa VP1 × 6 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 6 (Q6PMW3) Capsid protein × 6 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 6 (E1ACS1) Integrin beta-6 × 6 (P18564) MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 12 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin beta-6 × 1 (P18564) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITAV_HUMAN
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–590; UniProt 31–624

Integrin beta-6

Homo sapiens

UniProt P18564

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 360 O1 Manisa VP1 × 60 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 60 (Q6PMW3) Capsid protein × 60 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 60 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 60 (P06756) MAGNESIUM ION × 60 CALCIUM ION × 120 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 1 (P06756) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 30 O1 Manisa VP1 × 5 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 5 (Q6PMW3) Capsid protein × 5 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 5 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 5 (P06756) MAGNESIUM ION × 5 CALCIUM ION × 10 与蛋白数一致
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 36 O1 Manisa VP1 × 6 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 6 (Q6PMW3) Capsid protein × 6 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 6 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 6 (P06756) MAGNESIUM ION × 6 CALCIUM ION × 12 与蛋白数一致
5 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 6 O1 Manisa VP1 × 1 (Q6PMW3) O1 Manisa VP2 × 1 (Q6PMW3) Capsid protein × 1 (A0A1C6ZW60) O1 Manisa VP4 × 1 (E1ACS1) Integrin alpha-V × 1 (P06756) MAGNESIUM ION × 1 CALCIUM ION × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ITB6_HUMAN
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–470; UniProt 22–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5neu
沉积日期 deposition_date2017-03-11
结构标题 titleLocalised Reconstruction of Integrin alpha V beta 6 bound to Foot and Mouth Disease Virus O1 Manisa - Pose B.
关键词 keywordsFoot and Mouth Disease Virus, FMDV, virus, OpanAsia, virus-receptor, complex; VIRUS
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5neu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5neu__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 108 109 1010 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5neu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)0.00 Å
Rg(电子密度)602.60 Å
总 Rg603.00 Å
原子数797220
残基数103080
排除体积14145000 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5neu__assembly_1__model_1 360-meric (360) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 5neu__assembly_2__model_1 hexameric (6) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
3 1 5neu__assembly_3__model_1 30-meric (30) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
4 1 5neu__assembly_4__model_1 36-meric (36) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
5 1 5neu__assembly_5__model_1 hexameric (6) 排除 — —
排除原因: 辅助对称表示,不是完整或代表性的 biological assembly。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd5neu1_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd5neu3_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family familyb.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)
结构域编号 domain_idd5neua1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.69.8 — Integrin alpha N-terminal domain
家族 Family familyb.69.8.1 — Integrin alpha N-terminal domain
结构域编号 domain_idd5neua2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.15 — Integrin domains
家族 Family familyb.1.15.0 — automated matches
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7. 引用文献 (1)