5nn2

The structure of the polo-box domain (PBD) of Plk1 in complex with Z228588490

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PLK1

Homo sapiens

UniProt P53350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 371–594 片段:Polo-box domain, UNP residues 371-603 Z24 (3~{R},5~{R})-1-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-5-oxidanyl-pyrrolidine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;200 mM K/Na Tartrate, 10-20% PEG3350 分辨率 1.81 Å R-free 0.219

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–232; UniProt 371–594

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5nn2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5nn2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5nn2
沉积日期 deposition_date2017-04-07
结构标题 titleThe structure of the polo-box domain (PBD) of Plk1 in complex with Z228588490
关键词 keywordsPLK1, PBD1, mitosis, small molecule, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.23
零角强度 I(0) i011172400.00
分子量 molecular_weight24841.0 kDa
排除体积 excluded_volume31062 ų
包络体积 envelope_volume35871 ų
水化壳体积 shell_volume17039 ų
包络直径 envelope_diameter71.0
壳层 Rg shell_rg23.97
包络 Rg envelope_rg18.52
形状 Rg shape_rg18.22
总 Rg total_rg19.15
总原子数 total_atoms3438
残基数 n_residues218
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.5
Rg (实空间) rg_real19.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.59
I(0) (实空间) i0_real1.1170e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5490e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11170000.0000
解质量估计 total_estimate0.8266
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.8
偏度 Skewness skewness0.440
峰度 Kurtosis kurtosis-0.043
角度范围 angular_range— – 0.4100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3082000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.620; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd5nn2a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamilyd.223.1 — Polo-box domain
家族 Family familyd.223.1.2 — Polo-box duplicated region
结构域编号 domain_idd5nn2a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.223 — Polo-box domain
超家族 Superfamily superfamilyd.223.1 — Polo-box domain
家族 Family familyd.223.1.2 — Polo-box duplicated region
结构域编号 domain_idd5nn2a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5nn2A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id5nn2A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)